16S与gyrB基因联合建树快速鉴定一株蜡样芽孢杆菌

傅 奇，甘美裕，王 艳，林俊杰，卢源钦，肖玉娟

（厦门华厦学院，福建 厦门 361024）

作为细菌鉴定最常用的方法，16S rDNA/RNA测序具有快速、简便、准确等优点，但在部分类群中16S序列存在高度相似性，无法准确定位到种[1]。尤其在芽孢杆菌属中，由于种间序列高度相似，无法单独依靠16S序列对菌种进行鉴定，通常需要结合其他数据进行分析，如通过3′端16S rDNA和5′端16S-23S ITS核苷酸序列结合构建进化树进行分类[2]，再结合 DNA 杂交进行分析[3]；或 16S、gyrA、gyrB基因序列分别比对、建树[4]。

蜡样芽孢杆菌作为一种条件致病菌，可产生多种毒素，导致腹泻或呕吐[5]，是食品中的一类重要致病菌，施用动物肥的果蔬容易受污染。目前蜡样芽孢杆菌主要通过生化实验进行鉴定，耗时较长，开发快速准确的分子鉴定方法有助于缩短检测周期。gyrB基因作为一种细菌中的常见保守序列，可编码DNA促旋酶的B亚单位，进化速度快于16S，可用于细菌的鉴定[6]。张慧娟等人采用gyrB与多个毒力基因结合进行多重PCR进行快速检测，但其中特异性gyrB基因在部分苏云金芽孢杆菌也呈扩增阳性[7]。本研究利用16S序列与gyrB基因拼接序列联合建树，以较少的序列数和进化树数实现对筛选菌株的快速鉴定，提高数据的利用率，减少数据冲突，为芽孢杆菌种群的分子生物学鉴定方法开发提供参考。

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1 土壤样本 厦门同安国家农业科技园区竹坝农场采集，该种植区施用动物肥。

1.1.2 培养基 营养琼脂培养基：购自广东环凯生物科技有限公司；甘露醇卵黄多粘菌素（MYP）琼脂培养基、胰酪胨大豆羊血琼脂培养基、动力-硝酸盐培养基：购自青岛海博生物科技有限公司。……