生物信息学一致性相关系数法预测非小细胞肺癌的NP化疗方案药物敏感性基因*

王卓智，陈秋月，韩勇，陈永孜，黄怡菲，龚卫静，徐双兵，李居怡，邓艾平，刘亚妮，曾芳，吕永宁，张玉

(1.天津医科大学生物医学工程与技术学院，天津 300070；2.华中科技大学同济医学院附属协和医院药学部，湖北省重大疾病精准用药医学研究中心，武汉 430022；3.天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室，天津市肿瘤防治重点实验室，国家肿瘤临床医学研究中心，天津市恶性肿瘤临床医学研究中心，天津 300060；4.华中科技大学同济医学院附属协和医院肿瘤科，武汉 430022；5.武汉市中心医院，武汉 430024)

肺癌是全球常见的恶性肿瘤之一。肺癌包括两种主要的组织学类型：小细胞肺癌(small cell lung cancer，SCLC)和非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)。其中，NSCLC是常见的组织学类型，占肺癌总病例的80%[1]。NSCLC是一种高度异质性疾病，患者对化疗敏感性个体差异较大。近年来有很多研究通过筛选生物标志物(如CTR1、ABCB1等)能够预测NSCLC患者化学治疗(化疗)的生存情况[2-6]。但这些生物标志物基于较少临床样本量的检测与验证，且每项研究用于检测和分析的备筛选生物标志物数量有限。由于NSCLC在早期无典型症状，患者确诊时多以中晚期为主[7]。长春瑞滨+顺铂序贯化疗治疗方案(NP方案)是晚期NSCLC的一线化疗方案，临床研究表明，NP 方案可显著延长晚期患者的生存期(P<0.001)[8-9]。本研究利用生物信息学中的一致性相关系数(concordance correlation coefficient，CCC，或ρc)从GEO和NCI 60等生物学信息数据库的高通量基因信息中，筛选多类型细胞系与NSCLC癌症样本中表达一致的基因[10]，对NSCLC的NP方案药物敏感性基因进行预测和分析，为将来结合临床样本进一步构建、验证和优化NP方案精准化疗模型提供研究基础。

1 数据与方法

1.1数据来源 从美国国家癌症研究所网站(http：//discover.nci.nih.gov)下载使用HG-U133A GeneChip阵列分析的NCI 60细胞系数据(Affymetrix)。从NCI数据库获得(http：//dtp.nci.nih.gov)NCI 60细胞系50%生长抑制(GI50)的药物敏感性数据。从基因表达数据库 GEO 数据库中下载NSCLC患者数据GSE3593(Potti198，198个NSCLC样本)[11]。平台信息：GPL96[HG-U133A]Affymetrix Human Genome U133A Array。……