基于TCGA数据库分析FOXO1在肝癌中的表达及预后意义

杨廷芳，王丽，张勇

0 引言

肝癌是常见的恶性肿瘤之一，死亡率达8.3%，位于全球癌症死因第三位[1]。从1990年到2017，肝癌在我国前25位死因中排第五位[2]。手术、放化疗及靶向治疗是主要治疗手段，但其死亡率和复发率仍然很高[3]。肝癌的发生涉及基因异常表达并且存在肿瘤细胞异质性[4-6]，从基因水平探讨肝癌的发生发展机制及其与预后的相关性，有利于发现新的分子诊断和治疗靶点。

FOXO1（叉头框转录因子O1），也称FKHR，在细胞增殖和癌症生物学中起着重要作用[7]。FOXO1基因异常表达与多种肿瘤发生有关[8]，如过表达与横纹肌肉瘤[9]、乳腺癌[10]及卵巢癌[11]等有关，低表达与结肠癌[12]和前列腺癌[13]有关。目前多数研究是关于FOXO1与肝癌（hepatocellular carcinoma,HCC）的机制和预后关系的小样本研究，而关于FOXO1与肝胆管癌（hepatocholangiocarcinoma,HCC-CC）及肝纤维板层癌（fibrolamellar carcinoma,FL-Ca）的发生发展机制及预后关系的研究未见报道。因此，本研究采用TCGA数据库结合HPA数据库从大样本层面分析FOXO1在三种主要病理类型的肝癌中的转录水平、蛋白质表达情况及与预后的关系。

1 资料与方法

1.1 临床资料获取

从TCGA 数据库（https://portal.gdc.cancer.gov/）获得407例肝癌和58例癌旁组织的mRNA表达水平及患者临床信息。肝癌患者相关临床信息包括年龄、性别、生存时间、死亡状态、病理组织类型、肿瘤分级及TNM分期。

1.2 分析TCGA数据库中FOXO1在肝癌和癌旁组织中的表达差异

采用非参秩检验（Wilcox Test）和R软件（4.0.2版）Beeswarm包分析从TCGA数据库中获得的FOXO1 mRNA在肝癌和癌旁组织中的表达差异。P＜0.05为差异有统计学意义。

1.3 临床相关性分析

采用R包ggpubr分析FOXO1基因与肝癌的临床病理特征的相关性。……