基于RNA-Seq技术挖掘贵州白山羊公羊背最长肌生长发育下调基因

安清明，王 星，吴震洋，孟金柱，赵园园 (．铜仁学院 农林工程与规划学院 贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室，贵州 铜仁 554300；2．甘肃农业大学 草食动物生物技术重点实验室，甘肃 兰州 730070)

目前虽然已有研究对家畜动物的肌肉生长进行了筛选，获得了部分相关的候选基因，但关于地方山羊品种肌肉生长发育的研究较少，尤其对不同性别的山羊肌肉生长发育还有待深入研究。因此通过研究不同性别贵州白山羊背最长肌组织中差异表达基因，挖掘和鉴定控制白山羊肌肉组织生长发育的相关基因，对改良贵州白山羊胴体肌肉生长发育具有重要意义。本研究采用RNA-Seq技术对不同性别贵州白山羊背最长肌进行分析，筛选与公羊肌肉生长相关的下调基因，并对筛选的下调基因进行GO、KEGG等分析，并通过RT-PCR进行验证，挖掘出可调节贵州白山羊肌肉生长发育的关键候选基因，以期为贵州白山羊在肉质和肌肉生长性状方面的分子机理研究提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 样品采集样品采自贵州省铜仁市沿河土家族自治县华珍牧业有限责任公司，选取同等饲养条件下2周岁龄、健康的白山羊6只(公、母羊各3只)，屠宰后采集背最长肌置于液氮中迅速冷冻，带回实验室后置于-80℃保存备用。

1.2 背最长肌RNA提取、文库构建及转录组测序按照TRIzol法提取每只白山羊总RNA，用RNAprep pure Tissue Kit(TianGen，天根生化科技(北京)有限公司)纯化，采用Agilent Bioanalyzer 2100检测完整性，Qubit 2.0 Flurometer测量浓度，待样品合格后送北京诺和致源生物信息科技有限公司构建文库，应用Illumina Hiseq 2500平台进行转录组测序。……