不同骨密度人群外周血单核细胞的基因表达谱分析

赵和平，蒋文艳，王冀邯，于燕

(西安交通大学医学院附属红会医院检验科，陕西 西安　710054)



不同骨密度人群外周血单核细胞的基因表达谱分析

赵和平，蒋文艳，王冀邯*，于燕*

(西安交通大学医学院附属红会医院检验科，陕西 西安710054)

目的探讨不同骨密度人群外周血单核细胞基因表达谱的变化。方法运用R语言对公共数据平台NCBI下的基因芯片数据集GSE7158进行差异基因表达分析、DAVID(the database for annotation，visualization and integrated discovery)注释工具对差异基因进行功能注释、Medcalc统计软件进行受试者工作特征(receiver operator characteristic，ROC)曲线分析。结果与高骨密度组相比，低骨密度组外周血单核细胞中61个基因表达改变(倍数大于1.5，P<0.05)，且多数基因呈上调模式。表达差异基因分别参与了71个生物学过程(biological process，BP)条目、4个细胞组分(cellular component，CC)条目、6个分子功能(molecular function，MF)条目以及1个KEGG通路。基因CXCL10、IFI44L、IGKV4-1作为生物标志物鉴别两组样本具有较好的特异性、敏感度及准确性，且CXCL10&IGKV4-1基因联合检测能够增加鉴别诊断的准确性。结论运用高通量组学与相关数据库结合有助于全面的解析病理状态下生物样本中的组学改变，为后续骨质疏松症研究提供系统的分子学机制基础。

骨质疏松；骨密度；基因表达谱；功能注释；受试者工作特征

骨质疏松症是一种威胁人类健康的全球性疾病，以骨质量下降伴随低创伤性骨折风险增加为主要特征[1]。破骨细胞数量增多及骨吸收活性增强促进了骨质疏松症的发病与进展。单核细胞为破骨细胞的前体，能够在合适微环境下分化成为破骨细胞，且分泌肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor α，TNF-α)等多种破骨细胞因子，直接影响了骨质代谢，因此也常被视为骨质疏松症研究的靶细胞[2-3]。本研究以公共数据库NCBI中的数据信息为基础，分析了不同骨密度人群单核细胞基因的表达模式变化及差异表达基因所参与的生物学功能，并且分析了差异表达显著基因在不同骨密度人群中鉴别诊断的应用价值，为探讨骨质疏松症相关的细胞学机制奠定了基础。

1　资料与方法

1.1数据来源下载公共数据库NCBI-GEO DataSets-GSE7158数据集，该数据集为26 例外周血单核细胞基因表达谱芯片。……