生物信息学筛选骨肉瘤关键基因ITGA3及差异表达验证*

徐伟华，朱必康，瞿洋洋，谭曼利，罗世兴△

（1.广西医科大学再生医学与医用生物资源开发应用省部共建协同创新中心，南宁 530021；2.广西医科大学广西组织器官修复医用生物材料工程技术研究中心，南宁 530021；3.北海市人民医院，北海 536000）

骨肉瘤是青少年常见的恶性骨肿瘤之一，具备高转移性、高侵袭性、进展迅速和化疗耐药等特点[1]。自1970 年代以来，患者的生存率一直没有得到显著提高，5年总体生存率仅为67%～69%[2]。然而，转移性骨肉瘤患者5 年的生存率为31%[3]。是儿童和青少年癌症中死亡率最高的癌症之一。如何改善骨肉瘤治疗和延长生存时间是当前研究的首要问题。因此，对于骨肉瘤寻求新的预后因子和治疗靶点是极其必要的。近年来，包括Gene Expression Omnibus（GEO）和Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments（TARGET）在内的公共数据库被广泛用于探索包括骨肉瘤等各类肿瘤中的诊断和预后生物标志物[4]。然而，更多的研究仅基于单个数据集，样本量有限，或者使用多个平台的数据，这可能导致最终结果偏向。本研究旨在利用收集了同一个平台的数据，并进行去除批次效应以得到更为可靠的结果，筛选得到可靠的差异基因，为骨肉瘤的分子诊断研究提供新的实验依据，为骨肉瘤的临床医治提供新的视角。

1 材料与方法

1.1 材料和设备

143B、MNNG、U2OS骨肉瘤细胞系和hFOB1.19 成骨细胞系均购买于深圳市豪地华拓生物科技有限公司（中国，深圳）。hFOB1.19专用培养基购自普诺赛生命科技有限公司（中国，武汉）。胎牛血清购自VWR 公司（澳大利亚，莫伦迪纳尔）。RNA 提取试剂盒购自美基生物科技有限公司（中国，广州）。……