基于网络药理学的双黄杞贞克瘤方抗肿瘤机制

2021-09-08 07:22:56郎晓娜邱玉玲孔德新
中国药理学通报 2021年9期
关键词:中药数据库

郎晓娜,邱玉玲,孔德新

(1.天津医科大学药学院,天津 300070;2.天津市天津医院药学部,天津 300211)

双黄杞贞克瘤方包含的黄精、灵芝、黄芪、枸杞子和女贞子5种中药,均具有显著地抗肿瘤功效。本研究对该组方进行网络药理学分析,研究组方的活性成分和抗肿瘤机制,为今后的实验研究提供有效且合理的数据。

1 材料与方法

1.1 收集和筛选双黄杞贞克瘤方中的5种中药(黄芪、黄精、枸杞子、女贞子、灵芝)的活性成分在中药系统药理学数据库TCMSP(https://tcmspw.com/tcmsp.php)中搜索并收集黄芪、黄精、枸杞子、女贞子和灵芝的活性成分及靶点。本文筛选药物活性成分的依据是口服利用度(OB)≥0.3,类药性(DL)≥0.18,从而进行筛选。并且找到其相对应的靶点。将其导入Excel表格中进行规范化处理以便于后续研究分析。整理后的靶点使用Uniprot 数据库(https://www.uniprot.org),将靶点的来源物种校正为Human,并整理记录靶点蛋白的基因信息,用于之后研究的规范性处理。

1.2 收集疾病的相关靶点信息通过Gene Cards数据库(https://www.genecards.org/)、TTD数据库(http://db.idrblab.net/ttd/)和OMIM数据库(https://www.omim.org/)以“tumour”为关键词检索肿瘤相关靶点,并将其导入Excel表格中进行规范化处理以便于后续研究分析。

1.3 筛选核心靶点并构建网络图将活性成分所对应的靶点基因和肿瘤相关靶点基因进行匹配,通过绘制韦恩图找到核心靶点(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)。采用Cytoscape 3.7.2软件来构建“药物-活性成分-靶点”和“核心活性成分-核心靶点”网络。

“药物-活性成分-靶点”网络中的节点表示这5种中药的活性成分以及活性成分对应的靶点基因。整体网络是来展示药物-活性成分与其对应靶点的联系。……

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