纳米孔三代测序在HIV/AIDS合并肺部感染者快速病原学鉴定的应用价值探讨

邓浩辉，刘惠媛，高洪波，陈伟烈

目前，二代宏基因组测序技术已广泛用于临床，能对样本的微生物构成进行准确鉴定，但其受限于实验原理，测序速度相对较慢。根据文献报道，纳米孔三代测序(Oxford Nanopore Technologies)相对于二代测序对样本病原学鉴定具有更快速且能保持准确性的优势。目前该技术对人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(Human Immunodeficiency Virus/Acquired Immunedeficiency Syndrome，HIV/AIDS)合并肺部感染者快速病原学鉴定的准确性评估尚未见相关报道，现报道如下。

1 研究对象与方法

1.1 研究对象 本研究纳入2019年8月-9月在广州市第八人民医院住院治疗的2例HIV/AIDS合并肺部感染者，患者A为男性69岁，患者B为男性60岁。2例患者均留取纤维支气管镜肺泡灌洗液样本。患者HIV/AIDS的诊断符合《中国艾滋病诊疗指南(2018版)》[1]。患者肺部感染的诊断符合《中国成人医院获得性肺炎与呼吸机相关性肺炎诊断和治疗指南(2018版)》[2]，临床标本的留取参照 WS/T640-2018临床微生物学检验标本的采集和转运的标准。纳入研究的2例患者均签署知情同意书。

1.2 常规实验室检查 本研究2例患者的肺泡灌洗液样本均进行常规细菌和真菌培养，并常规行结核DNA(PCR法)和GeneXpert MTB/RIF等方法对样本的结核分枝杆菌进行检测。患者血常规检测使用X1000全自动血液分析仪(日本Sysmex公司)，血清降钙素原使用Cobas 801全自动电化学分析仪(瑞典Roche公司)，CD4+T淋巴细胞计数使用Canto II流式细胞仪进行检测(美国BD公司)。

1.3 样本DNA提取和测序文库的构建

1.3.1 纤维支气管镜肺泡灌洗液样本DNA提取 纤维支气管镜肺泡灌洗液样本首先使……