微单倍型遗传标记的法医基因组学研究

李茜，王浩宇，曹悦岩，朱强，舒潘寅，侯婷芸，王雨婷，张霁

研究报告

微单倍型遗传标记的法医基因组学研究

李茜，王浩宇，曹悦岩，朱强，舒潘寅，侯婷芸，王雨婷，张霁

四川大学华西基础医学与法医学院，成都 610041

微单倍型(microhaplotype, MH)是在一定DNA片段范围之内，由至少两个单核苷酸多态性位点组成的遗传标记。MH兼具无stutter伪峰、多态性丰富以及扩增子较小等特点，有望成为法医学上的一种新型遗传标记。为了从全基因组维度上分析MH的特征，进一步发掘其应用潜能，本研究基于千人基因组计划中105个中国南方汉族个体的全基因组测序数据，构建了迄今为止最全面的MH数据集。结果表明，人类基因组中350 bp范围之内的MH位点数量共计9,490,075个，且微单倍型分布密度对染色体变异水平具有提示作用。从多种碱基跨度范围对MH的多态性分析表明，其多态性潜能可达到或者超过常用短串联重复序列位点的水平。此外，本文归纳总结了MH组装灵活等特点，并提出了构建微单倍型数据库的方案。

法医遗传学；微单倍型；千人基因组计划；中国南方汉族群体

近些年，微单倍型(microhaplotype，MH)逐渐受到法医学领域研究人员的关注。MH由Kidd实验室(美国，耶鲁大学医学院)在2013年首先提出[1]，是一种在几百个核苷酸以内，由两个或多个紧密连锁的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)位点组合而成的多等位基因分子标记。MH与其他遗传标记相比具有以下特点：(1)扩增子没有stutter峰。微单倍型没有短串联重复结构，不会出现stutter峰所带来的诸如增加不平衡混合样本分析的复杂性等干扰问题[2,3]。……