基于生物信息学探讨骨质疏松症与肌少症的关系

2021-11-11 06:14:06商海滨廉由之郭海玲杨光月邓真艾有利陈蓓李国中赵咏芳
中国骨质疏松杂志 2021年10期
关键词:数据库信号分析

商海滨 廉由之 郭海玲 杨光月 邓真 艾有利 陈蓓 李国中 赵咏芳*

1.上海市宝山区中西医结合医院 上海中医药大学附属曙光医院宝山分院,上海 201999 2.上海中医药大学附属曙光医院石氏伤科医学中心,上海 201203 3.上海市中医药研究院骨伤科研究所,上海 201203

世界卫生组织(World Health Organization,WHO)提出“健康老龄化”的概念,不仅要求寿命延长,更要求寿命质量的提高。肌少症(sarcopenia)可导致肌肉量及肌肉强度下降,骨质疏松症(osteoporosis)可引起骨量及骨骼功能的下降,严重影响了老年人的生活质量。由于目前对于肌少症的相关研究仍处于初步阶段。若探寻到骨质疏松症与肌少症的共同发病机制,那对于骨质疏松症与肌少症的治疗将起到事半功倍的效果。鉴于骨质疏松症与肌少症均为多基因通路调控,涉及多器官、多系统、多靶点的全身代谢性疾病。利用分子生物学技术,通过多组基因数据整合分析,探讨骨质疏松症并发肌少症的发病机制具有极为重要的现实意义,这将为同时治疗两种疾病的药物的精确研究提供理论基础。

1 材料和方法

1.1 数据库与软件

CTD数据库[1]、Disgenet数据库[2](2020年V7.0版)、TTD数据库[3]、OMIM 数据库[4]、GeneCards数据库[5]、Drugbank数据库[6]、KEGG数据库[7],STRING网站[8],Perl软件、R语言软件,UniProt知识库,Cytoscape 3.7.2软件[9]。

1.2 方法

分别以“Osteoporosis”、“Sarcopenia”为关键词,检索目前公认的主要的疾病数据库来获得骨质疏松症与肌少症相关靶点,其中包括CTD、Disgenet、TTD、OMIM、GeneCards、Drugbank、KEGG数据库。分别获得影响该疾病的靶点基因。随后,将所获得靶点分别进行汇总、筛选、去重后即得到该疾病的靶点基因。利用R语言软……

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