基于TCGA分析ABRACL在食管癌组织中的表达及机制

曹莎莎，段丽娟，周福有

(安阳市肿瘤医院/河南科技大学第四附属医院 a.中心实验室；b.胸外科，河南 安阳 455000)

食管癌是消化道常见的恶性肿瘤之一，其发病率和病死率分别居全世界恶性肿瘤的第8位和第6位[1]。由于早期诊断率低，确诊时多数患者已经发生了癌细胞转移，食管癌患者的5 a生存率低于20%[2-3]。因此，寻找与食管癌临床特征和预后相关的生物标志物，探究食管癌的发病机制，对食管癌的早期诊断、开发新的治疗靶点、延长患者生存期具有重要意义。ABRACL蛋白，又称HSPC280蛋白，位于人类染色体6p24.1上，长14 kb，编码81个氨基酸，其保守的疏水槽可以与其他蛋白相互作用来增加肌动蛋白动力和细胞活动性[4-5]。研究表明，ABRACL在乳腺癌[6]、子宫内膜癌[7]、胃癌[8]中的表达水平均升高。目前还未有报道研究ABRACL在食管癌中的表达情况及意义。本研究通过下载TCGA数据库信息，分析ABRACL在食管癌中的表达及其与预后的关系，同时采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction，RT-qPCR)检测并比较22对食管鳞癌组织和对应癌旁组织中ABRACL的表达水平，以期为食管癌的早期诊断和治疗提供新的分子标志物。

1 资料与方法

1.1 TCGA和GEO原始数据下载及分析通过TCGA和GEO官方数据库网站下载食管癌的基因表达数据及相应临床信息。包括食管癌组织样本164例和正常食管组织样本1 032例。对原始数据进行标准化处理，然后通过基因作图进行注释和筛选。TCGA和GEO数据分析方法分别基于R软件的edgeR包和limma包进行表达差异分析。TCGA数据库中依据ABRACL基因的中位表达水平(84)将食管癌患者分为低表达组(≤84)和高表达组(>84)，其中低表达组81例，高表达组80例。