王振宇 钱 祥 张爱琴
1 浙江省杭州市丁桥医院 浙江 杭州 310021
2 浙江省肿瘤医院 浙江 杭州 310022
本研究通过新一代的高通量测序,对肠道菌群进行基因测序,了解原发性肺腺癌患者与健康对照组肠道菌群结构的差异性。
1.1 标本采集:选取浙江省肿瘤医院胸部肿瘤外科新入院患者,充分沟通后,签署知情同意书。要求1周内未使用中药制剂、抗生素、类固醇药物、微生态制剂及酸奶等。收集的粪便于省肿瘤医院-80℃保存。剔除各种原因不愿手术,术后病理为炎性病变,术后病理非腺癌粪便标本。取病理确诊为肺腺癌的患者粪便10例,与患者平均年龄相近的正常人粪便10例,用做实验对象。
1.2 粪便DNA提取与16S rRNA PCR扩增及Illumina测序:按TIANamp Stool DNA kit试剂盒说明进行。用紫外分光光度计检测DNA浓度及纯度,1%琼脂糖凝胶电泳跑胶观察DNA完整性。质检后选取合适DNA样本进行后续分析。
1.3 数据分析:通过生物数据分析进行OTU聚类及注释、Alpha多样性、Beta多样性、群落组成分析、物种丰度差异分析等。
2.1 一般资料:入组的10例原发性肺腺癌患者均为男性,年龄42~59岁,平均年龄48.8±6.12岁;健康人群对照组10例均为男性,年龄40~60岁,平均年龄48.7±6.25岁。两组人群年龄、性别比较无统计学差异(P>0.05)。
2.2 样本肠道菌群OTU聚类、注释及维恩图:如图1。每个椭圆代表一个样品(分组),椭圆间的重叠区域表示样品间(组间)共有的OTUs,每个区域的数字大小表示该区域对应的OTUs数目。可以看出原发性肺腺癌患者与健康人群肠道菌群OTUs总数基本一致,在种类上有一定的重合性,同时存在显著差异。……