沼泽红假单胞菌16SrDNA PCR快速检测方法研究

王妍力，耿亚亚，郝葆青（西南民族大学生命科学与技术学院，四川成都610041）



沼泽红假单胞菌16SrDNA PCR快速检测方法研究

王妍力，耿亚亚，郝葆青*
（西南民族大学生命科学与技术学院，四川成都610041）

摘要：目的：依据反映光合菌物种属性和高度保守性的16S rDNA序列，设计其特异性引物，优化并确定PCR反应条件，探索沼泽红假单胞菌快速鉴别的方法。方法：提取沼泽红假单胞菌菌体染色体DNA，分离和纯化；从GenBank分别获取假单胞菌属、大肠杆菌和诺卡氏菌属的16S rDNA基因序列，分析比较并确定其可变区的基因序列片段，设计种属特异引物；对影响PCR扩增的因素进行分析和预试，确定PCR扩增的最佳条件；随后进行PCR扩增试验，对其产物克隆测序，同时进行沼泽红假单胞菌形态特征和生化特性的检测。结论：以16S rDNA的种属特征序列设计引物，PCR扩增检测沼泽红假单胞菌样本的方法，特异强、灵敏度高、重复性好、操作性强、价格低廉；从分离提取样本DNA到完成PCR扩增，可在3h左右对沼泽红假单胞菌作出鉴定。

关键词：沼泽红假单胞菌；16S rDNA；引物；PCR扩增；条件优化；诺卡氏菌属

按照《伯杰细菌鉴定手册》［1］分类，光合细菌分为45种，沼泽红假单胞菌（Rhodopseudomonas palustris）属于光合细菌分类中的红螺菌科、红假单胞菌属。沼泽红假单胞菌广泛存在于自然界，具有原始光能合成体系，可在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用自然界中的有机物、硫化物、氨等进行光合作用［2-4］。沼泽红假单胞菌因具有复杂而多样化的代谢功能等特性，可产生丰富的营养和生理活性物质，已广泛地应用于农业、渔业、环保、医药等领域。……