高通量测序技术在循环肿瘤DNA检测中的应用

李斯特，徐文博

（思路迪医学检验所有限公司）

肿瘤已成为人生命健康的重要威胁因素，我国每年新发癌症病例约392.9 万例，癌症死亡约233.8 万例，发病率接近世界平均水平，死亡率更是高于世界平均水平[1]。肿瘤发生是一个渐进的过程，基因突变通常发生在肿瘤发生过程中，可用于肿瘤诊疗。现有肿瘤基因诊断方法主要基于组织活检以及液体活检，组织活检通常存在组织异质性、肿瘤内异质性、转移间异质性和时间异质性，存在一定的局限性，可能导致错失针对性治疗机会或治疗干预不当。对比传统组织活检，液体活检具有非侵入性、患者依从性高、取样量少、取样风险低、特异性高、可重复多次取样等优点，并且可解决肿瘤异质性的问题，在肿瘤的早期辅助诊断、伴随诊断、治疗监测、预后评估等方面的应用价值极高，液体活检可能是未来几年肿瘤最具影响力的领域之一[2,3]。

液体活检检测的样本主要包括循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)、循环肿瘤细胞(circulating tumor cell，CTC)和外泌体等，其中 ctDNA是目前临床实验室应用最多的液体活检靶标。尽管近年来ctDNA 的研究取得了大量的成果，但ctDNA 作为生物标志物在临床应用中仍存在许多技术问题。这主要是因为与正常体细胞DNA 相比，ctDNA 具有以下独特的特征:(1)它处于动态、实时变化的状态，ctDNA 含量随肿瘤分期的变化而动态变化;(2)半衰期短，通常为2h[4];(3)DNA 片段破碎程度高，在酶切的作用下，长度主要在166 bp 左右[5]；(4)与大量野生型DNA 共存，血液中突变型ctDNA 的拷贝数仅为野生型的1%或更少，野生型DNA 中仅一个碱基差异即可严重干扰突变型ctDNA 的检测[6];(5)浓度低,每毫升血浆样本中只有几十个ctDNA 拷贝。……