ZNF568基因表达联合DNA甲基化分析与食管癌预后的关联

刘双，林征，俞凯莉，陈辉林，饶雯清，胡志坚

（1.福建医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系，福州 350122；2.泉州市安溪县医院放疗科，福建 泉州 352400）

我国是食管癌高发地区，2017 年《国家癌症中 心最新研究报告》报道，食管癌发病率为14.09/10万，居我国肿瘤发病第五位［1］。尽管治疗技术在不断改进［2］，但患者总体预后仍然较差［3］。锌指蛋白（zinc finger protein，ZNF）是最大的DNA结合蛋白家族，ZNF DNA结合域通常与核酸酶或其他效应蛋白融合介导表观遗传反应［4］，调节基因的表达，进而影响肿瘤的发生、发展。研究［5］发现，ZNF568基因低表达与胃癌不良预后相关，可作为判断肿瘤预后的标志物。然而，目前尚无ZNF568基因表达联合DNA甲基化与食管癌预后的关联研究。因此，本研究通过联合分析癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库ZNF568基因表达和DNA甲基化与食管癌预后的关联，为食管癌预后的预测提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 TCGA数据库数据下载与预处理

通过TCGA数据库官网（https：//portal.gdc.cancer.gov），下载食管癌DNA甲基化数据、基因表达数据与临床数据，使用Perl脚本进行注释，并对注释后的数据进行预处理。

1.2 癌细胞系百科全书（Cancer Cell Line Encyclopedia，CCLE）数据库数据下载

通过CCLE数据库官网（https：//portals.broadinstitute.org/ccle/），下载食管癌ZNF568基因表达和DNA甲基化数据，验证ZNF568基因表达和DNA甲基化之间的关联。

1.3 统计学分析

采用R软件中的limma包对DNA甲基化数据进行芯片归一化处理，并对食管癌癌组织与癌旁组织进行DNA甲基化差异分析；使用edgeR包分析食管癌癌组织与癌旁组织ZNF568基因的表达情况；筛选条件为错误发现率（false discovery rate，FDR ）=0.05，fold change=1。ZNF568基因表达水平与DNA甲基化的关联分析使用Spearman 秩相关。……