多重耐药的肉鸡源大肠埃希氏菌基因组完成图及耐药性分析

陈怡飞，常 江，施杏芬，罗绮霞，杨 华，唐 标*，夏效东

(1.西北农林科技大学食品科学与工程学院，陕西杨凌 712100；2.浙江省农业科学院农产品质量标准研究所，浙江杭州 310021；3.浙江省兽药饲料监察所，浙江杭州 310020；4.浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室，浙江杭州 310003)

大肠埃希氏菌(Escherichiacoli,E.coli)是引起畜禽感染发病的主要病原菌，常常给养殖业造成严重的损失。畜禽大肠埃希氏菌的耐药性不仅影响畜禽疾病的有效防控，更加剧了动物性食品中抗菌药物的残留风险[1]。此外，畜禽致病性大肠埃希氏菌还可能通过食物链感染人体或将耐药基因转移给人类病原菌，造成人用抗菌药物疗效下降或治疗失败[2-3]。畜禽粪便中分离的大肠埃希氏菌多为多重耐药细菌。有研究对上海地区养殖场分离的741株鸡源大肠埃希氏菌做了药敏检测，发现鸡源大肠埃希氏菌多重耐药现象严重，多重耐药菌株达到80%以上[4]。用抗菌药物纸片对鸡粪便来源的40株大肠埃希氏菌进行检测，发现40株大肠埃希氏菌的多重耐药率(耐3种以上药物)为100%[5]。用PCR对140株昆明农贸市场分离的鸡源大肠埃希氏菌的耐药基因进行检测，发现所有分离株都携带6个以上耐药基因，90.71%的分离菌株同时携带10个以上的耐药基因[6]。目前国内的研究大多是对动物源分离菌株进行药敏检测，得到多重耐药率数据，从全基因组完成图的角度研究分离细菌的耐药机制目前较少。本研究以2株分离自鸡粪便的多重耐药大肠埃希氏菌为研究对象，首先经药敏检测获得其耐药表型，通过3代测序获得其全基因组完成图并进行序列分析，解析了大肠埃希氏菌耐药的产生机制，为养殖业抗菌药物耐药性风险评估提供理论依据。……