基于TCGA和GEO数据库建立了肝内胆管癌的预后风险模型及验证分析

毛 俊，沈秀芬，马 润，何 薇，瞿巧莉，胡 莹（昆明医科大学第二附属医院检验科，昆明 650101）

肝内胆管癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，ICCA）是仅次于肝细胞癌的第二常见原发性肝癌，约占20%[1]。ICCA 现在有望治愈的唯一途径仍然是手术治疗，而能进行手术治疗的患者数量不到三分之一[1]，并且目前诊断ICCA 通常采取实验室检查、影像学检查和组织活检等[2]，缺乏早期特异性标志物，往往错过手术的最佳时期。且经手术后的大多数患者，其5年生存率仅20%～35%[3]。因不能手术而去接受放、化疗等治疗的ICCA 患者中位生存期仅12.9 个月[1]。因此，确定更精准的胆管癌预后指标对临床制定个体精准医疗方案及评估患者生存预后具有重要意义。本研究基于TCGA 和GEO 数据库，从TCGA 数据库下载TCGA-CHOL数据作为训练集，GEO 数据库下载GSE107943 数据作为验证集，通过差异表达基因筛选，单因素COX 和LASSO 回归等生信分析建立了ICCA 的预后风险模型，并在验证集中进行验证。以期能够更好地应用于临床，辅助评估ICCA 患者的预后，制定针对性的治疗策略。

1 材料与方法

1.1 研究对象 从TCGA 数据库下载胆管癌（TCGA-CHOL）相关数据，包括表达谱数据、临床病理特征和生存信息。最终获得36 例癌组织和9 例癌旁组织，利用perl 脚本进行整理合并，得到行为样本名称，列为基因名的基因表达矩阵。选择ICCA 作为研究对象，共有31 例ICCA 癌组织及9例癌旁组织的相关数据，其中男性13例，女性18例，平均年龄62.45±13.23 岁；15 例报告死亡，16 例报告存活，平均存活时间2.34±1.45年；26 例白种人，3 例黄种人，2 例黑种人；M 分期：26 例M0期，3 例M1 期，2 例M 分期未知（MX）；N 分期：24 例N0 期，4 例N1 期，3 例N 分期未知(NX)；……