密码子
- 海甜菜线粒体和叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
810007)密码子偏好性是生物基因组进化的一个重要特征[1],植物密码子偏好性研究对探究植物分子进化和外源蛋白质表达有着重要的意义[2]。植物在进化过程中密码子的使用会受到环境选择、碱基突变、基因漂变等因素的影响[3-4]。作为传递生物遗传信息的序列单位,密码子具有简并性,常出现2个或多个密码子编码同一种氨基酸的现象[5]。编码同一种氨基酸的不同密码子称为同义密码子 (synonymous codon)[6]。64个密码子编码20种氨基酸和3个终止密码子
江苏农业学报 2023年9期2024-01-22
- 粗毛纤孔菌转录组密码子偏好性分析
效[8]。遗传密码子是连接蛋白质和DNA的信息桥梁[9]。人体所存在的氨基酸中绝大多数的氨基酸往往对应着几种不同编码的密码子。这种编码同一种氨基酸的不同密码子就被称之为同义密码子。然而对于编码同一种氨基酸的密码子来说,生物体对于选择哪种密码子并不是随机的,而是有着自身的选择偏好性,且这种偏好性在不同的物种之间,甚至是同一物种的不同部位也有着很大的区别。有实验研究发现,选择最优密码子可使相关基因和蛋白质的表达量增加[10]。同时,通过筛选最优密码子可提高生物
北方蚕业 2023年3期2023-11-23
- 灭字脊虎天牛线粒体基因组密码子使用偏好性分析
基酸仅有64个密码子编码，除蛋氨酸Met和色氨酸Trp外，每种氨基酸对应2～6个密码子，这种编码同一种氨基酸的不同密码子称为同义密码子［1-2］，而同义密码子间使用频率不同的现象，被称为密码子偏好性［3］。在自然界中，密码子偏好性非常普遍，且受多种因素影响，其中突变压力和自然选择被认为是密码子偏好性形成的关键因素，但在不同物种间有所差异，如在籽粒苋(Amaranthus hypochondriacus)中突变压力是主导因素，而在杧果(Mangifera i
江西农业学报 2023年6期2023-08-23
- 珠母贝线粒体全基因组密码子偏好性分析
5011)同义密码子为编码相同氨基酸的密码子，其在基因中以不同频率出现的现象称为密码子使用偏好性[1]。突变和自然选择是产生密码子偏好性的主要原因[2-3]，一般体现在同义密码子的第3 位密码子上[4]。研究密码子偏好性不仅可反映物种的进化关系，对研究自然选择、遗传漂变及基因重组等现象也有重要意义。mtDNA有独立的遗传体系，可自主复制、转录和翻译，有组成简单、母系遗传、进化速度快等特点[5-6]，是细胞核外重要的遗传物质。目前，线粒体基因组密码子使用分析
广东海洋大学学报 2023年2期2023-05-06
- 豇豆叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
主要借助64个密码子进行，而大多数氨基酸有不止一个密码子对应，称为密码子的简并性［1］。编码同一个氨基酸的多个密码子称为同义密码子，除色氨酸与蛋氨酸之外，其余18 个氨基酸都有多个同义密码子。而某些同义密码子被高频使用的现象被称为密码子使用偏好性（codon usage bias，CUB）［2］。这种现象在转录、维持mRNA 稳定性、提高翻译效率和准确性等细胞活动中发挥着重要作用［3］。有研究认为密码子使用偏好性可以揭示不同生物之间的基因转移与进化关系，密
核农学报 2023年6期2023-05-06
- 11种唐松草属(Thalictrum)rbcL基因的密码子偏好性研究
。所以，了解其密码子偏好性可以更好地理解不同植物在不同自然条件下是如何适应与进化的。因此，对于rbcL基因密码子偏好性的研究是非常有意义的[3]。充分了解植物的密码子偏好性为理解物种进化提供了重要的信息[3]。密码子是指在mRNA上每3个相邻核苷酸排列成的三联体，一种密码子决定一种氨基酸，利用A、U、G、C，可以组成64种密码子，除UAA、UGA和UAG外的61种密码子用来编码常见的20种氨基酸[4]。而一种氨基酸可以由一至多个密码子编码，由于基因突变和自
江苏农业科学 2023年3期2023-03-17
- 建始槭叶绿体基因组密码子使用偏性分析
550018)密码子(codon)是生命最基础的信息单元，在生物体内的DNA转录与蛋白翻译中起着非常重要的作用.在翻译过程中，大部分氨基酸由两个或多个密码子编码，而对同一氨基酸编码的密码子叫同义密码子[1]，氨基酸在翻译时对同义密码子的使用倾向叫密码子偏性(codon usage bias)[2].造成密码子偏好性的原因有多种，如转运RNA丰度[3]、基因复制原点[4]、核苷酸碱基对总数[5]以及基因转录和翻译水平高低[6]等.但在大多数植物的研究中，突变
福建农林大学学报（自然科学版） 2022年6期2022-11-29
- 密码子偏好性的相关研究及方法分析
，这个由三联体密码子编码蛋白质的结构单位必不可少。有20多种氨基酸可以构成为蛋白质，其中有大多数氨基酸包含2～6个不等的三联体密码。每一种氨基酸须对应至少一个密码子,当编码同一种氨基酸时，使用的不同密码子，互相称为同义密码子(synonymous codon)，即简并现象[2]。研究表明，生物体在演化和适应的过程中，如果没有任何突变基因的偏倚和选择压力，同义密码子的选择就是随机的[3]。对于某一个的物种或某一组的基因而言,会经常性的选择至少一种指定的同义密
草原与草业 2022年3期2022-10-10
- 紫九牛叶绿体基因组密码子偏好性分析
46199 )密码子是联结生物体内遗传物质和蛋白质翻译的纽带(谢平，2017；柳燕杰等，2020)，在生物体内起着重要作用。20种常见氨基酸，除了蛋氨酸(methionine，Met)和色氨酸(tryptophane，Trp)具有单一密码子外，其余氨基酸均由2～6个同义密码子编码(胡晓艳等，2019)。同义密码子的使用具有非均一性的特点(梁菲菲，2010)。某一物种或者某一基因倾向使用一种或者使用几种特定的同义密码子的现象称为密码子的使用偏好性(codon
广西植物 2022年8期2022-09-07
- 法螺线粒体全基因组密码子偏好性分析
基因组中存在的密码子具有简并性，不同的密码子可编码同一种氨基酸，即同义密码子（吴宪明等，2007；惠小涵等，2020）。但同义密码子具有偏好性，某一物种通常倾向于使用某一种或几种同义密码子（张志东等，2019），这种同义密码子又被称为最优密码子，究其原因可能是不同生境中密码子的承压能力会导致物种发生突变或选择性变异（Romero et al.，2000）。因此，开展密码子偏好性研究既能揭示物种的进化关系，对研究自然选择、遗传漂变及基因重组等现象也具有重要意
南方农业学报 2022年5期2022-08-09
- 木薯叶绿体基因组密码子偏好性分析
核苷酸为一组的密码子翻译为蛋白质的氨基酸序列，称为遗传密码，又称密码子或者三联体，其具有简并性；编码同一氨基酸的密码子称为同义密码。密码子使用频率的不同形成了密码子的偏好性，不同基因组有其特有的密码子使用偏好性，表现在物种进化过程中受到基因突变压力和自然选择的影响不同［8］。在特定物种或基因中使用频率最高的密码子称为最优密码子。研究目标物种的密码子使用偏好性，根据该物种的最优密码子对外源基因的表达载体进行优化设计，对提高外源基因组在叶绿体中的表达量具有重要
江西农业学报 2022年4期2022-06-28
- 萱草海水胁迫相关bZIP转录因子密码子偏向性分析
胞均使用同一套密码子表。密码子具有简并特征，通常多个密码子共同编码同一个氨基酸，称为同义密码子[1]。密码子第3位碱基是摇摆位点，该碱基的改变不改变氨基酸种类，该特性有利于减少有害突变，保证遗传信息的稳定表达。有研究表明，不同物种在使用同义密码子编码氨基酸时并非随机，而是具有一定密码子使用偏向性（codon usage bias，CUB）[2]，而这些被偏好使用的密码子被定义为最优密码子（optimal codons）[3]。物种间亲缘关系相近，通常密码子
应用技术学报 2022年2期2022-06-27
- 薏苡转录组中密码子使用偏好性分析
基酸可对应多个密码子，这种现象称为密码子的简并性[1]。密码子的简并性具有非常重要的生物学意义，在面对极端环境时，可以减少生物体内碱基突变带来的危害，进而维持群体的稳定性，编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子，理论上生物内同义密码子在无外界环境干扰或碱基突变的情况下使用的频率是相同的[2]。由于环境对物种的选择以及其他因素的干扰，同种物种相同基因对密码子的使用也存在差异[3]，即生物体为了适应环境压力，在选择使用密码子时，会优先选择一些有利于自生生长发育的
种子 2022年4期2022-05-16
- 苦马豆叶绿体基因组密码子偏好性分析
发和研究价值。密码子又称遗传密码，编码不同氨基酸密码子的准确识别对于遗传信息正确表达至关重要。密码子具有简并性，除了甲硫氨酸和色氨酸外其余氨基酸一般是由2～6个同义密码子编码。经过长期的进化，不同的生物体在编码氨基酸的过程中倾向于使用一种或几种特定的密码子，将该现象称为密码子的偏好性[9]。研究表明，同义密码子在生物体内普遍存在使用具有偏好性的现象和特点。物种在长期进化的过程中，其基因等会受到环境选择和碱基突变等因素的综合作用，同时还受到基因组大小、tRN
西北林学院学报 2022年2期2022-04-02
- 天山雪莲叶绿体基因组密码子偏好性分析
832003)密码子是传递生命遗传信息的关键纽带，“中心法则”指出遗传信息从DNA传递到mRNA，再由mRNA以密码子的形式传递给氨基酸，最后形成具有功能的蛋白质。编码相同氨基酸的密码子称为同义密码子(synonymous codon)，即存在密码子的简并性。在长期的进化过程中，不同物种、不同生物体的基因密码子使用存在着很大的差异称为密码子使用偏性(codon usage bias)。密码子偏倚广泛存在于各类生命体中，且受到多种因素的影响，如转录、碱基突变
石河子大学学报（自然科学版） 2022年1期2022-04-01
- 荨麻叶绿体基因组密码子偏好性分析
551400)密码子是DNA或mRNA上的三联体核苷酸残基序列，每一个三联体密码子对应一个氨基酸。在DNA翻译为蛋白质的生物学过程中，同义密码子的使用存在不均衡的现象。同一物种编码相同氨基酸的不同密码子也有着不同的使用频率，即密码子的使用具有偏好性[1]。叶绿体是具有一套完整复制和翻译系统的细胞器，具有遗传信息保守，表达效率高等特点[2-3]。与植物叶绿体基因组相关的研究已在分子进化和系统发育等领域[4-5]广泛应用。研究表明，DNA复制位点[6]、自然选
种子 2022年2期2022-03-21
- 里氏木霉基因组密码子偏好性研究
信息是由三联体密码子记载的。由于密码子的简并性，大多数氨基酸是由2～6种同义密码子编码。不同的物种编码同种氨基酸所利用的密码子种类与使用频率存在差别，这种现象称为密码子偏好性（Codon Usage Bias）[1]。许多因素影响各种生物体中密码子的使用，如自然选择（基因表达水平[2]、RNA丰度[3]、基因长度[4-5]、基因翻译起始信号和蛋白质结构[6]）和突变压力（GC含量、突变频率和模式），以及随机遗传漂变等[7-9]。密码子使用模式的全基因组研究
食品工业科技 2022年6期2022-03-17
- 扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析
向蛋白过程中，密码子发挥至关重要的作用。64种密码子中，除3种编码终止密码子外，其余61种共编码20种氨基酸，其中蛋氨酸(Met)和色氨酸(Trp)只由一种密码子编码，其余18种氨基酸由2～6种密码子进行编码，编码同种氨基酸的不同密码子被称为同义密码子。同义密码子在不同基因组、甚至在同一基因组不同基因中使用的概率存在有一定的差异，同义密码子的不均等使用现象即为同义密码子的使用偏好性[1]。研究表明突变以及选择压力是影响密码子使用偏好性的主要因素[2]。密码
草地学报 2021年12期2022-01-08
- 杓兰叶绿体基因组密码子偏好性分析
110866)密码子是自然界中承载生命信息的基本遗传单位，是蛋白质与核酸的桥梁和纽带，在生物体传递遗传信息的过程中起到重要作用。密码子具备简并性，编码同种氨基酸的不同密码子称为同义密码子；同时，同义密码子在不同物种间的使用频率具有不均一性，这种现象被称为密码子使用偏好性[1]。密码子偏好性是生命体进化的重要特征，在自然界普遍存在并受到自然选择和基因突变等多种因素共同影响，自然选择使得不同物种的基因在选择同义密码子时倾向于使用最优密码子，而基因突变则会使部分
林业科学研究 2021年5期2021-12-29
- 杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
672700）密码子是信使RNA（mRNA）分子上每相邻的三个核苷酸编成的一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。自然界中能够编码20 种氨基酸的密码子共有61 个，其中有18 种氨基酸至少有两个或多个对应的密码子，这种能够编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子[1-2]。研究表明，不同物种、不同生物体中的密码子存在不能均衡使用的情况，一些密码子频繁出现，一些密码子极少甚至不出现，这一现象为密码子的偏好性，使用频率最高的密码子则为最优密码子[3]。而造
中南林业科技大学学报 2021年9期2021-10-12
- 镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析
种或某几种同义密码子，形成了密码子偏好性（Coden usage bias）。叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，其基因组具有母系遗传、拷贝数多、表达效率高、遗传相对保守等特点，可作为理想的转化载体，具有明显的高表达优势[2,3]。因此，通过镰翅羊耳蒜叶绿体基因组密码子分析，将为镰翅羊耳蒜系统进化、遗传转化和制定保育策略提供基础依据。【前人研究进展】镰翅羊耳蒜具有较高的药用价值，为我国传统药用植物[4]，具有解热止咳、止血、止痛作用[5-6]。目前，对于
福建农业学报 2021年6期2021-08-18
- 香花枇杷质体基因组序列密码子偏性分析
，均由2～6个密码子编码[1]，这些编码同种氨基酸的密码子互为同义密码子。而密码子使用偏性(codon usage bias,CUB)这一概念主要指对某一种或几种特定的密码子的使用频率高于其他同义密码子的统计结果[2]。研究结果表明，物种之间、不同器官和组织之间、甚至基因之间都存在密码子使用偏性，这种由于密码子偏性造成的不同会在高表达基因中被检测到，也会对基因功能、蛋白质表达等产生影响[3-5]。在蛋白质的翻译过程中，密码子的末尾碱基很容易发生突变，因此在
西北林学院学报 2021年4期2021-08-16
- 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的密码子偏爱性分析
几种特定的同义密码子，这种现象被称为同义密码子的使用偏爱性(Synonymous codon csage bias)[4-5]。特异性的核酸偏倚与病毒的致病性有关，可增强其复制能力以及逃避适应性免疫[6]。因此，研究密码子使用模式的差异，有助于提供病毒进化的证据，丰富理解病毒与宿主相互之间的关系[7]。因此，本研究分析了SARS-CoV-2影响密码子使用偏性的因素，并在密码子偏爱性的基础上，分析来源于全球20多个国家和地区的SARS-CoV-2的进化关系。
中国人兽共患病学报 2021年1期2021-03-26
- 以“题”带“面” 突破密码子与反密码子的特性
录和翻译过程中密码子和反密码子扮演着极其重要的角色，如何破译密码子、密码子发挥作用时具有哪些特性、反密码子阅读密码子的规律等一直是遗传信息转录和翻译相关试题中常考的核心知识。笔者以4道经典例题为载体，阐释密码子与反密码子的本质与特性，搭建密码子与反密码子的知识网络，以期为高考备考提供可借鉴措施，提高高考备考的效率。1.遗传密码破译的经典实验【典例1】（2019年，全国卷I，第2题）用体外实验的方法可合成多肽链。已知苯丙氨酸的密码子是UUU，若要在体外合成同
教学考试(高考生物) 2020年4期2020-11-18
- 密码子与反密码子的本质与拓展
基于科学史阐述密码子与反密码子的本质与特性，旨在帮助学生形成科学思维与生命观念，进而提高教学深度。1 遗传密码的破译实验英国科学家克里克以T4噬菌体为实验材料，研究其中某个基因的碱基的增加或减少对其编码的蛋白质的影响，结果证明遗传密码中3 个碱基编码1 个氨基酸，同时表明遗传密码从一个固定的起点开始，以非重叠的方式阅读，编码之间没有分隔符。就在克里克的实验完成的同一年，年轻的尼伦伯格和马太采用蛋白质的体外合成技术破译了第1 个遗传密码，实验示意如图1。图1
生物学通报 2020年11期2020-10-22
- 斑石鲷和条石鲷线粒体基因组密码子使用分析
种氨基酸的不同密码子称为同义密码子，而不同基因在蛋白质编码过程中会倾向于使用一些特定的同义密码子，叫作同义密码子的使用偏性，不同物种及不同功能基因的密码子使用偏性均存在差异[1-5]。线粒体DNA(mtDNA)具有进化速率快、核苷酸替代率高及母性遗传等特点，已成为鱼类进化、鉴定及种质遗传等研究的重要遗传分子标记，mtDNA的密码子偏性研究有助于推进鱼类的鉴定、发育及遗传育种等研究。斑石鲷(Oplegnathuspunctatus)和条石鲷(O.fascia
水产科学 2020年5期2020-09-23
- 菜蝽线粒体基因组密码子偏好性分析
过程中，三联体密码子是mRNA 翻译形成特定氨基酸的关键。64（43）种密码子远多于20 种氨基酸，这就出现了不同密码子编码同一种氨基酸的现象，将这些密码子称为同义密码子[9]。理想状态下，即未受到选择压力或者突变的影响，同义密码子的使用频率是相同的。但是已有研究表明，同义密码子的使用存在不均衡现象，部分密码子使用频率较高，这种性质被称为密码子的偏好性[10]。目前，昆虫线粒体基因组的研究多基于系统发育方面，对密码子偏好性的研究相对较少，尤其针对同一物种密
山西农业科学 2020年7期2020-07-14
- 菜青虫中肠表达基因密码子使用偏好性分析
成及结构特点、密码子偏好性、培养条件、蛋白稳定性等，其中某一因素都可能造成蛋白表达困难[4-5]。密码子偏好性是指编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用，它是蛋白表达前需考虑的重要因素之一。在宿主表达系统中，外源基因稀有密码子过多会严重影响蛋白表达水平，甚至造成翻译的提前终止和移码突变[4-5]。因此，本文就实验室前期获得的菜青虫中肠转录组数据，提取全长编码序列，分析其密码子组成特点，探讨菜青虫的密码子使用偏好性，同时分析参与蛋白消化的丝氨酸蛋白酶基因在
生物学杂志 2020年3期2020-06-15
- H9N2 禽流感病毒全基因组密码子使用偏好性及影响因素分析
例[2]。同义密码子的使用具有某种倾向性，并非是一个随机的过程。在蛋白质翻译过程中，部分同义密码子会比其他密码子使用度更高，这被称为密码子使用偏好性(Codon usage bias)[3]。若病毒在同一宿主长时间循环，则该病毒的密码子使用模式将趋同于宿主的密码子使用模式(即病毒使用与宿主相同的同义密码子以翻译某一氨基酸)，以便更好地利用宿主细胞资源进行病毒复制、繁殖[4]。研究密码子使用模式有助于解释病毒在基因进化过程中所发生的适应性变化，进一步认识病毒
华南农业大学学报 2020年3期2020-06-02
- 马尾松转录组密码子使用偏好性及其影响因素*
210037)密码子(codon)是中心法则的重要组成部分，同时也是生物遗传和变异的最基本单元。4种碱基排列组成的三联体密码子共有64个，除3个终止密码子外，其余61个密码子编码构成天然蛋白质的20种氨基酸，对应同一种氨基酸的多个密码子，称为同义密码子(赖瑞联等，2019)。生物体对同义密码子的使用并非完全随机，而是具有密码子使用偏好性(codon usage bias，CUB)。不同物种、器官、核基因与细胞器基因之间都存在不同的密码子使用偏好模式，选择不
林业科学 2020年4期2020-06-02
- 10种植物PSY基因密码子使用偏好性分析
生物共用一整套密码子，密码子是信使核糖核酸上编码氨基酸的三联体核苷酸序列，编码同一个氨基酸的密码子称为同义密码子[9]。密码子在生物体遗传信息的传递过程中起着关键作用。研究发现，密码子的使用存在着不均等现象，即使是同一物种，其不同蛋白质中相同氨基酸对密码子的选用频率也不同，即密码子的使用具有偏好性[10]。密码子使用的偏差存在于广泛的生物系统中，包括原核生物和真核生物。影响密码子偏好性的因素有很多，如突变压力、自然选择、基因功能等。在多细胞真核生物中，如果
西北农业学报 2020年2期2020-04-22
- 豆科植物dxr基因密码子偏好性分析
础。不同物种对密码子使用具有偏好性[4]。如果外源基因密码子与宿主表达系统中密码子的使用频率有显著差异，将直接影响外源基因的表达与翻译[5]。由此，研究密码子偏好性有助于为外源基因选择更优的宿主表达系统，这对于提高基因的表达效率必不可少。本文利用CodonW和EMBOSS程序分析11种豆科植物dxr基因的密码子偏好性。利用SPSS软件进行聚类分析，以确定基因表达的最佳模式植物。并与大肠杆菌、酵母基因组的密码子偏好性比较，确定最适外源宿主表达系统，最后利用本
生物学杂志 2020年1期2020-03-12
- 抽筒竹叶绿体基因组的密码子偏好性分析
330032）密码子（codon）作为自然界中生命信息的基本遗传单位，除甲硫氨酸（methionine）、酪氨酸（tyrosine）只有一个对应密码子以外，其它氨基酸均对应2～6个同义密码子；同义密码子在生物体内的使用频率的差异形成了密码子偏好性（codon usage bias）［1］。早期有学者认为，密码子使用频率的不均等是由于基因组中的核苷酸突变具有非随机性，使得一些密码子更容易发生突变偏好性而导致的［2］。后来又衍生了一系列针对密码子偏好性在不同物
竹子学报 2019年2期2019-11-14
- 金莲花叶绿体基因组密码子偏好性分析
力[4-6]。密码子在生物体遗传信息的传递过程中起着关键作用，由不同的密码子编码同一个氨基酸的密码子称为同义密码子[7]。同义密码子的使用在蛋白质翻译的过程中并不是随机选择的结果。研究发现，密码子的使用存在着不均等现象，即使是同一物种，其不同蛋白质中相同氨基酸对密码子的选用频率也不同，即密码子的使用具有偏好性，使用频率高的密码子为高频优越密码子[8]。吴彦庆等[9]研究发现，不同植物中的花分生组织决定基因APETALAI的密码子使用模式存在一定差异，进化关
山西农业科学 2019年8期2019-08-17
- 新型密码子、反密码子、氨基酸对应盘
的角色，能识别密码子语言和氨基酸语言，其上的反密码子能按照碱基互补配对原则识别密码子，氨基酸臂能携带特定的氨基酸，当然，其携带的氨基酸种类最终由密码子决定。基于此，我们制作了一种实物模型来反映三者之间的对应关系（如图1），既提高了学生的学习兴趣，又提高了课堂实效。二、制作材料直径为400mm、厚度为18mm大圆形亚克力板一块，直径为300mm、厚度为10mm小圆形亚克力板一块，粘贴在大、小圆盘上的图案两张，长度为100mm、直径为10mm的圆柱棒子一根。三
发明与创新·中学生 2019年6期2019-06-26
- 新型密码子、反密码子、氨基酸对应盘
的角色，能识别密码子语言和氨基酸语言，其上的反密码子能按照碱基互补配对原则识别密码子，氨基酸臂能携带特定的氨基酸，当然，其携带的氨基酸种类最终由密码子决定。基于此，我们制作了一种实物模型来反映三者之间的对应关系（如图1），既提高了学生的学习兴趣，又提高了课堂实效。二、制作材料直径为400mm、厚度为18mm大圆形亚克力板一块，直径为300mm、厚度为10mm小圆形亚克力板一块，粘贴在大、小圆盘上的图案两张，长度为100mm、直径为10mm的圆柱棒子一根。三
发明与创新 2019年22期2019-06-06
- 云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒密码子偏性及其聚类分析
门的高度重视。密码子(codon)是生物体内遗传信息传递不可缺少的物质，在编码氨基酸过程中，多种密码子可以编码同一种氨基酸，即同义密码子[5]。在不同的生物体内，甚至同一种生物不同的蛋白质基因对密码子的使用频率不尽相同，具有一定的偏性，即同义密码子使用的偏性[6]。密码子偏性在单细胞物种和多细胞物种的基因组和基因形成中起着重要作用[7-8]。同时，病毒密码子偏性的使用情况也可揭示不同毒株间的进化关系[5]。2017年12月，中科院武汉病毒研究所石正丽课题组
中国人兽共患病学报 2018年12期2019-01-21
- 猪Claudin家族基因密码子使用偏好性分析
成的多聚体，而密码子又决定了氨基酸的种类[1]。每种氨基酸中通用遗传密码包含1～6个密码子，这些密码子称为同义密码子。同义密码子的个别优先使用称为密码子偏好性[2]，密码子使用偏好性是指在翻译过程中某个密码子的使用频率高于其他同义密码子的情况，这通常是适应性演变的结果[3]。密码子使用偏好性对基因组有着重要影响[4]，不同的基因在同一个基因组中表现出不同的密码子偏好性，即使在相同的基因组中，密码子使用模式也不一定相同[5]。密码子偏好性分析可用于进一步理解
浙江农业学报 2018年12期2018-12-29
- 对“翻译”过程中几个问题的探讨
按mRNA上的密码子的顺序“对号入座”。tRNA一端的反密码子与mRNA上的密码子通过碱基互补配对而相互识别，但在tRNA中，有一些反密码子与密码子的配对并非严格地一一对应。在tRNA中，除了有A、U、G、C四种碱基，还有一些稀有碱基，其中的I碱基(次黄嘌呤)参与了反密码子5′端碱基的构成。翻译时反密码子与密码子的碱基在配对区内的链是反向平行的(图1)[1]。图1 反密码子对密码子的识别在反密码子与密码子配成的三个碱基对中，有两对(密码子碱基1、2与反密码
生物学教学 2018年2期2018-08-07
- 拟密码子适应指数方法的设计及应用
碱基通过三联体密码子的形式来编码氨基酸,密码子决定着氨基酸的种类[1～4]。目前,常用的编码方法有氨基酸编码法[5]和拟氨基酸编码法[6]。在氨基酸编码法中,4个碱基通过三联体方式自由组合成64个密码子,其中tag、tga和taa为终止密码子,剩余61个密码子编码20种氨基酸。而朱平等[6]运用代数知识提出的拟氨基酸编码法中,将taa、tag、tac和tat标记为终止子,所有64个密码子编码成16种氨基酸。值得注意的是,氨基酸编码法和拟氨基酸编码法都采用a
生命科学研究 2018年2期2018-06-02
- 2种果蝇（Drosophila melanogaster与D.sechellia）线粒体及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性分析
unit基因的密码子偏好性。[方法]利用CodonW1.4计算密码子偏好性参数的相关参数。[结果]2种果蝇线粒体中蛋白编码基因的AT含量比GC含量更高。 D.sechellia 的线粒体基因组的密码子偏好性比黑腹果蝇 D.melanogastera 的线粒体基因组的密码子偏好性略强。2种果蝇线粒体基因组中各蛋白编码基因CDs中，RSCU值大于1的密码子都是以A或U结尾，而并不以C或G结尾。2种果蝇线粒体基因组及NADH dehydrogenase subu
安徽农业科学 2018年1期2018-05-14
- 基于全基因组的毛竹同义密码子使用偏好性分析
因组的毛竹同义密码子使用偏好性分析黄笑宇，许在恩，郭小勤（浙江农林大学 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江 临安 311300）密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点，分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。应用CodonW软件对毛竹Phyllostachys edulis基因组中的26 103个蛋白质编码基因序列进行了分析，计算了位于密码子3个位置的G＋C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等
浙江农林大学学报 2017年1期2017-02-22
- 豆科植物查尔酮合成酶基因密码子偏好性分析
尔酮合成酶基因密码子偏好性分析张家琪，徐 悦，李晓冰，李思远，尹哲宁，周嘉裕，廖 海(西南交通大学 生命科学与工程学院，四川 成都 610031)查尔酮合成酶(Chalcone synthase，CHS)是参与合成植物苯丙烷类物质的主要酶类之一。研究豆科植物CHS基因密码子的偏好性，对提高豆科植物CHS基因的表达水平具有重要意义。为此，运用CHIPS、CUSP和CodonW程序分析豆科植物CHS基因密码子的偏好性，并用决明CHS基因对分析结果的可信度进行验
华北农学报 2016年6期2017-01-17
- 小鲵科动物Cytb基因密码子偏好性分析
物Cytb基因密码子偏好性分析姜艳， 张全星， 管德龙， 许升全*(秦巴山区可持续发展协同创新中心， 陕西师范大学 生命科学学院， 陕西 西安 710119)利用Mobyle在线工具的 CUSP 程序以及CodonW、Cluster3.0软件对NCBI数据库中16种小鲵科动物的细胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因密码子偏好性进行了分析，并探讨密码子偏好性对系统发育分析的影响。结果表明：16种小鲵科动物Cytb基因的有效密码子数范围为34.45
陕西师范大学学报（自然科学版） 2016年4期2016-08-10
- 杜仲Ref基因密码子偏好性分析
中间无N或终止密码子，可以进行后续分析。数据分析用到的四种模式生物大肠杆菌（Escherichia coli）、 酵 母（Saccharonmyces cerevisine）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）和烟草（Nicotiana tabacum）的密码子偏性数据下载于 Codon Usage Database（http://www.kazusa.or.jp/codon/）数据库。1.2 数据分析方法首先运用CUSP和CodonW软件
中南林业科技大学学报 2016年3期2016-05-26
- 密码子偏性分析方法及茶树中密码子偏性研究进展
杨,杨 阳密码子偏性分析方法及茶树中密码子偏性研究进展赵 洋,刘 振,杨培迪,成 杨,杨 阳*(湖南省农业科学院 茶叶研究所,国家茶树改良中心湖南分中心,湖南 长沙 410125)密码子偏性指同义密码子的非均衡使用.研究密码子偏性模式、密码子偏性的形成因素具有重要的生物学意义.本文主要阐述了密码子偏性研究常用的衡量参数、密码子使用模式的统计分析方法、影响密码子偏性的因素及茶树中密码子偏性研究进展.密码子偏性;同义密码子;遗传密码;茶树生物体内遗传信息传
茶叶通讯 2016年2期2016-03-24
- 蒺藜苜蓿叶绿体密码子偏好性分析
蒺藜苜蓿叶绿体密码子偏好性分析杨国锋1，2*，苏昆龙1，2，赵怡然1，宋智斌1，2，孙娟1(1.青岛农业大学经济草本植物应用研究所，山东 青岛 266109；2.青岛农业大学生命科学学院，山东省高校植物生物技术重点实验室，山东 青岛266109)本文对蒺藜苜蓿叶绿体基因组全序列密码子进行分析，筛选出50条CDS(coding DNA sequence)利用CodonW软件进行分析其密码子使用模式。结果显示，蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26
草业学报 2015年12期2015-06-01
- 瘟病毒属3种病毒多聚蛋白酶基因同义密码子偏爱性分析
蛋白酶基因同义密码子偏爱性分析王国超，乔 军，孟庆玲，刘昱成，杨海波，贺志昊，彭叶龙，谢 堃，陈创夫(石河子大学 动物科技学院 预防兽医学重点实验室，新疆 石河子 832003)【目的】 分析黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(CSFV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和羊边界病毒(BDV) 3种病毒多聚蛋白酶基因密码子的使用特点，初步探讨3种病毒多聚蛋白酶基因的进化及对不同宿主的适应策略。【方法】 运用EMBOSS软件的CHIPS和CUSP程序及CodonW在线分
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2015年1期2015-02-21
- 草菇密码子偏好性分析
大多数生物中，密码子并不是均等地被使用，长期的进化过程中，某一物种或基因都会形成对特定的同义密码子的使用偏好，这些被优先使用的密码子被称为该物种或基因的最优密码子(Optimal codon)，这种现象称为密码子的使用偏好性(Codon bias)。分析密码子的使用偏好性对提高外源基因在宿主中的表达水平具有重要的意义。近几年，通过优化密码子的途径提高外源基因在微生物、植物、动物等宿主生物中的表达效率的研究屡见不鲜[1-7]，其前提便是对宿主生物的密码子偏好
生物工程学报 2014年9期2014-10-31
- 甘蓝型油菜WRKY基因家族碱基组成及密码子使用特性分析
212013)密码子的非均衡使用在生物界中普遍存在［1］。通用遗传密码子共有64个，除去3个终止密码子外，其余61个密码子编码构成生物体的20种氨基酸，这表明同一种氨基酸由几个不同的密码子编码，通常将这些编码同一种氨基酸的不同密码子称为同义密码子(synonymous codon)。某一物种或某一基因家族对特定的同义密码子的选择使用具有偏好性，此现象称为密码子偏好性(codon bias)，这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联，所以
生物学杂志 2013年4期2013-12-03
- 长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析
点，即多个同义密码子编码同一种氨基酸。如果没有任何选择压力和突变基因的偏倚，每个核苷酸位点上的核苷酸突变都是随机的，同义密码子出现的概率也是一样的。但研究表明，同义密码子非均衡使用的现象普遍存在，即某些密码子比其他同义密码子具有更高的使用频率，这些密码子被称为最优密码子，此现象称为密码子偏性。这种同义密码子使用的偏好性广泛存在于从原核到真核生物中，从单一物种基因组中的不同基因到不同物种的基因组中［1－2］。研究发现，影响密码子偏好性的因素有很多，如碱基组成
海洋科学进展 2012年4期2012-10-08
- 药用植物人参和三七的密码子用法分析
物人参和三七的密码子用法分析倪志华（福建生物工程职业技术学院 保健营养学系，福建 福州 350008）采用高频密码子分析法，对人参属药用植物人参（PanaxginsengC. A. Mey.）和三七[PanaxNotoginseng (Burk.) F. H. Chen]的蛋白质编码基因序列（coding DNA sequence，CDS）进行了同义密码子相对使用频率（relative frequency of synonymous coden，RFSC）
唐山师范学院学报 2012年5期2012-06-01
- 大豆GmRAV基因的密码子偏好性分析
程中是以三联体密码子的形式传递。编码天然蛋白质20种氨基酸的密码子共61种，每种氨基酸至少对应1种密码子，最多的有6种对应的密码子。编码同1种氨基酸的密码子称为同义密码子。在已经研究过的物种中，基因对同义密码子的使用不是随机的，而是优先使用其中的一些密码子，即存在密码子使用偏好[5]。对不同物种的密码子使用偏好性进行研究，发现不同物种的基因在密码子使用上存在着明显的偏好性；不同功能的基因其密码子使用偏好性也存在较大差异。分析密码子的偏好性对于外源基因选择合
东北农业大学学报 2012年7期2012-03-12
- 水稻HKT基因家族密码子使用特性分析
系[3]。同义密码子的使用偏好性与诸多生命活动过程如蛋白质的合成等有密切联系，因此，对同义密码子使用偏好性的研究具有重要的生物学意义。目前，对密码子使用偏好性的研究，主要集中在对已知全基因组序列的低等生物和模式生物的基因组密码子使用研究，对单一功能基因家族的密码子用法研究还比较少。本研究旨在通过分析水稻HKT基因家族全长编码框密码子的使用特性，为深入研究其进化、表达调控机制等提供重要理论依据。1 材料和方法1.1 水稻HKT基因家族序列的获得从 SWIWW
山西农业科学 2011年11期2011-09-15
- 基于RSCU与QRSCU的F/10和 G/11木聚糖酶家族密码子偏好性的比较
一便是对其同义密码子的研究。比如,刘亮伟等人[1,3,5]用生物信息学的方法,研究了 F/10和 G/11木聚糖酶氨基酸二联体同最适温度、最适p H值的关系、木聚糖酶的分子进化以及用主成分分析的方法对F/10和 G/11木聚糖酶分类等一系列的问题。作者则是综合了石秀凡等人[6]基于氨基酸编码方法下对同义密码子偏好性及朱平等人[7-8]基于拟氨基酸基因编码方法下对同义密码子的偏好性的研究成果,运用两种编码方法,进行编程,分别计算RSCU和QRSCU,得出两种
食品与生物技术学报 2010年5期2010-03-15