新型冠状病毒不同分支传播现状及传播特性的研究

冯 骁 孟子延 高 杨 徐祥雄 马丹婧 李琦涵

根据基因组序列的进化分析，新型冠状病毒SARS-CoV-2属于正冠状病毒亚科、β冠状病毒属，是感染人类的冠状病毒家族中的第7个成员[1,2]。SARS-CoV-2的S蛋白能与血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme-2,ACE2)蛋白结合从而感染细胞，入侵宿主[3]。ACE2 蛋白广泛存在于口腔、鼻黏膜、鼻咽、肺、胃、小肠、结肠等人体器官和组织中，其在肺泡上皮细胞和小肠上皮细胞表面表达量较高，这为SARS-CoV-2提供了可能的入侵途径[4]。SARS-CoV-2致死性与 MERS-CoV和SARS-CoV相比较弱，但SARS-CoV-2却具有在人群中传播的高风险[5，6]。

病毒的基因组决定了其高传播性[7]。随着时间的发展，病毒在人群中的不断传播会使其发生基因突变，进而可能导致病毒致病特性的改变。本研究意在探究SARS-CoV-2各分支的时空传播规律及人群传播特点，以期从分子流行病学的角度分析不同突变分支的致病特性，为病毒的致病机制研究提供线索。

材料与方法

1.基本资料：GISAID来源的2019年12月24日～2020年7月10日的病例元数据共3247条，包含分支、来源、性别、年龄、采样日期等信息。全球疫情共享网站GISAID截止到2020年7月18日共收录了来自全球200多个国家和地区的全基因组测序数据60830条。该网站根据其系统发育树聚类分析将SARS-CoV-2分为S、L、V、O、G、GR、GH等7种分支。

2.方法：从元数据的信息中筛选出性别、年龄、病毒株型等信息，进一步整理获得株型-采样日期信息、年龄-分支信息、性别-分支等信息。统计每个月中各分支的占比。以年龄划分组别，每20岁划分为一组，统计各组中每种分支的数量;以性别划分组别，统计各组中每种分支的数量。……