亚洲带绦虫基因组密码子使用偏性分析

杨 兴，刘 西，盛梦诗，刘秋艳，姜丹丹

(大理大学基础医学院，云南大理 671000)

密码子是核酸与蛋白质之间信息传递的基本单位，在生命活动中扮演着重要的角色。密码子有64种，其中3种为终止密码子，不编码氨基酸，其余61种密码子都参与氨基酸的编码，它们共编码20种氨基酸，由此造成了密码子冗余的现象，即一种氨基酸对应多种密码子，这些编码同一种氨基酸的密码子称为同义密码子(synonymous codon)[1]。自20世纪60年代开始，科学家们就对密码子的使用特性进行了深入研究，发现同义密码子的使用频率并不相等，不同物种甚至同一物种不同基因间其同义密码子的使用频率大有不同，具有一定的偏爱性，这种现象称为密码子使用偏性(codon usage bias)[2]。影响密码子使用偏性的因素有很多，包括突变压力[3]、自然选择[3]、基因长度[4]、GC含量[5]、蛋白结构[6]、内含子长度[7]、基因的进化年龄[8]、环境压力[9]、编码蛋白的亲水性与芳香性[10]等。研究物种的密码子偏好性及其影响因素，对于理解生物适应环境的分子机制，探讨近缘物种间的进化关系，发现新基因[11]，预测未知基因的功能、预测基因表达水平以及基因的异源表达具有重要的意义。

亚洲带绦虫是人畜共患蠕虫，广泛分布于东南亚，包括韩国、泰国、印度尼西亚等国以及我国的云南、广西、贵州、四川、台湾等省份[12]。先前人们对亚洲带绦虫的研究主要集中在形态学、流行病学、线粒体遗传学、蛋白表达，而基于基因组水平的生物信息学研究却鲜见报道。……