基于GEO数据库的胎儿发育异常时羊水游离RNA中组织特异性差异表达基因分析

任建宇，司艳梅，刘 欣，杨树法△

1.首都医科大学附属北京妇产医院产前诊断中心，北京 100026;2.首都医科大学基础医学院医学遗传学与发育生物学系，北京 100069

出生缺陷是胎儿出生前发生的身体结构、功能或代谢异常，严重影响患儿和患儿家庭的生活质量，产前诊断是预防出生缺陷的主要手段。染色体微阵列分析技术、全基因组测序及全外显子测序等分子生物学技术在产前诊断中的应用，极大地提高了致病性变异检出率，同时也检出大量可疑致病性、不确定性、可疑良性的基因组结构性变异[1-3]。如何获取更多胎儿发育信息，结合B超等影像学检查，综合判断胎儿发育情况，对胎儿做出合理的诊治，成为产前诊断中亟待解决的问题。羊水是产前诊断的主要标本，羊水上清液通常作为医疗废物处理。研究发现羊水上清液中包含各种游离RNA，并且羊水游离RNA比羊水脱落细胞中RNA有代表性，更能反映胎儿全身的发育状态[4-5]。胎儿发育异常能够影响羊水游离RNA中的基因表达，羊水游离RNA基因变化与器官组织发育异常密切相关[6]。本研究通过对比分析发育异常胎儿和正常胎儿羊水游离RNA的芯片检测结果，获取差异表达基因，进而分析这些差异表达基因的组织表达特点，以期发现能够反映胎儿发育异常的组织特异性基因。

1 资料与方法

1.1一般资料 以唐氏综合征(DS)及爱德华综合征(ES)胎儿作为系统发育异常的研究对象。从GEO数据库中下载GSE16176[7]和GSE25634[8]芯片检测数据。GSE16176中包括7例正常胎儿和7例DS胎儿；……