猪脑心肌炎病毒NJ08株基因组序列测定与分析

白 娟，蒋康富，李玉峰，王先炜，姜 平

(南京农业大学农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室，江苏 南京 210095)

脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus，EMCV)是单股正链RNA病毒,属于微RNA病毒科心病毒属的成员。EMCV可感染多种哺乳动物、昆虫和人类等，啮齿类动物是EMCV的自然宿主，其中猪是受感染最普遍的动物。EMCV感染可引起断奶仔猪的急性心肌炎、突然死亡和母猪的繁殖障碍[1-2]。啮齿类动物和带毒成年动物是该病的主要传染源。鼠作为EMCV的自然宿主和传播者，对于该病毒在猪群中的流行起到重要作用[3]。

EMCV基因组全长约7.8 kb。EMCV的衣壳蛋白由4种结构蛋白VP1、VP2、VP3和VP4组成。除这4种结构蛋白外，还含有非结构蛋白2A、2B、2C、2D、3A、3B以及蛋白酶3C和RNA依赖性聚合酶3D[4]。1958年，猪EMCV作为仔猪致死性心肌炎的病原首次被报道[5]。2005年盖新娜等首次在国内分离和鉴定了该病毒[6]，至今我国已分离到4株猪源和1株鼠源EMCV，并对其全基因组序列进行分析[7-9]。本研究目的是对本实验室所分离的EMCV NJ08株进行全基因测序，并与国内外分离病毒株进行同源性比较，从而确定该分离株的来源和遗传变异，同时可以丰富国内分离株的基因序列数据库，为研究EMCV的基因遗传和变异提供实验依据。

1 材料和方法

1.1 病毒株及主要试剂 EMCV NJ08分离株由本实验室分离保存；BHK21细胞购自美国ATCC；AccuPrimeTMPfx DNA Polymerase、dNTP Mixture和M-MLV等均购自Invitrogen公司；pMD18-T vector、DNA A-Tailing Kit、5'-Full RACE Kit和 3'-Full RACE Core Set Ver.2.0均购自TaKaRa公司。

1.2 引物设计 参考EMCV BJC3株(DQ464062)的核苷酸序列设计并合成覆盖ORFs的特异性引物(如读者需要作者可以提供)进行PCR扩增。这7个重叠片段含盖了整个基因组。

1.3 总RNA提取 取EMCV病毒培养液，按照TRIzol试剂说明书，提取总RNA。……