第三代测序技术在遗传性耳聋基因拷贝数变异检测的临床应用

王秋权 黄莎莎 袁永一 康东洋 吴婕 张昕 戴朴

中国人民解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科医学部，国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心，聋病教育部重点实验室，聋病防治北京市重点实验室（北京 100853）

拷贝数变异(copy number variations,CNVs)广泛存在于人类基因组中，是遗传变异的重要来源。其遗传致病机制包括基因剂量效应、位置效应等多种分子机制[1-4]。已有研究表明，CNVs也是遗传性耳聋的一个重要原因，占所有非综合征性耳聋分子病因的五分之一[5-8]，已成为遗传性耳聋分子诊断的主要检测内容之一。

过去研究人员提出的通过比较CNVs与标准参照基因之间相对值的检测技术，如多重链接探针扩增技术（Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification,MLPA），染色体微阵列分析技术（Chromosomal Microarray Analysis,CMA），下一代测序技术（Next Generation Sequencing，NGS），尽管已经大幅提高了基因组的研究能力，但在分析CNVs等大片段结构性变异方面仍存在技术局限性。近年来出现的第三代测序技术(Third-Generation Sequencing，TGS)具有超长读长，快速，实时，高通量的优点，可以更直接有效准确地检测CNVs，确定CNVs片段长度等参考数据，精确定位CNVs位置，找到确切断点信息[9-11]。

本研究应用基于纳米孔（Nanopore）测序技术原理的TGS平台对1例耳聋伴有耳蜗分隔不全III型（Incomplete Partition type III，IP-III）的患者进行全基因组结构变异检测，发现并定位了一段位于Xq21.1（chrX:81079396-84457540）区 域 且 包 含POU3F4基因的半合子缺失变异，明确了该患儿遗传性耳聋的分子病因，为进一步遗传咨询及产前诊断提供了依据，现报告如下。

1 材料与方法

1.1 研究对象

先证者为一个3岁男童，父母听力正常，非近亲婚配，自然怀孕，足月生产，孕期正常。……