基于转录组测序的ATPR诱导NB4细胞分化过程中lncRNA的初步鉴定与分析

冯钰斌，胡 爽，李兰兰，徐小玲，张梅菊，彭晓清，陈飞虎

急性早幼粒细胞白血病 ( acute promyelocytic leukemia,APL) 属于急性髓系白血病 (acute myeloid leukemia,AML) 的M3分型，临床上主要采用诱导分化治疗，全反式维甲酸(all trans retinoic acid,ATRA)是临床治疗的首选药物，但维甲酸综合征、耐药性等都是其副作用。为了避免这些副作用，课题组前期对ATRA进行结构改造，得到了很多ATRA衍生物，经过前期的药效学筛选，发现4-氨基-2-三氟甲基苯基维甲酸酯 (4-amino-2-trifluoromethyl-phenyl retinate,ATPR)具有较强的抗肿瘤活性。

长链非编码RNA (long-chain non-coding RNA，lncRNA)主要是通过顺式或反式作用调节来发挥基因表达的作用。lncRNA不仅可以调节上皮间质转化过程，还可以充当 microRNA 海绵来调节信号通路。lncRNA 比 mRNA 的特异性更高，所以lncRNA更有可能被开发成肿瘤诊断和预后的标志物。该研究以NB4细胞为研究对象，运用基因芯片技术筛选出ATPR与ATRA分别作用于NB4细胞后差异表达的lncRNA和mRNA，以此探讨ATPR 对 NB4 细胞作用的可能机制及分子靶点。

1 材料与方法

1.1 材料

委托合肥新星药业有限公司合成纯度达到99.66%的ATPR(图1)，用无水乙醇将其溶解成浓度为20 mmol/L 的母液，-20 ℃ 避光保存备用；阳性药ATRA购自美国Sigma公司；NB4细胞株购自中科院上海细胞库；RPMI 1640购自Hyclone 公司；小牛血清购自杭州四季青生物工程材料有限公司。

图1 ATPR分子式

1.2 细胞培养与加药处理

为了得到对数生长期的细胞，在温度为37 ℃、CO浓度为5%的培养箱中培养细胞，待满足生长条件后，随机将细胞分为两组，用终浓度为1×10mol/L的ATRA和ATPR 分别处理细胞，培养72 h后收集细胞。

1.3 lncRNA和mRNA基因芯片表达谱

委托上海欧易生物科技有限公司代为完成基因芯片表达谱的构建与分析。……