河南汉族人群16个Y-SNP位点遗传多态性

孙许朋 ，杨世平 ，武红艳 ，郭娟宁 ，岳俊涛 ，樊爱英

（1.新乡医学院法医学系，河南 新乡 453003；2.许昌市公安局犯罪侦查支队，河南 许昌 461000）

Y染色体呈父系遗传，不易受重组和回复突变的影响，在涉及性犯罪、追溯父系同代、隔代亲权鉴定等方面具有应用价值。本研究对河南汉族人群16个YSNP位点的多态性进行调查，旨在为法医学应用和群体进化研究提供基础数据。

1 材料与方法

1.1 样本收集与位点选择

收集由许昌市公安局犯罪侦查支队提供的176份河南地区汉族男性无关个体血样。常规Chelex-100法提取基因组DNA，-20℃保存备用。

根据国际Y染色体协会提出的系统树[1]，挑选在东亚群体中多态性较好的16个Y-SNP位点（M9、M89、M95、M119、M122、M214、P136、P148、P164、P191、P196、P197、P198、P199、P200、P201）。 用 Primer Premier 5.0软件自行设计PCR扩增引物和SNaPshot微测序引物，由大连宝生物有限公司合成，引物序列见表1。

表1 16个Y-SNP位点的引物序列和SNaPshot微测序引物

1.2 扩增

分别对男性DNA样本的16个Y-SNP位点进行单独扩增以验证其准确性，PCR扩增体系为25 μL，包括：1×PCR 缓冲液、200 μmol/L dNTPs、2.0 mmol/L MgCl2、1U AmpliTaq Gold®DNA聚合酶。扩增条件：94℃ 11 min；94℃ 60 s，62 ℃ 60 s，72 ℃ 60 s，32 个循环；72℃ 15min。

1.3 SNaPshot微测序

SNaPshot微测序反应前取1.5 μL PCR产物，加入0.5 U虾碱性磷酸酶 1 U/μL，2 U核酸外切酶Ⅰ（Exo-Ⅰ） 10U/μL，置入 2720型扩增仪（美国 AB 公司）进行反应，37℃孵化60min，80℃灭活15min。

SNaPshot微测序采用5μL反应体系，内含1.5μL SNaPshot反应混合液，1.5 μL纯化后的PCR产物和1μL单碱基延伸引物。 循环条件：96℃ 10s，50℃ 5s，60℃ 30s，共25个循环。向SNaPshot微测序反应的产物中加入1 U虾碱性磷酸酶 （1 U/μL），37℃孵化60min，80℃变性 15min。

1.4 电泳检测

PCR扩增产物采用3130遗传分析仪进行毛细管电泳，GeneMapper®ID v3.2软件分析数据。

1.5 统计学分析

用直接计数法计算各基因座等位基因频率及单倍型频率，基因多样性（gene diversity，GD）及单倍型多样性（haplotype diversity，HD）计算均按公式：GD（HD）=n[1-Σ（Pi）2]/（n-1）[2]。 式中 n 为样本数，Pi为基因频率或单倍型频率。

2 结果与讨论

对16个Y-SNP位点分别成功进行了扩增，其片段大小为100～400bp。16个Y-SNP位点在河南汉族群体均呈多态性分布。其等位基因频率和单倍型频率分布及群体遗传学参数详见表2～3。

表2 河南汉族群体16个Y-SNP位点的基因频率和基因多样性 （n=176）

表3 河南汉族群体18种单倍型频率分布 （n=176）

本研究16个Y-SNP位点多态性分布较好，GD为0.1104～0.5016，M95的GD值最低。由于Y染色体上的遗传标记存在连锁，故实际检出的单倍型数量要远远低于理论上可能组合的数量。本研究在176个男性个体中共检出18种单倍型，其中频率最高的为0.1420，频率最低的仅0.0114。HD达到0.9248，具有较高的个体识别率和非父排除率，在法医学应用中具有较高的价值，同时也可作为Y-STR标记的有效补充。为今后进一步在增加样本量及Y-SNP位点数基础上研究中国人群的遗传结构特征及群体间的相互关系提供了宝贵的遗传资料。