新型冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学分析

王玉宁，解翠华，王胜男，范莹莹，江亚娟，尹强，焦伯延

（济宁市疾病预防控制中心 检验科，山东 济宁 272000）

0 引言

冠状病毒（Coronavirus）是广泛分布于自然界的一类正链RNA 病毒，现发现可感染人的有人冠状病毒229E（Human coronavirus 229E，HCoV-229E）、人冠状病 毒NL63（Human coronavirus NL63，HCoV-NL63）、人冠状病毒OC43（Human coronavirus OC43，HCoV-OC43）、人冠状病毒HKU1（Human coronavirus HKU1，HCoVHKU1）、严重急性呼吸综合征病毒(Severe acute respiratory syndrome coromavirus，SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus，MERS-CoV)和严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)[1-3]。SARSCoV-2 爆发以来，严重威胁人民生命健康，是当前世界面临的最重要公共卫生问题之一[6]。

SARS-CoV-2 基因组全长约29.9x103bp[7]，含有12 个开放读码框（Open reading frame，ORF），其中N 基因开放读码框（Nucleocapsid Open reading frame，N-ORF）编码的N蛋白是SARS-CoV-2 的结构蛋白，N蛋白是一种具有高度免疫原性的磷蛋白，在病毒合成过程中，N蛋白直接结合基因组RNA 形成病毒核衣壳，并在SARS-CoV-2 复制、转录和组装过程中发挥关键作用[8-9]。此外，N-ORF 和N蛋白特异性抗体是SARS-CoV-2 病原学检测和抗体检测的重要依据[10-11]，N蛋白是疫苗和药物研发的重要靶点[9,11]。

目前对SARS-CoV-2 N蛋白的研究鲜有报道，N蛋白的功能暂不明了。本研究运用生物信息学方法预测N蛋白的进化变异特征、理化性质、结构、功能、抗原表位等信息，为更深刻的了解N蛋白的生物学特征和致病特征提供思路，为SARS-CoV-2 的预防、实验室诊断提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 N蛋白序列获取

登陆NCBI 获取来源于人的新型冠状病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank 号为MT432195.1）。

1.2 理化分析、亲疏水性分析和跨膜分析

利用ExPASy 的ProtParam 软件分析N蛋白的分子式、氨基酸组成等理化性质。利用ExPASy 的ProtScale 软件分析N蛋白的亲水性和疏水性；利用TMHMM 软件分析N蛋白的跨膜区域。

1.3 磷酸化位点分析和细胞定位预测

利用DisPhos 软件分析N蛋白的磷酸化位点；……