甘肃省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及地区分布

郭丽民，席进孝，葛亚俊，王宇萌，苗克军，吴 斌，徐大琴

鼠疫是一种流行在啮齿动物间通过蚤传播的自然疫源性疾病，病原体为鼠疫耶尔森菌。鼠疫菌对糖、醇的酵解能力是生化分型的重要指标之一。纪树立等[1]根据鼠疫菌生物学特征，将我国不同类型鼠疫疫源地分离的鼠疫菌株分为17个生态型。段永明等[2]将甘肃省鼠疫疫源地分离的菌株分为阿尔金型、青藏型、祁连型和甘宁黄鼠型。不同生态型的鼠疫菌均占有一块各自相对独立的疫源地分布区，而且菌株在分布区内占有优势。各疫源地动物间鼠疫流行强度的差异，使得菌株在适应环境的变化过程中遗传特征发生变化，这种变异被保存下来，造成不同疫源地间菌株在基因上的差异。由于甘肃省动物间鼠疫流行猛烈，常波及人间鼠疫疫情流行，而且非法猎捕贩运旱獭容易造成鼠疫远距离传播，为此需要利用简单经济的分子分型方法对鼠疫疫情进行溯源分析。VNTR在鼠疫菌基因组中分布广泛，可以通过分析多个位点的变异信息，进行鼠疫菌基因分型和进化分析，即MLVA(Multiple locus variable number tandem repeat analysis)方法。本实验室早期利用15个VNTR位点进行鼠疫菌株的基因分型，只将鼠疫菌株分为两个群，不能区分不同生化型的鼠疫菌株[3]。本次研究采用MLVA(14+12)分级分型的方法对甘肃省鼠疫菌株进行基因分型[4]，以期建立甘肃省鼠疫菌VNTR位点多态性数据库，为鼠疫疫情的鉴定溯源提供理论支持。

1 材料与方法

1.1 菌株来源及DNA制备 选取甘肃省1962-2014年间198株鼠疫菌，其中甘宁黄鼠型菌株6株、青藏型菌株128株、祁连型菌株46株、阿尔金型菌株18株。……