罗 鑫, 沈 宁, 刘 畅, 张 沅, 林丽娜, 李 枫, 李冰滢, 肖绍文, 陈 芳, 张庆梅
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)占原发性肝癌的70%~90%[1],具有恶性程度高、发病隐匿、侵袭性强、预后差和生存率低等特点[2],急需探索新的HCC治疗方法。近年来,肿瘤免疫治疗因其较好的特异性和较小的副作用而备受关注[3],但肿瘤免疫治疗需要筛选肿瘤特异性抗原。黑色素瘤相关抗原(melanoma-associated antigen,MAGE)是一个多基因的大家族,因其第一个成员首先在黑色素瘤中发现而得名,可分为A、B、C、D、E、F等亚家族,其许多成员在多种肿瘤类型中呈特异性高表达,被视为肿瘤免疫治疗的理想靶点[4]。MAGE-D4是2001年Sasaki等[5]发现的一个MAGE家族成员,与其他许多成员一样,其基因定位于X染色体,具有MAGE家族共有的同源结构域(MAGE homology domain,MHD)。有研究报道MAGE-D4在胶质瘤、脑膜瘤、结直肠癌和口腔癌等多种恶性肿瘤中呈高表达[6-11],而在正常组织中不表达或低表达[5,8],提示MAGE-D4具有肿瘤特异性,具有进一步开发成肿瘤免疫治疗靶点的潜力。本研究应用在线数据库结合实验验证,分析HCC中MAGE-D4 mRNA和蛋白质的表达水平及其与患者临床病理参数的关系,并探讨其表达水平与生存预后的关联性,初步评价MAGE-D4作为HCC潜在治疗靶点和预后标志物的潜在价值。
1.1数据获取及分析 通过癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库(https://cancergenome.nih.gov/)获取371例HCC组织和50例正常肝组织的转录数据。应用数据挖掘工具UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/)分析HCC组织中MAGE-D4 mRNA的表达,mRNA表达水平以每千个碱基的转录每百万映射读取的抄本数(transcripts per kilobase of exon model per million mapped reads,TPM)表示。通过对TCGA数据库中的基因转录本数据进行预处理,以尽可能多地获取各种不同基因的RNA水平表达数据,最终获得共56 953个基因的RNA表达数据。……