耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性的基因学研究进展

2017-04-04 16:35何宇婷黄彬
分子诊断与治疗杂志 2017年3期
关键词:耐碳烯类铜绿

何宇婷 黄彬

耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性的基因学研究进展

何宇婷 黄彬★

碳青霉烯类抗生素是治疗铜绿假单胞菌感染的有效药物,但随着此类抗生素的广泛应用,铜绿假单胞菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率呈上升趋势。本文从药物的主动转运系统、抗菌药物渗透障碍、产生药物灭活酶及形成生物被膜这4个方面对耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性的基因学研究进行综述,为临床合理应用抗生素和进行感染防控提供理论依据。

铜绿假单胞菌;碳青霉烯类抗生素;耐药机制;耐药基因

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)是假单胞菌属的代表菌种,广泛分布于自然界、土壤、水和空气中,在人体皮肤、肠道和呼吸道均存在。铜绿假单胞菌为条件致病菌,是医院感染的主要病原菌之一[1-2]。近年来,社区感染的多重耐药铜绿假单胞菌不断增多,也引起了人们的关注[3]。美国国家医院感染监测系统的报告指出,铜绿假单胞菌在所有院内感染致病菌中检出率居第5位,在革兰阴性细菌中检出率居第2位[4]。近年来,铜绿假单胞菌对临床多种常用抗生素呈现明显的多重耐药甚至泛耐药,一旦感染,临床治疗十分棘手。

碳青霉烯类抗生素是抗菌谱广、抗菌活性强的非典型β-内酰胺抗生素,主要包括亚胺培南、美罗培南和比阿培南等。目前,碳青霉烯类抗生素已成为临床治疗严重感染类疾病的一线药物,特别是治疗产超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum beta-lactamase,ESBL)和头孢菌素酶的多重耐药菌引起的感染[5-6]。临床上,碳青霉烯类抗生素是治疗铜绿假单胞菌感染的有效药物,但随着此类抗生素的广泛应用,铜绿假单胞菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率有上升趋势。充分认识耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的耐药机制,有助于临床研发更有效的抗感染药物以及采取防止其耐药性产生的一系列措施。本文从药物的主动转运系统、抗菌药物渗透障碍、产生药物灭活酶及形成生物被膜这4个方面对耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性的基因学研究进展综述如下。

1 药物的主动转运系统

主动转运(active drug efflux)又称外排泵系统(efflux pump system),是造成细菌耐药的重要机制之一。根据细菌药物主动转运系统的超分子结构、机制和顺序的同源性等将其分为四类:第一类为主要易化(major facilitator,MF)家族;第二类为耐药小节分裂(resistance-nodulation-division,RND)家族;第三类为链霉素耐药或葡萄球菌多重耐药家族,是由四种跨膜螺旋组成的小转运器;第四类为ABC(ATP-binding cassette,ABC)转运器。外排泵的作用底物广泛,底物多样,是其对多种抗生素产生固有或获得性耐药的重要原因[9],可引起细菌同时对多种抗生素耐药,在多种临床分离株中,可能会出现多种外排泵同时高表达的现象[7-8]。

目前在铜绿假单胞菌中已报道MexABOprM、MexGHI-OprD、MexVW-OprM、MexPQOprE和MexMN-OprM等9种外排泵系统[10]。MexAB-OprM主动外排系统中的MexA、MexB和OprM蛋白由MexO编码,并且MexO基因可受到mexR、nalC和nalD的负向调节作用。有学者用琼脂稀释法测定亚胺培南和美罗培南对75株铜绿假单胞菌的最低抑菌浓度[11],联合外排泵抑制剂MC207110进行外排泵表型的筛选,用PCR扩增MexAB-OprM相对高表达的铜绿假单胞菌外排泵调节基因mexR、nalC和nalD,对扩增产物进行双向测序,并对结果进行BLAST比对分析,发现75株铜绿假单胞菌中外排泵表型阳性菌13株,其中10株菌的MexAB-OprM相对表达量增高,高表达MexAB-OprM菌株的调节基因mexR、nalC及nalD均阳性。其中9株菌nalC均发生第71位氨基酸突变(甘氨酸→谷氨酸)、8株菌同时还有第209位氨基酸突变(丝氨酸→精氨酸),仅发现1株菌nalD第158位氨基酸突变(苏氨酸→异亮氨酸),8株菌mexR发生突变,表明mexR、nalC和nalD对MexO的负向调节作用由于其突变而减弱,Mex-AB OprM的高表达与其调节基因mexR、nalC、nalD的突变相关。Aghazadeh等[12]在研究耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌MexAB-OprM和MexXY-OprA的基因表达中发现,在囊性纤维化患者中,铜绿假单胞菌mexX和mexA过表达是其耐碳青霉烯类抗生素的主要原因,并且在烧伤患者中,铜绿假单胞菌mexA基因的过表达也与其耐碳青霉烯类抗生素有关。Zeng等[13]对29株临床分离的铜绿假单胞菌进行RT-PCR分析发现,MexXY-OprM与MexAB-OprM的过表达与OprD基因的缺失在铜绿假单胞菌耐碳青霉烯类抗生素中发挥了重要作用。Liu等[14]在研究医院感染的铜绿假单胞菌时发现,mexB或者mexY高表达联合OprD基因L710的改变与美罗培南的耐药密切相关。Aghazadeh等[12]发现,在对美罗培南耐药的菌株和对亚胺培南耐药而美罗培南敏感的菌株中均存在mexA和mexX高表达的现象,导致MexAB-OprM过表达而产生耐药性。因此,铜绿假单胞菌耐碳青霉烯类抗生素的原因与mexA或mexX高表达有关,从而导致相应的外排泵系统如MexAB-OprM高表达,对药物的外排作用增强而产生耐药。同时,外排泵系统调节基因突变可能与铜绿假单胞菌耐碳青霉烯类抗生素有关。

2 抗菌药物渗透障碍

细菌细胞膜是一种具有高度选择性的渗透性屏障,控制着细胞内、外的物质交流,大多数膜的渗透性屏障具有脂质双层结构,允许亲脂性药物通过。在铜绿假单胞菌的脂双层中镶嵌有通道蛋白,是一种非特异性的、跨越细胞膜的水溶性扩散通道,其中,外膜蛋白OprC、OprD2及OprE均具有孔道活性[15]。OprD是可以在突变前和突变后被调节的蛋白质,其可调节性和突变的特性是铜绿假单胞菌耐药的重要机制[16]。Wolter等[17]采用RT-PCR在启动子上游和结构基因下游对铜绿假单胞菌临床分离株的oprD基因进行扩增和测序,并与野生型PAO1菌株的oprD基因比较后发现,临床分离株oprD基因下调与某些片段的插入有关。

Ruiz-Martinez等[18]在研究临床分离株PA110514与PA116136时,发现一段新的插入序列ISPa133,并且随着插入序列ISPa133在染色体上位置的变化,其对OprD孔蛋白的表达有不同的影响。在PA110514株,ISPa133位于翻译起始密码上游56个核苷酸处,这对OprD孔蛋白的表达没有影响,而在PA116136株,ISPa133位于696个核苷酸前并且有效地替代了它,这导致OprD孔蛋白前232个氨基酸的移除,从而使OprD孔蛋白表达下调,导致PA116136对亚胺培南产生耐药。ISPa133的插入为移动性的,它取决于亚胺培南所带来的选择性压力的程度。

有研究发现,oprD2基因缺失铜绿假单胞菌对亚胺培南产生低水平耐药[19],但如果伴有其他耐药机制时,可对亚胺培南产生高度耐药。Vila等[20]认为,铜绿假单胞菌对碳青霉烯类抗生素的耐药一方面是由于oprD基因的缺失,另一方面是由于金属酶B类或D类基因的获得。Arabestani等[21]报道,铜绿假单胞菌在oprD基因高表达下也会出现对亚胺培南和美罗培南耐药,表明耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌可能存在其他耐药机制,如外排泵高表达和产AmpC。Castanheira等[22]研究欧洲地区与地中海地区铜绿假单胞菌对碳青霉烯类抗生素的耐药机制,对相关基因进行PCR分析发现,OprD基因的下调或缺失是铜绿假单胞菌耐药的主要内在机制(占94.9%),AmpC表达与Mex-AB-OprM功能亢进也是其部分耐药机制,分别占耐药机制的44.4%与20.1%。因此,铜绿假单胞菌oprD基因中一段新序列的插入或某一片段的缺失都是其对碳青霉烯类抗生素耐药的重要机制,同时可能伴有其他耐药机制的共同产生,如金属酶基因的获得或外排泵调节基因的突变等其他机制,多种机制的共同作用导致产生高水平的耐药性。

3 产生药物灭活酶

细菌产生水解酶(主要指β-内酰胺酶)引起药物灭活是一种重要的耐药机制,水解酶包括超广谱酶β-内酰胺酶、金属酶和AmpC酶等。铜绿假单胞菌耐碳青霉烯类抗生素的药物灭活酶主要是碳青霉烯酶,主要分布在β-内酰胺酶A、B、D类中。根据其水解机制中作用位点的不同,可将碳青霉烯酶分为两大类,一类称为金属碳青霉烯酶,另一类以丝氨酸为酶的作用位点。在世界范围内不断报道产金属酶(Metallo-β-Lactamases,MBLs)的铜绿假单胞菌,尤以近十年来为甚[23]。目前在铜绿假单胞菌株中主要发现4种MBLs,分别是IMP、VIM、SPM和GIM,其中VIM-2型占主导地位[24]。

刘双全等[25]对临床分离的690株铜绿假单胞菌进行回顾性分析,采用PCR法检测8种β-内酰胺酶基因的分布情况,结果显示,IMP阳性25株,VIM阳性17株,IMP和VIM均阳性7株,OXA阳性3株,其它β-内酰胺酶耐药基因(SPM,TEM,PER,GES,SHV)均阴性,提示铜绿假单胞对碳青霉烯类抗生素耐药可能主要与β-内酰胺酶基因IMP和VIM有关。Rizek等[26]研究铜绿假单胞菌碳青霉烯酶基因表达,采用PCR对临床分离株IMP、SPM、VIM、SIM、NDM、KPC与GES进行检测并测序发现,SPM阳性率最高(32%),其次是KPC (7.8%)和VIM(3.9%),它们都属于SPM-1与VIM-2,并且同一个分离株可同时携带SPM-1、VIM-2和KPC-2这三种耐药基因。Liu等[27]通过研究临床各类标本中耐碳青霉烯铜绿假单胞菌株,发现其耐药机制主要是由VIM-2型MBL介导,其次是KPC-2型;同时Liu等[27]应用肠杆菌基因重复序列PCR技术,将大肠埃希菌分为6种基因型,其中在临床耐药株中A型最为流行;在观察的实验株中出现了耐碳青霉烯基因与质粒介导的喹诺酮类耐药基因(Plasmid mediated quinolone resistant,PMQR)acc(6′)-Ib-cr和qnr共携带的现象,这可能与细菌的多重耐药有关。在某些耐碳青霉烯类抗生素的铜绿假单胞菌临床分离株中还可以检测到新德里金属-β-内酰胺酶1(NDM-1),但NDM-1并不是铜绿假单胞菌耐碳青霉烯类抗生素的主要机制[28]。

MBLs编码基因位于可移动的质粒或Ⅰ类整合子上,整合子具有可识别、捕获外源基因并使之转变为功能性基因的基因重组系统的作用,从而使被捕获的外源基因通过质粒或转座子在细菌间、甚至不同种属细菌间水平传播[29]。Ⅰ类整合子在临床分离的VIM-2铜绿假单胞菌中约占40%,有利于MBLs基因转移,表明在MBLs耐药基因的水平转移中整合子发挥了一定的作用[30]。因此,在铜绿假单胞菌耐碳青霉烯类抗生素的机制中,主要是携带VIM-2型金属酶基因,并且可能出现多种金属酶基因共同表达的情况。在耐药性的获得过程中,整合子起了一定的作用。

4 形成生物被膜

形成生物被膜是造成细菌对抗菌药物耐药的重要原因,其通过阻止和抑制白细胞、抗菌药物等进入生物膜中杀灭细菌从而使得细菌产生耐药性。在铜绿假单胞菌中,生物被膜的形成与SagS 和BrlR基因的调节作用有关。BrlR是MerR家族中多药物外排泵的激活因子,并且BrlR基因的高表达可以增强铜绿假单胞菌对某些药物的耐药性,BrlR基因的失活会降低生物被膜的保护作用与细菌的运动能力,同时下调pslA基因的表达,上调ndvB基因的表达[31]。Gupta等[32]发现SagS基因通过上调c-di-GMP的表达水平,可增强铜绿假单胞菌生物被膜对药物的抵抗性。Oglesby-Sherrouse等[33]发现,铜绿假单胞菌周围环境中的离子浓度可以通过不同的机制影响细菌生物被膜的形成,高离子浓度可促进生物被膜的形成,从而促使细菌对不同的药物产生耐药性,不同的离子可以影响其耐药的类型。Marguerettaz等[34]在囊性纤维化患者中发现,高Zn2+离子浓度可通过独立的CzcRS机制刺激铜绿假单胞菌生物被膜形成,包裹在生物被膜中的铜绿假单胞菌表现出对碳青霉烯类药物的高度耐药性。同时,他们证实了Zn离子敏感的调节通路,其可调节OprD基因的表达和改变碳青霉烯药物的耐药形式。

群体感应(quorum sensing,QS)是细菌细胞间信息传递的普遍机制,细菌通过合成、分泌信号分子(又称自诱导分子)来控制整个细菌群体的行为,当信号分子浓度随着细菌群体密度达到一定阈值时,即可启动某些特定基因的表达,以调节细菌群体适应功能[35]。铜绿假单胞菌具有群体感应系统的典型特征,主要有Las群体感应系统,Las系统由LasR和LasI基因组成,Las系统与铜绿假单胞菌的感染有关,并且可以增加其对某些抗生素的耐药性,如亚胺培南和环丙沙星等[36]。在铜绿假单胞菌中,3-oxo-C12-HSL是群体感应中的重要信号分子,pvdQ基因可通过编码酰基转移酶并将其水解来影响铜绿假单胞菌的群体感应。此外,Wang等[37]在研究铜绿假单胞菌的群集效应时,通过构建PAO1pMEpvdQ发现,在群集效应中起重要作用的pvdQ基因通过调节细胞的分化来降低铜绿假单胞菌生物膜的通透性,使其对多种抗生素的耐药性增加,包括碳青霉烯类和喹诺酮类等多种抗生素。

5 小结

耐碳青霉烯铜绿假单胞菌的耐药机制极为复杂,耐药相关基因繁多,不同的耐药基因通过不同的机制从调节药物的主动转运系统、抗菌药物渗透障碍、产生药物灭活酶及形成生物被膜这4个方面调控铜绿假单胞菌对碳青霉烯类药物的耐药性,并且,耐药性的产生往往不是由单一因素造成的,常常是几种机制协同作用的结果。

对耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性进行基因学研究,首先可以在分子生物学层面上为临床诊断细菌耐药提供新的方法,并且为抗细菌耐药提供新的作用靶点;其次,有助于临床研发更有效的治疗铜绿假单胞菌感染的抗菌药物以及采取防止其耐药性产生的一系列措施。随着对铜绿假单胞菌认识的不断深入,新的耐药机制及其相关的耐药基因可能会被不断发现,耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性的基因学研究有待进一步探索。

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Genetic research progress of carbapenems-resistantPseudomonas aeruginosa

HE Yuting,HUANG Bin★
(Department of Laboratory Medicine,First Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University,Guangzhou,Guangdong,China,510080)

Carbapenems are useful drugs for the treatment of Pseudomonas aeruginosa infection, but,with the wide use of these antibiotics,carbapenem-resistance is increasing in Pseudomonas aeruginosa.This review summarizes the advances in genetic research into the carbapenem-resistance of Pseudomonas aeruginosa with respect to the active transport system,antibacterial drug permeation barrier,producing drugs to inactivate enzymes and biofilm formation.The presented study provides a theoretical basis for the clinical rational use of antibiotics and prevention and control of infection.

Pseudomonas aeruginosa;Carbapenems;Resistance mechanism;Resistance genes

国家自然科学基金(81572058);广东省自然科学基金(2014A030313143);第49批留学回国人员科研启动基金

中山大学附属第一医院检验医学部,广东,广州510080

★通讯作者:黄彬,E-mail:hb906@163.com

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