辣椒FAR1基因家族的全基因组分析

夏承东 方大伟

摘要 FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1（FAR1） 基因在植物生长发育中起着重要的调控作用。该研究采用生物信息学的方法，从辣椒基因组中鉴定得到20个CaFAR1转录因子家族成员，系统进化分析表明，20个 CaFAR1基 因分为6个亚家族，其中18个 CaFAR1 基因分布在8条染色体上，8 号染色体上有3个，2号、6号、7号、12号染色体各分布1个，6号和10号染色体上各分布2个，3号染色体上有6个。GO功能注释表明，20个CaFAR1蛋白序列基于氨基酸的相似性被分为三大类：生物过程（BP）、细胞成分（CC）和分子功能（MF）。

关键词 辣椒; FAR 基因家族;生物信息学;全基因组分析

中图分类号 Q943.2 文献标识码 A

文章编号 0517-6611（2020）14-0097-06

doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2020.14.027

Abstract FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1 （FAR1） gene plays an important regulatory role in plant growth and development.In this study，bioinformatics was used to identify 20 CaFAR1 transcription factor family members from the pepper genome.Phylogenetic analysis showed that 20 CaFAR1 genes were divided into 6 subfamilies.Of all 20 CaFAR1 genes，18 genes were mapped to the 8 chromosomes.Three genes were mapped to chromosome 3，four genes were mapped to chromosome 2，6，7 and 12 with one for each.Two genes were mapped to the chromosome 6 and 10.There are 6 genes were mapped to the chromosome 3.GO analysis showed that the functions of 20 CaFAR1 genes were enriched in biological process，cell component and molecular function.

Key words Pepper; FAR gene family;Bioinformatics;Whole genome analysis

FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1（FAR1）是转座酶衍生的一类转录因子，是能够在远红光下直接激活FHY1/FHL的基因表达，其在植物淀粉合成代谢和碳饥饿引发的能量匮乏过程中起着重要调控作用[1-2]。目前，已在拟南芥中分离得到了14个FAR1家族成员被鉴定，编码的蛋白长度为531～851个氨基酸[3]。而在棉花中鉴定出88个 FAR1 基因，其中亚洲棉27个、雷蒙氏棉35个、陆地棉26个，编码的蛋白长度为158～1 134個氨基酸[4]。辣椒是我国一种重要的蔬菜作物，光照时间、光照强度以及不同光质对辣椒产量和品质都有很大的影响。然而关于辣椒光敏色素调控相关基因的报道鲜见。该研究利用生物信息学方法，筛选、鉴定辣椒 FAR1 基因家族成员，通过分析其系统进化关系、基因结构，以及染色体定位，探索辣 椒FAR1 基因功能及其应用。

1 材料与方法

1.1 植物序列来源

辣椒 （Capsicum annuum L.）FAR1转录因子家族数据来源于NCBI（https：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/？term=Capsicum+annuum）与PlantTFDB（http：∥planttfdb.cbi.pku.edu.cn）等数据库。拟南芥 （Arabidopsis thaliana）与番茄（Solanum lycopersicum） FAR1转录因子氨基酸序列来源于PlantTFDB数据库。……