基于GWAS 数据库鉴定与食管癌相关的易感基因*

姜 赟，史加海

(1 南通大学附属瑞慈医院胸心外科，南通 226010；2 南通大学附属医院胸心外科)

食管癌是发生在食管上皮组织的恶性肿瘤，是人类常见的消化道恶性肿瘤之一，其侵袭性较高、预后较差。食管癌的患病率在世界各地分布不均，据WHO 报道，全世界约50%的食管癌发生在中国[1]。由于食管癌早期诊断不易，50%以上的患者就诊时已处于中晚期。该病自然病程仅6～8 个月，诊断后的总5 年生存率仅12.8%[2-3]。上皮来源的食管癌主要有两种病理类型：食管鳞状细胞癌和食管腺癌，其中食管鳞状细胞癌是我国食管癌的主要组织学类型，占90%～95%。食管癌的易感性受环境和遗传因素的双重影响，涉及到食管癌发生过程中的危险因素和机制目前尚不清楚。

全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)作为研究疾病遗传因素的重要方法，利用芯片通过对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)位点进行检测，发现了与数百种疾病特征相关的变异[4]。2012 年，我国研究者[5]发现rs1050631和rs7242481 与汉族食管鳞癌患者的生存相关联。2016 年发表的一项研究在64 例中国食管癌患者的样本中检测了45 个基因的737 个位点，发现主要的突变基因有TP53、PIK3CA、FBXW7 和KRAS[6]。然而，GWAS 研究中找到与疾病或表型相关的SNPs 大部分位于非编码区[7]，通过SNPs 解释其在疾病发病发生机制中的生物学功能时存在难度。DNA 元素百科全书协会研究[8]表明，非编码区的SNPs 也含有调控元件，可间接调控近端或远端基因的表达。全基因组表达定量性状位点(genome-wide expression quantitative trait locus,eQTL)分析是研究SNP 对基因表达影响的一种典型且有效的统计方法[9-10]。……