ALK融合基因阳性肺腺癌患者耐药核心基因鉴定及药物靶点分析

祁春艳，吴涛，齐晓光

0 引言

目前肺腺癌的治疗已经是基于基因分型的个体化治疗，间变性淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase,ALK）融合基因阳性虽然比例低（1%～4%），但对于伴有ALK融合基因阳性肺腺癌患者，应用ALK抑制剂后生存期延长[1]，所以ALK融合基因阳性被称为“钻石突变”，但转移灶进展或耐药问题是困扰ALK抑制剂应用的关键问题，相关探索及药物靶点的发现一直备受临床医师关注。

随着二代测序技术的发展，同一患者不同部位的基因表达谱的测序研究为进一步探索靶向药物的耐药提供了新的方法学支持，本研究利用GEO公共数据库二代测序的ALK阳性肺腺癌原始数据，分析并比较ALK阳性肺腺癌中原发灶和转移灶之间的基因表达谱及富集通路的差异，从而对理解肿瘤转移灶的异质性及其耐药机制具有重要意义，也将更好地回答转移灶靶向药物耐药问题。

1 材料与方法

1.1 肺腺癌基因表达谱数据集筛选

在NCBI中检索ALK融合基因阳性的肺腺癌患者，选取GEO GSE125864进行研究，纳入ALK融合基因阳性的原发肿瘤及其转移病变为研究对象；同时下载该数据集的RNA表达谱矩阵进行后续研究，根据人类基因探针数据库，应用R语言进行基因探针与基因名称的转化，并对每个基因表达量进行标准对数化处理，以备后续研究；根据取材部位的不同，分为原发灶组和转移灶组。下载原始基因表达谱原始数据CSV文件进行后续研究。

1.2 差异基因分析

应用R语言DEseq2软件包进行分析，参数设置log FoldChange=1,P＜0.05，筛选两组之间的差异表达基因，并利用R软件绘制热图及火山图。……