基于网络药理学探讨防己黄芪汤治疗IgA肾病的作用机制 *

2023-11-29 01:18涂思洁王虹云邹新蓉
中国中医药现代远程教育 2023年24期
关键词:防己结合能网络图

涂思洁 王虹云 邹新蓉,2※

(1.湖北中医药大学中医临床学院,湖北 武汉 430065;2.湖北省中医院肾病科,湖北 武汉 430061)

IgA 肾病(Immunoglobulin A nephropathy,IgAN)是最常见的原发性肾小球疾病,20%~40%的IgAN 患者将在诊断后的10~20 年内发展为终末期肾脏病[1]。目前,临床常采用糖皮质激素和免疫抑制剂治疗IgAN,但其效果和安全性还存在争议[2]。因此,IgAN的治疗迫切需要更安全有效的策略。近年来,中医药的发展和相关研究不断深入,其在治疗IgAN方面显示出较好的前景[3]。

防己黄芪汤出自《金匮要略》,由防己、黄芪、白术、甘草组成,是祛风利水的代表方,临床中广泛应用于IgAN 的治疗。研究[4]发现,防己黄芪汤可以有效缩短水肿消退时间、促进尿蛋白转阴、降低疾病复发率,但其作用机制尚不明确。故本研究用网络药理学方法和分子对接,从分子水平上探索防己黄芪汤治疗IgAN的潜在机制,以期为其临床应用和研究提供思路。

1 资料与方法

1.1 筛选防己黄芪汤活性成分及靶点从TCMSP 数据库获取防己黄芪汤中药物的活性成分,设定口服利用度≥30%,类药性≥0.18,通过该数据库与SwissTargetPrediction 数据库预测相对应的靶点,通过UniProt 数据库进行基因标准化。

1.2 疾病靶点获取使用OMIM、GeneCards 和CTD 数据库检索IgAN疾病靶点,与药物靶点相映射,得到交集靶点。

1.3 药物-成分-靶点-疾病网络构建使用Cytoscape 3.7.2 软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图。网络中连接度值越大,代表在网络中的作用越大。

1.4 蛋白质-蛋白质互作网络(PPI)及关键靶点网络图构建将交集靶点导入STRING 平台,设置置信度>0.4,获取PPI网络数据并导入Cytoscape 3.7.2软件进行分析。

1.5 GO 和KEGG 分析利用DAVID 数据库对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因组百科全书(KEGG)分析。GO 分析包括细胞功能(CC)、分子功能(MF)和生物学过程(BP)。KEGG分析用于获得防己黄芪汤治疗IgAN的潜在信号通路。

1.6 分子对接通过RCSB PDB 及PubChem 获取关键靶点及核心成分的3D 结构,导入AutoDock 平台进行分子对接验证并计算结合能。结合能<-5 表示成分与靶点之间具有较好的结合相互作用。

2 结果

2.1 防己黄芪汤活性成分及靶点检索得到防己黄芪汤活性成分共124 个,包括防己4 个、黄芪20 个、白术7个、甘草93个,预测得到靶点135个。

2.2 疾病及交集靶点检索得到IgAN 相关疾病靶点7684个,与药物靶点取交集共得到116个交集靶点。

2.3 药物-成分-靶点-疾病网络图通过1.3 得到图1,对网络图进行拓扑学分析,在该网络中连接度值排名前5 的活性成分为MOL000098(槲皮素)、MOL000422(山奈酚)、MOL00034(异鼠李素)、MOL000392(芒柄花黄素)、MOL000358(β-谷甾醇)。

2.4 PPI 及关键靶点网络图构建排除PPI 网络的孤立节点,导入Cytoscape 3.7.2 软件重新构建布局网络(见图2)。PPI网络平均节点值为20.6,网络直径为5,平均邻居数为18.15。利用CytoHubba 插件筛选核心靶点,度值降序依次为白细胞介素-6(IL-6)(度=64),血管内皮生长因子A(VEGFA)(度=61),肿瘤蛋白p53 基因(TP53)(度=59),肿瘤坏死因子(TNF)(度=58),表皮生长因子(EGF)(度=58),JUN(度=54),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)1(度=53),前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)(度=51),MAPK8(度=49),白细胞介素-1β(IL-1β)(度=46)。

图2 PPI网络图及关键靶点网络图

2.5 GO 及KEGG 分析以P<0.05和FDR<0.05为筛选标准,对交集靶点进行GO 与KEGG 富集分析。GO 分析得到167条,包括BP 106条、CC 25条、MF 36条。其中BP主要包括细胞增殖正调控、一氧化氮生物合成正调控等;CC 主要包括细胞外空间、质膜等;MF 主要包括类固醇结合、酶结合等。KEGG 筛选得到104 条信号通路,主要包括TNF 信号通路、钙离子信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路等。

2.6 分子对接将结合能按升值排序,前5位依次为β-谷甾醇与JUN(结合能=-9.1)、槲皮素与JUN(结合能=-8.6)、β-谷甾醇与EGF(结合能=-8.6)、芒柄花黄素与JUN(结合能=-8.4)、山奈酚与JUN(结合能=-8.3)。

3 讨论

根据IgAN 的临床特征,其应归属于中医学“尿血”“水肿”等范畴,而防己黄芪汤具有益气祛风、健脾利水的功效。本研究通过网络药理学研究方法分析发现,防己黄芪汤治疗IgAN 的作用机制,可能与其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、芒柄花黄素、β-谷甾醇等活性成分,通过细胞增殖的正调控、一氧化氮生物合成的正调控、细胞外空间等生物过程,以及TNF、HIF-1、PI3K/Akt 等信号通路,作用于IL-6、VEGFA、TNF、PTGS2等靶点相关。

研究[5]发现,槲皮素脂质体或游离槲皮素能够降低肾肥大指数,减少24 h 尿蛋白。山奈酚可改善肾损伤和纤维化[6]。异鼠李素可以降低尿中骨桥蛋白、肾损伤分子-1(KIM-1)和白蛋白的水平,并可能通过抑制核因子κB(NF-κB)信号,发挥对肾脏的保护作用[7]。IgAN 发展和预后与炎症反应密切相关,炎症条件下,PTGS2 在肾小球系膜细胞中高水平表达,因此抑制PTGS2 的表达可以降低蛋白尿、减轻肾小球损伤[8]。TNF 作为一种典型的炎症因子,其信号通路参与细胞凋亡、炎症及免疫过程,影响IgAN 的发病及预后[9]。研究[10]表明,降低IL-6 水平可减少IgAN 大鼠肾小球损害。缺氧是肾脏损伤的重要原因,部分HIF-1 介导的慢性缺氧可能会促进肾脏纤维化和加快肾脏疾病的发展进程[11]。研究[12]表明,VEGFA 的表达与蛋白尿水平呈负相关,良好地控制VEGFA 表达在IgAN 的预防中可能是有效的。此外,在慢性肾脏疾病中PI3K/AKT 信号通路的活化,可以抑制细胞氧化应激并抑制促炎性细胞因子的释放[13]。综上所述,本研究基于网络药理学方法和分子对接,初步探索了防己黄芪汤治疗IgAN的作用机制,结果显示防己黄芪汤通过多成分、多靶点、多通路的调控网络,靶点和通路之间交互联系、协同或拮抗,从调控免疫功能、抑制炎症、抑制肾纤维化等方面干预IgAN病程进展。

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