三阴性乳腺癌关键基因FOS和SPP1的生物信息学分析①

谭玉靓 唐 标 （湖南中医药大学医学院，长沙410208）

乳腺癌是全球女性发病率最高的恶性肿瘤，对女性健康具有极大的威胁，我国每年死于乳腺癌的人数超过120 万，占全球乳腺癌死亡病例的9.6%，对国民经济造成了严重的负担［1-2］。三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer，TNBC）是一种特殊的乳腺癌亚型，占浸润性乳腺癌的10%~20%，以雌激素受体（estrogen receptor，ER）、孕激素受体（proges‑tin receptor，PR）和人表皮生长因子受体（human epidermal growth factor 2，HER-2）表达均为阴性为特点［3］。相比其他类型的乳腺癌，TNBC 的侵袭性更高，易早期复发，预后较差［4］。TNBC 的病理过程非常复杂，且其对现有分子靶向治疗反应较差，因此探讨TNBC 的分子机制，寻找新的生物标志对于疾病的早期诊断和治疗非常重要［5-6］。目前，利用生物信息学对疾病进行分析成为探讨疾病机制的重要手段［7］。基于生物信息学理论，能从基因、通路以及蛋白质等多种层面全面了解疾病的发病机制，为疾病的诊断和治疗提供方向［8］。本研究通过GEO数据库获得与TNBC 相关的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），对 DEGs 进行富集分析和网络分析，得到TNBC 的致病关键基因，并进一步对关键基因进行生存分析。旨在通过生物信息学方法，分析TNBC 发病的分子机制，寻找TNBC 的关键基因，为TNBC的诊治与评估提供参考信息。

1 材料与方法

1.1 材料 GEO 数据库（https：/ /www. ncbi. nlm.nih. gov/gds/）用于获取TNBC 芯片信息；GEO2R（https：/ /www. ncbi. nlm. nih. gov/geo/geo2r/）用于分 析 芯 片 ，确 定 DEGs；David 在 线 分 析 平 台［9］（https：/ /david. ncifcrf. gov/）用于进行基因本体（gene ontology，GO）功能富集分析；KOBAS v3.0 在线分 析平 台［10］（http：/ /kobas. cbi. pku. edu. cn/ko‑bas3）用于进行京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分 析 ；String［11］（https：/ /string-db. org/cgi/input. pl）和Cytoscape［12］（https：/ /cytoscape.org/）用于构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，筛选关键基因；GEPIA 在线平台［13］（http：/ /ge‑pia. cancer-pku. cn/index. html）用于分析关键基因的差异表达；……