生物信息学在筛选影响结直肠癌预后基因中的应用*

伏小红,冯宦翔,苟 伟,杨 敏,郭 靓,屈春燕

四川省成都市第七人民医院:1.检验科；2.神经内科，四川成都 610000

结直肠癌(CRC)的发病率和病死率在消化系统恶性肿瘤中仅次于胃癌、食管癌和原发性肝癌[1]，近年来其发病率在我国不少地区有不断上升的趋势[2]。有研究发现，普遍的筛查可有效提升CRC患者的生存率，降低其病死率[3]。鉴于筛查的现实需要和目前筛查方式的不足，急需寻找更方便快捷的筛查方法。基因芯片和基因图谱是一种很成熟的检测技术，特别适用于筛选差异表达基因(DEGs)[4]。运用生物信息学方法整合和分析基因芯片应用过程中积累下来的大量CRC数据，并与表达谱技术相结合，非常适用于研究CRC可能存在的生物标记物基因。本研究结合多种数据库开展CRC的研究。

1 资料与方法

1.1筛查出有差异的上调和下调基因 从基因芯片数据库(NCBI-GEO)中获取GSE110224、GSE41328和GSE15960基因在CRC组织及正常结直肠组织中的表达谱，均是GPL570[G-U133_Plus_2]Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array，包括28个正常结直肠组织标本和38个CRC组织标本；采用GEO2R在线工具对CRC组织标本和正常结直肠组织标本的DEGs数据进行分析(|logFC|>2和调整P<0.05)；然后再用Venn软件对原始数据进行分析，检测3个基因芯片之间的差异，logFC<0的DEGs为下调基因，logFC>0的DEGs为上调基因。

1.2分析筛选出的DEGs的生物学特征 在DAVID数据库里，用基因本体论(GO)分析筛选出的DEGs的生物学特征，分成生物过程(BP)组、分子功能(MF)组和细胞成分(CC)组3组。用京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析信号通路情况。

1.3分析蛋白质相互作用 通过检索相互作用基因的搜索工具(STRING)分析蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，再用MCODE插件进一步分析。

1.4分析筛选出的DEGs对生存率的影响及对RNA的表达 利用UALCAN数据库评估筛选出的基因对生存率的影响，计算出有95%置信区间的logrankP值和风险比(HR)。利……