宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

朱 祺，罗 雯,*，艾佐佐，柴学文，王樟凤

(1.南昌师范学院 生物系，江西 南昌 330032；2. 江西省地方鸡种遗传改良重点实验室/南昌师范学院 生物技术研究所，江西 南昌 330032)

宁都黄鸡原名“宁都三黄鸡”，原产于江西省宁都县黄石、对坊等南部乡镇[1]，至今已有1 500多年的饲养历史[2]。目前对于宁都黄鸡的研究多是关于肉质品质、外貌特征和生产性能等方面，尚未见宁都黄鸡肠道菌群的系统分析研究。

肠道微生物是一个相当复杂的微生态系统[3]，而禽类肠道微生物对微生物资源的开发具有重要意义[4]。禽类为肠道微生物提供了生存生长的环境和营养物质[5]，而肠道微生物则通过合成供给宿主所需的营养，辅助消化吸收，抵制潜在有害菌[6]，调节宿主的免疫机能，维持宿主的健康，因此彻底了解肠道微生物组对宿主的影响是非常重要的[7]。动物消化道中微生物群落的多样性能够保证肠道微生物区系平衡，维持胃肠道环境相对稳定，并且结肠、盲肠中微生物最多[8]，因此本研究以盲肠为研究对象。

高通量测序技术已成为当前微生物群落多样性研究的主流方法[9]。要获得高质量的测序结果，一个重要的条件是提供高质量的DNA、RNA样品。目前提取样本基因组的试剂盒很多，但各自的提取效果缺少对比分析。本研究将对基因组质量提取的不同预处理方法和不同试剂盒的提取物质量进行比较，并基于扩增子测序结果对宁都黄鸡的盲肠菌群组成结构进行初步探究，从而为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用、乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。……