镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析

刘江枫

（福州市于山风景名胜公园管理处，福建 福州 350001）

0 引言

【研究意义】镰翅羊耳蒜（Liparis bootanensis）隶属于兰科（Orchidaceae）羊耳蒜属，广泛分布于亚洲热带和亚热带区域，常附生于林中树干和岩壁上[1]，已被列入国家II 级重点保护（第二批，讨论稿）和CITS 附录II（http://www.iplant.cn/rep/protlist）植物中。物种在长期的进化过程中，倾向于使用某种或某几种同义密码子，形成了密码子偏好性（Coden usage bias）。叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，其基因组具有母系遗传、拷贝数多、表达效率高、遗传相对保守等特点，可作为理想的转化载体，具有明显的高表达优势[2,3]。因此，通过镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子分析，将为镰翅羊耳蒜系统进化、遗传转化和制定保育策略提供基础依据。【前人研究进展】镰翅羊耳蒜具有较高的药用价值，为我国传统药用植物[4]，具有解热止咳、止血、止痛作用[5-6]。目前，对于镰翅羊耳蒜的研究主要有化学成分、繁殖生物学和叶绿体基因组等方面[7-9]。密码子偏好性在不同物种、组织或基因中存有多样性，受多种因素影响，但突变和选择是影响密码子偏好性形成的主要因素[10-15]。【本研究切入点】关于镰翅羊耳蒜的遗传学研究较少，其叶绿体基因组密码子尚待进一步研究。【拟解决的关键问题】本研究对镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子组成、偏好性及影响因素进行分析，并确定最优偏爱密码子。

1 材料与方法

1.1 序列数据

镰翅羊耳蒜叶绿体基因组数据来源于NCBI 数据库（GenBank 收录号为MN627759），全长为158 325 bp，其中GC 含量为36.9%，共包含有83 条CDS[9]。……