应用PCR-DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性

马悦欣,王颖,杨凤,闫喜武,霍忠明

(大连海洋大学农业部海洋水产增养殖学重点开放实验室,辽宁大连116023)

应用PCR-DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性

马悦欣,王颖,杨凤,闫喜武,霍忠明

(大连海洋大学农业部海洋水产增养殖学重点开放实验室,辽宁大连116023)

应用PCR-DGGE技术对盘锦某滩涂四角蛤蜊Mactra venerformis体内的细菌多样性进行了分析。使用SDS裂解法提取样品的总DNA,采用大多数细菌通用引物F338GC/R518从总DNA中成功扩增出16S rDNA片段,然后对PCR产物进行DGGE分析,并将DGGE图谱上部分条带回收、再扩增、克隆和测序;将所测序列在GenBank核酸数据库中进行检索,用BLASTN分析DNA序列获得相似性最近的细菌。DGGE图谱显示,四角蛤蜊体内的细菌种类比较丰富,且不同时间样品细菌的优势菌群结构有一定的差异。将所测条带序列进行比对,结果表明,细菌种群中包括支原体属Mycoplasma、假单胞菌属Pseudomonas、弧菌属Vibrio、红球菌属Rhodococcus和鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas及不可培养的细菌。

四角蛤蜊;PCR-DGGE;细菌多样性

四角蛤蜊Mactra venerformis肉质细嫩、味道鲜美,是中国颇具养殖前途的滩涂贝类。四角蛤蜊营埋栖生活,生活在潮间带的中、低潮区及浅海的泥砂滩。一般情况下,四角蛤蜊体内存在着维持微生态平衡的正常菌群,但在其抗病力低下或环境不利时,此类细菌可大量繁殖,引起感染。因此,了解四角蛤蜊体内正常细菌的菌群组成,对其健康养殖是很重要的。有关贝类体内细菌种群组成的调查已有一些报道[1-3],研究中使用的是传统微生物学方法。近年来,PCR-DGGE技术已被广泛地应用到微生物多样性研究中。……