艾美游仆虫大核基因组与转录组测序及结构特征

何 燕 尹家奇 生 欣

(遵义医科大学生物化学与分子生物学教研室, 遵义 563000)

游仆虫是进化上较为高等的腹毛目纤毛虫, 为一种常见的水生浮游生物, 以水中微生物为食。具有十分复杂的皮层微管骨架系统和背腹分化的纤毛器。常被作为研究微管装配特征、纤毛结构与功能、纤毛形态发生、纤毛基因定位和功能研究的重要模式生物。此外, 游仆虫不仅同时具有负责营养的大核与负责生殖的小核, 而且具有其独特的大核基因结构特征, 如微染色体、特殊的终止密码子和高频率的编程性核糖体移码(Programmed ribosomal frameshifting, PRF)等。因此, 近年来, 游仆虫受到研究者的广泛关注, 目前, 八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)、厚游仆虫(Euplotes crassus)和扇形游仆虫(Euplotes vannus)等的基因组数据库已经建立, 为进一步揭秘这种水生浮游生物的基因、细胞和环境生物学特征提供了不可或缺的基础资料。

艾美游仆虫(Euplotes amieti)为一类较大型淡水种游仆虫。活体为(88—125) μm×(55—78) μm,呈不对称的卵圆形, 背腹扁平, 腹面观右缘较左缘膨出, 体前有一明显的领口区开阔呈三角形约占体长的活体时口侧膜不易观察到横棘毛间有列短而不规则的嵴[1]。本课题组前期对艾美游仆虫微管类细胞骨架、纤毛形态发生过程和γ-微管蛋白在纤毛装配过程中的作用进行了研究, 但由于缺乏该种游仆虫基因组和转录组数据, 限制了对其相关基因功能的研究, 因此, 本研究通过提取艾美游仆虫大核基因组DNA和mRNA, 对其大核基因组DNA和转录组进行了测序和基因注释, 旨在筛选出与微管和纤毛相关蛋白基因, 分析其基因结构, 为进一步探索其功能提供基础资料。……