基于RNA-Seq筛选新型鸭细小病毒感染鸭胚成纤维细胞的差异表达基因

崔 元，李晓轩，孙继国,2★，袁万哲,2★

（1.河北农业大学动物医学院，河北 保定071001；2.河北省兽医生物技术工程技术研究中心，河北 保定071001）

2014年以来，在中国大陆东南多省陆续发生了大规模的“鸭短喙-侏儒综合征”（Beak atrophy and dwarfism syndrome，BADS），该病以鸭舌头外伸肿胀、生长发育严重迟缓为主要特征，经过病毒的分离、测序鉴定、遗传进化分析、动物模型建立等试验操作，确定引发该病的病原为鸭细小病毒（duck parvovirus，DPV），也称新型鸭细小病毒、新型鹅细小病毒等[1-4]。近年来，该病发病区域的不断扩大给养鸭业造成了巨大的经济损失。目前，国内外研究人员对水禽细小病毒病的病原展开了多方面的深入研究，并取得了很大进展，目前的研究主要集中在病毒的生物学特性[5]、基因组结构特征[6]、蛋白特性[7]、分子及免疫学检测方法的建立[8-9]等方面，而极少有研究涉及到宿主感染病毒前后差异基因表达水平的变化。

转录组测序（RNA-Seq）是一种能够用于研究宿主抗病毒感染应答差异表达基因的技术，该技术能够在单核苷酸水平针对特定物种的整体转录活动进行检测，从而全面快速地获得该物种在某一状态下的几乎所有转录本信息，且测序结果的准确度很高[10]，已被广泛地应用于筛选相关疾病基因。有学者利用RNA-Seq技术研究发现，吸血后的蚊子体内有30%的转录本信息发生变化，为蚊媒病提供了控制依据[11]。有研究人员利用RNA-Seq技术研究了小麦矮缩病毒侵染小麦的复杂过程，为研究病毒致病的分子机制奠定了基础[12]。……