云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性

张幼芳，张巍，侯思如

1.浙江警察学院，浙江 杭州 310053；2.中国刑事警察学院，辽宁 沈阳 110854；3.中国医科大学，辽宁 沈阳 110122

STR 是当前法医DNA 分析的主流遗传标记，具有较高的突变率，这虽然会影响法医分型判断和鉴定意见的准确性，但为群体遗传学提供了研究基础。因此，常染色体STR基因座被广泛运用于人类群体遗传学研究。本研究对云南回族人群17 个常染色体STR基因座的遗传多态性进行调查，以期为法医学个体识别、亲权鉴定以及群体遗传学研究提供基础数据。

1 材料与方法

1.1 样本

根据知情同意原则收集725 例云南回族无关个体的血滤纸样本。

1.2 DNA提取、扩增及检测

采用打孔器取1.2 mm 直径血滤纸进行检验。使用PowerPlex® 18D 试剂盒（美国Promega 公司）在9700型PCR仪（美国Applied Biosystems 公司）上进行直接扩增，扩增体系为10 μL。采用3130xl基因分析仪（美国Applied Biosystems 公司）进行电泳分离。使用GeneMapper® ID v3.2软件（美国Applied Biosystems公司）进行基因分型，等位基因峰高阈值设置为50 相对荧光单位（relative fluorescence units，RFU）。以男性标准品2800M（美国Thermo Fisher Scientific 公司）作为质量控制的阳性对照，双蒸水作为阴性对照。对于off-ladder（OL）等位基因，采用ForenSeq DNA Sig⁃nature Prep试剂盒（美国Verogen公司）进行二代测序，使用ForenSeqTMUniversal Analysis Software（UAS）v1.3（美国Verogen 公司）和STRait Razor 3.0[1]软件进行序列分析。

1.3 统计学分析

采用Modified Powerstats 软件[2]计算17 个常染色体STR 基因座的等位基因频率、匹配概率（probabili⁃ty of match，Pm）、个体识别率（discrimination power，DP）、多态信息含量（polymorphic information content，PIC）、非父排除率（probability of paternity excluding，PE）、亲权指数（parentage index，PI）、观察杂合度（observed heterozygosity，Ho）以及Hardy-Weinberg 平衡检验等。

使用Arlequin 3.5 软件[3]进行基因座间连锁不平衡检验，并比较云南回族与其他7 个云南群体（白族[4]、藏族[5]、拉祜族[6]、哈尼族[7]、苗族[8]、佤族[9]、汉族[10]）在除Penta D和Penta E外的15个常染色体STR基因座的群体遗传距离（Fst）。……