贵州省新发现HIV-1毒株亚型特征研究*

孙显光,何 翔,李志坚,张信辉,申莉梅

(1.贵州省CDC艾滋病性病皮肤病防治研究所艾滋病二科,贵阳550002;2.中国CDC艾滋病艾滋病预防控制中心病毒免疫室,北京100050)

艾滋病病毒为了适应新的环境,必然通过变异或重组方式改变其属性来求得生存[1-2]。艾滋病病毒亦称人类免疫缺陷病毒,简称HIV,属RNA逆转录酶病毒,具有高度的遗传变异性,容易通过基因重组方式产生新的毒株或亚型。HIV分HIV-1、HIV-2两个型别,我国以 HIV-1流行为主。目前全球HIV-1共发现14种亚型,我国31个省发现9种亚型[3],其中本省发现7种。随着HIV-1在本省流行时间的延长,其亚型内的变异也会越来越大。研究HIV毒株的基因亚型特征,具有重要的现场实用性,有助于从分子流行病学角度掌控HIV的流行状况、制定预防干预措施以及疫苗的研制。

1 资料与方法

1.1 一般资料 安顺地区采样41份,全为吸毒传播样本;贵阳、黔东南两地区采样19份,全为性传播样本;铜仁、六盘水、黔南3个地区采样68份,包括血液传播样本29份、吸毒传播样本26份、性传播样本13份。病例对象全部为2007年新发现的HIV感染者并签订知情同意书。对照病毒株采用国际标准亚型参考株。

1.2 核酸提取 采用 Qiangen公司的 QIAamp Viral RNA Mini Kit试剂盒,按说明书操作。

1.3 基因扩增与测序分析

1.3.1 引物 用中国疾病预防控制中心合成的NP21和NP22引物对为外侧引物(ACA GTR CAR TGY ACA CAT GG,CAC TTC TCC AAT TGT CCI TCA);Env-C和Env-D3引物对为内侧引物(CTG TTI AAT GGC AGI CTA GC,RAT GGG AGG RGY ATA CAT)。

1.3.2 方法 按Nested基因扩增方法(PCR)进行。即:用5μL核酸样品与 NP21/NP22初次扩增,95℃1 min;94℃30 s,56℃1 min,72℃2 min,30个循环;72℃10 min。取1/10的反应产物再与Env-C、Env-G做第2次扩增,95℃1 min;94℃20 s,54℃1 min,72℃1.5 min,30个循环;72℃10 min。

1.3.3 PCR产物纯化 采用Qiangen公司的Qiaex试剂盒,按说明书提纯 HIV基因片断,回收 DNA溶于 10 mmol/L Tris-HCl,pH8.7,经琼脂糖凝胶电泳后与标准品对照计算核酸浓度。……