应用16S rRNA高通量测序法比较人与常用实验动物口腔菌群的异同

顾东曙，陈傍柱，江　霞，刘海月，那顺巴雅尔，周宏伟，顾为望

(1.南方医科大学实验动物中心，广州　510515；2.南方医科大学公共卫生与热带医学学院，广州　510515；3.广东医科大学，东莞　523808； 4.南方医科大学珠江医院检验医学部，广州　510282)



应用16S rRNA高通量测序法比较人与常用实验动物口腔菌群的异同

顾东曙1，陈傍柱1，江霞1，刘海月2，那顺巴雅尔3，周宏伟4，顾为望

(1.南方医科大学实验动物中心，广州510515；2.南方医科大学公共卫生与热带医学学院，广州510515；3.广东医科大学，东莞523808； 4.南方医科大学珠江医院检验医学部，广州510282)

目的应用16S rRNA高通量测序法测定几种常用实验动物(西藏小型猪、比格犬、猕猴、新西兰兔、Wistar大鼠)的口腔菌群，并和人的口腔菌群进行对比分析，为口腔微生态的动物模型研究提供基础性资料。方法用一次性棉拭子采集西藏小型猪、比格犬、猕猴、新西兰兔、Wistar大鼠和人的口腔菌群标本，提取样品总DNA，使用带标签的通用引物扩增16S rRNA V4区片段，Illumina 测序，经BIPES 以及QIIME 分析比较菌群多样性及结构。结果人与5种常用实验动物口腔菌群的丰富度均差异显著(P<0.05)，不同种类动物有其各自独特的口腔菌群，但猴的口腔菌群与人最为相似。结论根据与人口腔某类菌群的相似程度，5种动物中，猴口腔的梭菌属(Fusobacterium)、卟啉菌属(Porphyromonas)水平与人最相似，提示猴可能是研究人口腔菌群较适宜的模型动物。从特定菌门角度，西藏小型猪可能是研究与变形菌门(Proteobacteria)相关疾病的较适宜模型动物；比格犬可能是研究与螺旋体门(Spirochaetes)相关疾病的较适宜模型动物。

实验动物；口腔菌群；16S rRNA；西藏小型猪；比格犬；猕猴；新西兰兔；Wistar大鼠

口腔菌群是由大量口腔微生物组成的复杂生态体系，口腔内适宜的温度、湿度、丰富的营养来源以及复杂的结构，为口腔内各种微生物的生长、繁殖和定居提供了便利条件，形成了口腔微生物的多样性[1]。口腔内微生物的多样性有利于维持口腔健康，抵御外界不良因素对机体的侵袭。一旦微生物群落失调，则可导致龋病、牙周病以及口腔溃疡等口腔疾病[2]。……