电洗脱法和透析在紫菜腐霉PacBio全基因组测序DNA样品纯化中的应用*

邹丹丹, 唐祥海， 莫照兰, 茅云翔**

(1. 中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室，山东 青岛 266003；2. 中国海洋大学海洋生命学院，山东 青岛 266003；3. 农业部渔业资源可持续发展重点实验室，中国水产科学研究院黄海水产研究所，山东 青岛 266071)

电洗脱法和透析在紫菜腐霉PacBio全基因组测序DNA样品纯化中的应用*

邹丹丹1,2, 唐祥海1,2， 莫照兰3, 茅云翔1,2**

(1. 中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室，山东 青岛 266003；2. 中国海洋大学海洋生命学院，山东 青岛 266003；3. 农业部渔业资源可持续发展重点实验室，中国水产科学研究院黄海水产研究所，山东 青岛 266071)

紫菜腐霉(Pythiumporphyrae)是一种专性侵染紫菜并引起紫菜赤腐病的病原菌。为了深入了解紫菜腐霉的遗传信息，本文计划对其开展全基因组测序，而制备高质量的DNA样品是关键性工作。海洋生物生境和代谢的特殊性，细胞中富含的一些次级代谢物质往往影响着DNA样品的质量。紫菜腐霉的基因组DNA样品中具有严重的RNA污染，即使通过延长RNase A降解时间和增加降解次数也不能完全消除其中的RNA，无法获得满足于PacBio文库构建和测序的DNA样品。本研究首先通过琼脂糖凝胶电泳 (Agarosegel electrophoresis, AGE)来区分DNA和RNA, 然后将DNA条带所在的胶块切下并放入透析袋中继续电泳，使DNA从胶条中迁移到透析袋内的缓冲液中，从而获得DNA的TAE溶液。然后通过透析的方法去除DNA的TAE溶液中的乙酸钠，最终获得DNA的TE溶液。经AGE检测发现DNA条带清晰、无RNA污染；经脉冲场凝胶电泳 (Pulsed field gel electrophoresis, PFGE)检测发现DNA完整性较好，可用于PacBio文库的构建和测序。

紫菜腐霉；基因组DNA；RNA污染；透析

紫菜是一种重要的经济海藻。随着紫菜栽培技术的发展，栽培面积的不断扩大，紫菜病害频发，其中紫菜赤腐病(the red rot disease)是最严重影响紫菜产量和品质的病害之一[1]。而且是目前紫菜病害中唯一的一个病原明确且由单一物种引起的病害[2]，引起紫菜赤腐病的病原菌是紫菜腐霉(P.porphyrae)，它隶属于卵菌纲 (Oomycota)、霜霉目(Peronosporates)、腐霉科(Pythiaeeae)、腐霉属(Pythium)[3]。由于人们对紫菜腐霉遗传背景了解较少，赤腐病发病诱因不明，缺乏快速检测病情的手段，也没有高效的抑病、治病手段和方法。传统的紫菜病害控制方法仅在感病初期具有一定的控制效果[4]，因此通过全基因组测序的方法来深入了解紫菜腐霉的遗传信息，从而为开发赤腐病的防治策略打下基础。

全基因测序在经过第一代和第二代测序的强势发展后，第三代测序技术开始登上测序舞台并受到广大研究者的青睐。目前的三代测序平台主要有Pacific Biosciences(PacBio)公司的单分子实时(Single-molecule realtime，SMRT)测序技术、Oxford Nanopore公司的单分子纳米孔测序技术(The single-molecule nanopore DNA sequencing)以及Helicos公司的真正单分子测序技术(True single-molecule sequencing，tSMSTM)，他们的共同特征就是基于单分子水平的边合成边测序。目前只有PacBio公司的实时单分子测序技术已经商业化，其原理为当正在合成的碱基与某个dNTP一致时，聚合酶紧紧捕获具有特异荧光标记的dNTP，这时激发光从ZMW(零模波导孔)的底部射出，被捕获的dNTP就会发射荧光，仪器根据所拍到荧光的波长与峰值判断该碱基类型[5]。SMRT测序技术最主要的优势为其超长读长，升级后的SMRT测序技术平均读长可达到10～20 kb，最长读长可超过40kb。这种超长的读长对后续的拼接、基因定位以及重复序列的测通起着重要作用。SMRT测序技术另外的一个优势是GC偏好性很小，传统建库过程中一般都有大量的PCR过程，这导致GC含量高的区域被测到的次数较少，而SMRT技术在建库过程中没有PCR的过程，结合其超长读长的特征，可完成高GC基因组的测序，这一优势对一些高GC物种的基因组测序具有非常重要的意义。此外，SMRT测序技术可用于直接检测表观遗传位点，在测序过程中，测序聚合物在遇到甲基化的碱基后，合成速度明显放慢，同时光谱特征也会发生改变，由此可以判断该DNA位点甲基化的类型[6]。

基于PacBio技术在全基因测序中的优势，国内外学者纷纷开始采用此项技术开展研究，但传统方法制备的DNA样品往往达不到PacBio技术对样品的要求，因此获得高质量基因组 DNA样品是开展后续测序的关键。针对不同物种细胞特性的差异和各种物种DNA中富含多糖、多酚等问题，人们通过对传统的CTAB法和SDS法进行改良，取得了很多成功方法[7-11]。紫菜腐霉基因组DNA中不仅富含多糖和蛋白质，还具有严重的RNA污染，蛋白质污染问题可通过增加酚/氯仿抽提次数来解决，而RNase A却不能完全降解其中的RNA，即使延长降解时间和增加降解次数依然无法完全降解其中的RNA污染。这种现象在其他物种中未见报道，因此没有现成的纯化方法可以借鉴。电洗脱法最初是运用到T7噬菌体DNA酶切核苷酸片段的回收上[12]。本研究针对紫菜腐霉基因组DNA中存在的严重的RNA污染且通过RNase A 反复降解也无法获得无RNA污染的高质量的DNA样品的问题，在电洗脱法和透析原理的基础上进行改进，设计出适合于紫菜腐霉基因组DNA样品纯化的方案。对纯化后的DNA样品进行质量检测分析，并进行PacBio文库构建和检测。本研究希望为其在他物种在DNA样品制备过程中遇到类似问题提供参考。

1 材料和方法

1.1实验菌株

紫菜腐霉(P.porphyrae)于2013年5月购自日本生物资源库(Biological Resource Center)，紫菜腐霉菌株(NBRC33253)培养在玉米半海水培养基上(CMM)[13-14]。

1.2紫菜腐霉菌丝的扩大培养和基因组DNA的制备

抠取培养在玉米半海水固体培养基上的菌饼，将其接种到谷氨酸钠半海水液体培养基中[15]，23.5 ℃，100 r/min摇床上震荡培养5～7 d后收集菌丝，并用过滤的无菌海水冲洗3～5遍，用吸水纸吸干水分，并利用改良的CTAB法对其进行基因组DNA提取[16]。

1.3紫菜腐霉基因组DNA的纯化

透析袋使用前要经过脱盐和脱硫处理[17]，然后浸泡在TAE缓冲液中4℃条件下储存备用。在琼脂糖电泳分离基因组DNA和RNA之前，将1xTAE在4 ℃冰箱里预冷，琼脂糖胶的浓度为0.8%，电泳过程的电压降为2.5 V/cm，电泳2～3 h(电泳过程中可以在电泳槽的周围放置冰袋为电泳液降温，也可以在较低温的环境下电泳)，电泳结束后，在紫外灯下迅速将基因组DNA条带切下。接下来进行电泳回收基因组DNA，具体步骤如下：

(1)用灭菌的蒸馏水对脱盐、脱硫处理过的透析袋内外壁进行彻底清洗；

(2)先用透析夹将透析袋的一端夹紧，将上一步切下的含有紫菜腐霉基因组DNA片段的胶块装入透析袋，并灌入1x TAE电泳液，彻底排出其中的空气后将另一端用透析夹夹紧；

(3)将装配好的透析袋放入电泳槽中，保证电泳液没过整个透析袋，电压降为6 V/cm电泳1 h(注意透析袋的放置方向，保证胶块中的DNA条带走向与上一步电泳方向一致，同时注意电泳液的温度尽量低温)；

(4)电泳结束后将正负极对调电泳1 min，取出透析袋放入1L的TE缓冲液中透析，使袋中的乙酸透析出来，每2 h换一次新鲜的TE缓冲液，重复3～5次；

(5)将透析袋取出，打开一端的夹子将袋中的DNA溶液全部吸出，并用少量的TE缓冲液冲洗袋内壁并和前面的DNA溶液混合到一块；

(6)精确估量DNA溶液的体积，加入1/10倍体积(3 mol/L，pH=5.2)醋酸钠溶液，混匀后加入2.5倍体积的预冷的无水乙醇，-20 ℃下沉淀过夜，4 ℃，13 000g离心10 min;

(7)弃去上清液，用70%乙醇洗涤沉淀2次;

(8)室温下干燥后(一般干燥5～15 min)，溶于适量的TE缓冲液中即为紫菜腐霉基因组DNA的TE溶液，-20℃条件下储存备用。

1.4紫菜腐霉DNA质量和浓度检测

分别用琼脂糖凝胶电泳和Nanodrop对DNA样品的完整性和纯度进行初步检测，同时利用脉冲场琼脂糖电泳对DNA的完整性进一步检测；最后利用Qubit2.0精准定量DNA的浓度和总量是否符合PacBio建库要求。

进一步对DNA进行片段化(鉴于本试验中DNA样品经过反复的电泳和沉淀，DNA断裂比较严重，故省略超声波打断DNA分子这一步)。利用核酸外切酶VII(ExoVII)对DNA片段两端的单链部分进行降解以形成平末端，利用Beyotime平末端修复试剂盒对DNA片段进行损伤修复，最后利用AMPure PB beads对目的片段进行富集(DNA片段的目标长度设置为10 kb)[18]。取1 μL 富集的DNA目的片段，利用安捷伦2100进行片段长度检测。后续的添加接头由PacBio测序平台完成。

2 结果与分析

2.1紫菜腐霉基因组DNA质量检测

CTAB法提取的基因组DNA经检测OD260/280 值在2.236～2.459之间，OD260/230 值在1.663～1.876之间(见表1)，琼脂糖凝胶电泳检测发现点样孔处有亮带，基因组条带前段有弥散(见图1A)。DNA经一次RNase A消化和蛋白质抽提后经琼脂糖凝胶电泳检测点样孔处亮带消失，但是DNA条带前面依然有弥散但亮度降低，DNA条带的亮度也降低(见图1B)。DNA经3次RNase A消化和蛋白质抽提后通过琼脂糖凝胶电泳检测发现基因组DNA条带前面依然有弥散但片段长度降低，DNA条带的亮度进一步降低(见图1C)。经测定OD260/280 在2.092～2.168之间，OD260/230 值在2.000～2.015之间(见表1)。

表1 紫菜腐霉基因组DNA的吸光度值

较纯DNA的OD260/280比值在1.8～2.0之间，大于2时说明有RNA污染，当大于2.2时有RNA已经水解成单核苷，230 nm处是其他碳水化合物如酚类、多糖的吸收峰，纯净的DNA的OD260/230比值应大于2，当DNA的OD260/230比值小于2时表明样品被多糖和盐类污染[19]。从DNA样品的OD260/280 值在2.236～2.459之间，以及图1-A中能明显辨识出RNA的28s和18s条带，我们推测基因组DNA样品中有RNA污染。而OD260/230比值在1.663～1.876 之间，基因组DNA中可能存在多糖污染。经过RNase A 的一次消化后DNA样品中的部分RNA被降解，当用RNase A对DNA反复的消化后，从OD260/280的比值在2.092～2.168之间，推测RNA污染问题基本解决，但是从OD260/230的比值在200.0～2.015之间推测DNA样品并不存在严重的多糖污染，而图1C分析认为有可能是RNA污染，也有可能是多糖污染，还可能是二者共同存在。

(M: λDNA(50ng/μL);A: DNA初步检测；B: 经RNase A 消化后的DNA电泳检测；C: 经3次RNase A 消化后的DNA电泳检测。A:preliminary test of DNA;B:Quality test of DNA which was digested by RNase A by agarose gel electrophoresis;C:Quality test of DNA which was digested three times by RNase by agarose gel electrophoresis.)

图1 琼脂糖电泳检测紫菜腐霉丝状体基因组DNA 质量
Fig.1 Quality tests of genome DNA by agarose gel electrophoresis

2.2电洗脱和透析法纯化基因组DNA的质量检测

采用电洗脱和透析法纯化紫菜腐霉基因组DNA后，通过脉冲场电泳对DNA的完整性进行检测，DNA片段多集中在10～20 kb之间(见图2A)。经琼脂糖凝胶电泳检测，透析后的DNA经电泳检测点样孔出没有亮带残留，DNA条带清晰完整(见图2B)。用Nanodrop对DNA进行质量和浓度检测，检测结果为ODA260/280为1.867～1.968，ODA260/230为2.000～2.015，浓度为110ng/μL (见表2)。用Qubit2.0进行精准定量，其浓度为80.15 ng/μL。Nanodrop测定DNA浓度和Qubit2.0测定的DNA浓度比为1.37。进一步对DNA进行损伤修复并对片段进行富集，取1uL DNA修复片段利用安捷伦2100进行核酸质量检测，检测结果如图3所示，在9.6 kb处出现峰图，基本符合预期长度10kb。

表2 紫菜腐霉基因组DNA透析后的吸光度值Table 2 Absorbance values of the P.porphyraegenome DNA afterbeing dialyze

(M1：Hind Ⅲ消化的λDNA;M2: λDNA(50 ng/μL); A : 透析后的DNA脉冲场电泳检测；B：透析后的DNA琼脂糖凝胶电泳检测。M1:λDNA after digesting by Hind Ⅲ;A:Quality test DNA after dialysis by PFGF;B:Quality test DNA after dialysis by AGE.)

图2 紫菜腐霉基因组DNA透析纯化后的脉冲场和琼脂糖电泳检测
Fig.2 Quality tests of genome DNA after being dialyze by AGE and PFGE

图3 Agilent 2100 检测DNA 片段质量

3 讨论

获得高质量基因组DNA样品是进行紫菜腐霉全基因组测序的关键。由于其细胞结构特点和基因表达活跃，导致基因组DNA中有丰富的RNA,利用RNase A去除RNA污染是首选措施，但实验结果发现RNase A并不能彻底降解基因组中的RNA(见图1A)，通过延长RNA酶工作的时间和工作次数不仅不能完全降解其中的RNA，而且导致DNA总量损失严重(见图1B、C)。分析认为可能是细胞表达的某些特殊的多糖等次级代谢物与RNA片段结合并将其包裹，从而阻碍了RNase A与RNA的接触，最终导致无法彻底去除DNA中的RNA，使得后续的测序工作无法进行(在实验过程中尝试着完成了PacBio文库的构建，但后续的测序工作无法进行，浪费了大量的时间和财力)。

反复的进行RNA消化，残留的RNA可能以RNA-RNA双链的形式存在，于是尝试利用RNase H对其进行消化但依然无法解决问题，因此认为紫菜腐霉DNA 中的RNA并没有形成RNA-RNA双链(结果没有在文章中展示)。

透析(dialysis)是利用小分子可以经过半透膜自由扩散到水或缓冲液的原理，将小分子与生物大分子分开的一种分离纯化技术，常用于蛋白质的脱盐纯化过程[20]。本实验首先利用基因组DNA和RNA分子大小的差异性，通过琼脂糖凝胶电泳有效分离DNA和RNA。其次，对获得的DNA溶液中无机盐离子通过透析的方法除去，从而获得较纯的DNA的TE溶液。在实验过程中应注意保持低电压下电泳，以减少电泳引起的温度升高对DNA的完整性造成的破坏。蛋白质分子大小一般用质量单位道尔顿(Dalton，Dr)表示，道尔顿是与分子量近似的单位(1Dalton=1/6.02×1023g)，在蛋白质透析中常常通过目的蛋白质分子大小来选择透析袋的孔径。由于在透析之前已经通过电泳的方法将DNA和RNA分离，而透析袋的作用只是作为拦截DNA分子的过滤膜，而且基因组DNA分子量一般都很大，DNA分子直径也远远大于需要透析出去的无机离子的直径，只要保证透析袋的孔径能够拦截DNA分子即可，因此透析袋孔径的选择范围比较宽泛[21]。

从实验结果看到，纯化后的DNA无论从琼脂糖电泳检测还是经脉冲场电泳检测，DNA的质量较高且符合PacBio建库要求(OD260/280、OD260/230在1.8～2.0之间且Nanodrop测定浓度与Qubit测定浓度比为1.37<3)(此标准为PacBio测序平台根据经验给出的建议和要求)。从回收率上，由于最开始的DNA中严重的RNA污染，我们无法准确测定最初的DNA的浓度，只是通过基因组DNA琼脂糖凝胶电泳条带与Maker条带的亮度比较的方法估读了DNA的浓度。经过电洗脱和透析后对DNA浓度进行测定，通过计算回收率可达50%～60%。对于解决如此棘手的DNA问题，50%的回收率是可以接受的。本论文成文之际已经完成了用此方法制备的紫菜腐霉菌丝DNA样品的PacBio建库和测序工作，测序片段的长度平均达到8.7 kb,最长的读长片段达到13kb(相关工作尚未发表)。这也证明了通过此方法纯化的紫菜腐霉基因组DNA样品可用于PacBio测序。

4 结语

本方法提供了一个通用、简单易行，成本低，且安全地去除紫菜腐霉基因组DNA 提取过程中的RNA污染的方法，所纯化的 DNA纯度较高且满足于PacBio文库建库要求，为后续的建库、测序提供了高质量的DNA样品，也为紫菜腐霉致病机理的研究奠定了重要的基础，同时也为其他物种在DNA制备中遇到类似的问题提供了参考方法。

[1] Park C S, Kakinuma M, Amano H. Detection of the red rot disease fungiPythiumspp. by polymerase chain reaction[J]. Fisheries Science, 2001, 67(1): 197-199.

[2] Park, Chan Sun, Sakaguchi K E, Kakinuma M A. Comparison of the morphological and physiological features of the red rot disease fungusPythiumsp. isolated fromPorphyrayezoensisfrom Korea and Japan[J]. Fisheries Science, 2000, 66(2): 261-269.

[3] Takahashi M. Identification of genusPythium[J]. Plant Protection Science, 1970, 24(8): 339-346.

[4] Park C S. Rapid detection ofPythiumporphyraein commercial samples of driedPorphyrayezoensissheets by polymerase chain reaction [J]. Journal of Applied Phycology, 2006, 18(2): 203-207.

[5] Sharon D, Tilgner H, Grubert F, Snyder, M. A single-molecule long-read survey of the human transcriptome[J]. Nature Biotechnology, 2013， 31(11)： 1009-1014.

[6] Rhoads A, Au K F. PacBio sequencing and its applications[J]. Genomics, Proteomics &Bioinformatics, 2015, 13(5): 278-289.

[7] Chen H Y, Sun Z D, Mao Y J, et al. Studies on extraction of genome DNA inCymbidiumgoeringii(Rchb.f.) Rchb.f [J]. Mol Plant Breeding, 2006, 4(1): 135-142.

[8] Peng R, Song H Y, Li Q S, et al. Extraction and characterization of total DNA fromDendrobium[J]. China Journal of Chinese Material Medica, 2003, 28(12): 1129-1131

[9] Zeng J, Zou Y P, Bai J Y, et al. Preparation of total DNA from“recalcitrant plant taxa”[J].Acta Botanica Sinica, 2002,44(6): 694-697.

[10] Wang J B, Du Z J, Lei X T, et al. Extracting total DNA from guava (PsidiumguajavaL.) leaves by improved CTAB method[J]. Letters in Biotechnology, 2006, 17(5): 757-759

[11] Zhan Y G, Zeng F S. A method for DNA extraction from mature birch leaves rich in polysaccharide[J]. Journal of Northeast Forestry University, 2005, 33(3): 24-25.

[12] Mcdonell M W, Simon M N, Studier F W. Analysis of restriction fragments of T7 DNA and determination of molecular weights by electrophoresis in neutral and alkaline gels[J]. Journal of Molecular Biology, 1977, 110(1): 119-146.

[13] 文茜, 马家海. 紫菜腐霉菌生长及繁育基础研究[J]. 江苏农业科学, 2012, 40(7): 201-204. Wen Q, Ma J H. Growth and breeding researches ofPythiumporphyrae[J]. Jiangsu Agriculture Science, 2012, 40(7): 201-204.

[14] Uppalapati S R, Kerwin J L, Fujita Y. Epifluorescence and scanning electron microscopy of host-pathogen interactions betweenPythiumporphyrae(Peronosporales, Oomycota) andPorphyrayezoensis(Bangiales, Rhodophyta)[J]. Botanica Marina, 2001, 44(2): 139-145.

[15] Uppalapati S R, Fujita Y. The relative resistances ofPorphyraspecies (Bangiales, Rhodophyta) to infection byPythiumporphyrae(Peronosporales, Oomycota)[J]. Botanica Marina, 2001, 44(1): 1-7.

[16] Porebski S, Bailey L G, Baum B R. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components[J]. Plant Molecular Biology Reporter, 1997, 15(1): 8-15.

[17] 吕俊宣, 奚雷摘. 透析袋处理[J]. 生物化学与生物物理进展, 1984: 72-72. Lv J X, Xi L Z. Processing of dialysis bags [J]. Progress in Biochemistry and Biophysics, 1984: 72-72.

[18] 深圳华大基因科技有限公司. 高通量测序文库的构建方法及其应用[P].中国，CN201210460712.2. 2014.05.21. Genomics Technology (Shenzhen) Co., LTD. Method of library building for high throughput sequence and its application [P]. China, CN201210460712.2. 2014.05.21.

[19] 王镜岩，朱圣庚，徐长法. 生物化学上册[M]. 北京： 高等教育出版社. 2002： 507-508. Wang J Y, Zhu S G, Xu C F. Volume I of Biochemistry [M]. Beijing: Higher Education Press. 2002, 507-508.

[20] 黄轶, 华超, 徐江英. 透析袋电洗脱法在蛋白质回收和纯化中的应用[J]. 南京军医学院学报, 2003, 25(1): 33-34. Huang Y, Hua C, Xu J Y. The applications of electroelution dialysis in protein recycle and purify[J].Journal ofNanjing Military Medical College, 2003, 25(1): 33-34.

[21] 周跃飞, 王汝成, 陆现彩. 微生物粘附加速钙长石溶解的直接证据: 透析法实验研究[J].地球科学, 2011, 41(10): 1454-1462. Zhou Y F, Wang R C, Lu X C. Anorthite dissolution promoted by bacterial adhesion: Direct evidence from dialytic experiment [J].Earth Science, 2011, 41(10): 1454-1462.

Abstract：PythiumPorphyraeis a special pathogen to infect Nori, which caused red rot disease inPyropiayezoensisfrequently. It brings seriously reduce in Nori production and quality every year in China, Korea and Japan. So, more genetic information about the pathogen could help us exploit disease prevention and control measures. The most useful and quickly method to get the genetic information is carrying on its whole genome analysis. High quality DNA sample is the key work for carrying on the project. Particular habitation and metabolism and abundant secondary metabolites in cells of marine organism often affects the quality of the genome DNA. TheP.porphyraegenome DNAwas polluted by RNA seriously in our preliminary experiment.Usually, RNA was easily degradation by RNase A, but the RNA which residual inP.porphyraegenome DNA was not removed absolutely, even by extending RNase A degradation time and increasingRNase A degradation times, RNA pollution in the DNA simple cannot be completely degradation,the DNAlost and degradation seriously, butthe DNA simple qualitystill cannot reach up to the standard for constructing PacBio libraries.The librarywhich was constructed mandatory cannot sequence normally. In this study, DNA was obtained by EDTA methods, then the agarosegel electrophoresis (AGE) was used to separate genome DNA and RNA.The DNA bandswere cut under UV light quickly andwere transferredinto dialysis bag, further electrophoresisto insure the direction of the DNA band migrating as before.Stopping electrophoresis after the DNA band disappeared from the agarose gelby checking under UV light. This result showed that the DNA in agarose gel had enteringto the TAE solution of the dialysis bag absolutely. The dialysis which contained DNA and agarose gel, was put into 1 liter of TE buffer, the sodium acetate (CH3COONa) in the dialysis would moved from the dialysis bag to the TE buffer. At last, the pure TE solution of DNAwas got eventually. Enriching DNA by anhydrous ethanol and then detecting the DNA by AGE and pulsed field gel electrophoresis (PFGE). The results showed that the DNA band was clearly, no RNA pollution and the DNA was integrity. It can be used for PacBio libraries constructing and sequencing.

Key wordsPythiumporphyrae; genome DNA; RNA pollution; electroelution; dialysis

责任编辑 高 蓓

The Applications of Electroelution and Dialysis to Purify Genome DNA ofPythiumporphyrae

ZOU Dan-Dan1,2, TANG Xiang-hai1，2， MO Zhao-Lan3， MAO Yun-Xiang1,2

(1. The Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, Ministry of Education, Ocean University of China, Qingdao 266003, China; 2. College of Marine Life sciences Ocean University of China, Qingdao 266003, China; 3. Yellow Sea Fisheries Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China)

Q556.2

A

1672-5174(2017)11-047-06

10.16441/j.cnki.hdxb.20160302

邹丹丹, 唐祥海, 莫照兰, 等.电洗脱法和透析在紫菜腐霉PacBio全基因组测序DNA样品纯化中的应用[J]. 中国海洋大学学报(自然科学版),2017, 47(11): 47-52.

ZOU Dan-Dan, TANG Xiang-Hai, MO Zhao-Lan, et al.The applications of electroelution and dialysis to purify genome DNA ofPythiumporphyrae[J]. Periodical of Ocean University of China, 2017, 47(11): 47-52.

国家自然科学基金项目(31372517)；国家高技术研究计划项目(2012AA10A406)；山东省自主创新专项(2013CXC80202)资助 Supported by National Natural Science Foundation of China (31372517); National High Technology Research Projects (2012AA10A406);Independent Innovation Foundation of Shandong Province (2013CXC80202)

2016-09-01；

2016-11-22

邹丹丹(1985-)，女，博士生。E-mail: zdcg2010@126.com

** 通讯作者：E-mail: yxmao@ouc.edu.cn