银杏转录组SSR位点分布及其序列特征分析

范雪娇，汪贵斌，杨晓明，周婷婷，任 重

（南京林业大学，江苏 南京 210037）

银杏Ginkgo bilobaL.为银杏科银杏属植物，起源于古生代晚期，至今已有2.7 亿～3.5 亿年的演化历史，在经历过第四冰期后，银杏仅在我国残存，后被引种至其他国家，银杏是世界著名的中生代孑遗植物，也被誉为植物界的“活化石”，其种质资源十分珍贵[1-5]。银杏为落叶大乔木，雌雄异株，又被称为白果树、公孙树。银杏的用途十分广泛，目前，银杏在食用、观赏、生态防护、经济、医疗保健及科学研究等方面都具有很高的应用价值，尤其是银杏的药用价值已在世界范围内受到关注[6-8]。2015—2019年，浙江大学、中国科学院植物研究所和华大基因研究院的科学家们在构建了银杏首个基因组草图后对全球545 棵银杏大树进行了基因组重测序，2019年终于构建了迄今为止最大的银杏遗传数据库，这为认识银杏的进化历史与进化潜力提供了重要信息[9]。曾有学者研究了如何利用ISSR 分子标记来分析银杏种质资源的遗传多样性并鉴定其亲缘关系等问题[10]，他们根据银杏大小孢子的转录组数据寻找与银杏性别相关的位点，为早期银杏性别的鉴定提供了理论依据[11]，而有关SSR 位点的分布、不同基元类型的组成及其特征的详细分析等方面的研究报道却较少。

分子标记被广泛应用于遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定之中[12]。简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）又称作微卫星标记，是一种由1～6 个碱基串联、重复不同次数才组成的重复DNA 序列。SSR 分子标记技术具有多态性高、重复性好、标记数量多、成本低廉、等位基因变异多等优点[11，13]。……