稀杯盔形珊瑚转录组分析

刘金豆，刘　丽，黄元佳

（广东海洋大学水产学院//南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室//南海生物资源开发与利用协同创新中心 广东 湛江 524088）

稀杯盔形珊瑚转录组分析

刘金豆，刘丽，黄元佳

（广东海洋大学水产学院//南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室//南海生物资源开发与利用协同创新中心 广东 湛江 524088）

以高通量测序技术Illumina HiSeqTM2000对稀杯盔形珊瑚（Galaxea astreata）进行转录组测序分析，共获得50 360 620条短序列 (reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes)，60 471条(74.58%)编码蛋白框（Coding Sequences,CDs）。与N（rNon-redundant, 非冗余）、COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins, 蛋白相邻类的聚簇）、KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes, 京都基因与基因组百科全书）、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因，分为24个功能类别，其中参与一般功能预测类的Unigene数最多，有4 642条；KEGG分析比对获得16 021条注释基因，分成241类，包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多，共有2 450条(15.29%)；GO(Gene Ontology, 基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。

转录组；稀杯盔形珊瑚；Unigene；信号通路

珊瑚礁生态系统是全球最大的生态系统之一，在热带海洋环境中扮演着极为重要的角色。近年由于温度变化、海洋酸化、海水污染等环境因素的影响，导致世界范围内珊瑚礁大面积白化和死亡[1-3]。李淑等[4]在珊瑚礁白化研究进展中从细胞机制和光抑制机制两个方面综述了珊瑚白化的机制，但尚未研究清楚。基因层面上，由于珊瑚研究起步晚，缺乏珊瑚基因信息，使得分子层面上珊瑚的白化机制也十分模糊[5-6]。……