去泛素化酶OTULIN研究进展①

2021-03-29 02:44胥虹贝重庆医科大学附属第一医院神经内科重庆400016
中国免疫学杂志 2021年17期
关键词:化酶泛素结构域

胥虹贝 罗 勇 (重庆医科大学附属第一医院神经内科,重庆400016)

线性泛素化修饰主要由泛素蛋白N末端的甲硫氨酸Met1 的氨基与另一泛素分子C 末端甘氨酸的羧基共价结合而成——甲硫氨酸1-泛素链(Met1-Ub)[1]。研究表明,由Sharpin、HOIL-1L和HOIP构成的线性泛素链组装复合体(linear ubiquitin chain as⁃sembly complex,LUBAC)可对NF-κB 通路中的重要组分NEMO 及NOD2 受体信号通路中的受体相互作用蛋白激酶 2(receptor interacting protein kinase 2,RIPK2)进行线性泛素链组装[2-3]。OTULIN(OTU domain DUB with Linear linkage specificity)作为一种重要的去泛素化酶,可通过S1'泛素结合位点特异性结合Met1-Ub,去除底物蛋白Met1-Ub,在OTULIN相关自身炎症反应综合征(OTULIN-related autoin⁃flammatory syndrome,ORAS)、细胞死亡、血管再生、神经炎症等病理生理过程中发挥重要作用。本文就OTULIN 结构、调节机制及生物学特性的研究现状进行概述。

1 OTULIN结构及调节机制

1.1 OTULIN 与Met1-Ub 人类OTULIN 基因位于染色体5p15.2 区,通过转录翻译合成含有352 个氨基酸的OTULIN 蛋白[4-5]。晶体结构分析表明,Asn341、His339 和 Cys129 构成 OTULIN 蛋白三级结构的催化中心,其中His339和Cys129通过不同排列方式形成2 种不同构象,具有催化活性的“活化”构象(约30%)主要通过Asn341、His339和Cys129相互作用发挥作用,而无催化活性的“非活化”构象(约70%)中因Asp336 将His339 从原有催化位置拉出,Cys129发生转向从而形成无效的旋转异构体[5]。

线性泛素化修饰是近年发现的一种新型泛素链连接方式[1]。研究表明,OTULIN 催化结构域(cat⁃alytic domain of OTULIN,OTULINcat)的C129位点可与Met1-Ub特异性结合,且OTULIN催化结构域在物种间高度保守[4]。Ub 远端和近端分别与多个泛素结合位点S1 和S1'连接。S1 位点与远端Ub 的结合覆盖面积为1 045Å2,且该位点含有与螺旋臂(aa 254~264)相互作用的 Ile44。S1'位点与近端 Ub 的结合覆盖面积为 880 Å2,主要由 Ub 的 Helix 和 Phe4位点与OTULINcat 的α1 螺旋和α2 螺旋构成。大量S1'泛素结合位点对OTULIN 发挥去泛素化酶作用至关重要。S1'位点锚定近端Ub,将Met1 指向催化中心。除在空间上与Met-1 很接近的Lys63 外,其他近端Ub 的Lys 残基均远离催化中心。OTULIN 通过aa 125~127 和 aa 282~284 形成的 2 个环将连接点分开。非Met1-Ub 链,包括Lys63-Ub 在内的泛素链均可在一定程度旋转近端Ub,使OTULIN S1'位点与非Met1-Ub 链无法结合。研究发现,Lys63-Ub 与OTU⁃LIN 的结合能力低于Met1-Ub 与OTULIN 结合能力的 1%,Lys48-Ub 与 OTULIN 未检测到结合,表明OTULIN 的泛素结合点可在一定程度上特异性识别结构非常相似的Met1-Ub 和Lys63-Ub。当Ub 间含有完整的Gly76-Met1链序列时,OTULIN 可特异性分解 Ub,OTULIN 对含 Gly76-Met1突变的 tetraUb 无水解性。C129A、H339A 和 N341A 位点突变的 OTULIN也无法分解 Met1-Ub。S1(L259E 和 E314R)或 S1'(W96A 和TQK100-102AAA)位点的点突变可降低OTULIN 对 Met1-Ub 的亲和力,从而降低 OTULIN 的去泛素化酶活性[5]。

1.2 LUBAC 与 Met1-Ub LUBAC 最初由 日 本学者KIRISAKO 等[6]提 出 ,认 为 LUBAC 由 HOIL-1L(heme-oxidized IRP2 ligase,RIPK2)或 RBCK1(Ran BP-type and C3HC4-type zinc finger containing 1,RBCK1)、HOIP(HOIL-1L interacting protein)构成,HOIL-1L 和 HOIP 均为含 RING 类结构域的 E3 连接酶,HOIL-1L 与 HOIP 结合可特异性募集 Met1-Ub。TOKUNAGA 等[7]发现了 LUBAC 另一重要组分——Sharpin(SHANK-associated RH domain interacting protein),Sharpin 的 UBL 结构域可与 HOIP 的 NZF(NPL4 Zinc figer1)结构域相互作用,含 Sharpin 的LUBAC 可对 NF-κB 通路中的重要组分 NEMO 进行线性泛素链组装,从而激活NF-κB信号通路[8-10]。此外,Sharpin 基因无意义突变可导致小鼠慢性增生性皮炎,症状类似于X 连锁高IgM 综合征和低水肿外胚层发育不良的表现[11-12]。HOIP 对维持 LUBAC 活性至关重要,研究表明,仅有Met1-Ub富集不足以进一步激活 NF-κB 信号通路[5]。LUBAC 中仅 HOIP 可募集Met1-Ub,也是激活NF-κB 信号通路的先决条件。因此,LUBAC 被重新定义为包含Sharpin、HOIL-1L和HOIP的复合体[9]。

1.3 OTULIN 活性调节对 LUBAC 募集 Met1-Ub 的影响 OTULIN 通过保守的PIM 结构域与HOIP 的PUB 结构域特异性结合,该结合依赖于OTULIN 的Tyr56和 HOIP的 Asn102[13]。共表达 OTULIN 可抑制HOIP 泛素 化,表明 OTULIN 也 可 抑制 LUBAC 中HOIP 自身泛素化过程,对 OTULIN 拮抗 LUBAC 诱导的 NF-κB 激活至关重要[5,14]。OTULIN PIM 结构域中Tyr56 磷酸化可抑制OTULIN 与HOIP 结合,在一定程度上调节OTULIN 的去泛素化酶作用[14]。此外,生理条件下,非磷酸化OTULIN参与调节LUBAC募集Met1-Ub 过程,而磷酸化OTULIN 可通过抑制HOIP与OTULIN结合影响线性泛素链组装[5,14-16]。

ZHOU 等[17]在 1 个巴基斯坦和 2 个土耳其家谱中发现,含 OTULIN 错义突变(p. Leu272Pro 和 p.Tyr244Cys)和移码突变(Gly174Aspfs*2)的4 个患儿出现不同程度发热、中性粒细胞性皮炎/脂膜炎、生长发育受限、关节痛、进行性脂肪代谢障碍等症状,对TNF 抑制剂(英夫利昔单抗)和类固醇具有不同反应。值得注意的是,OTULIN 的3种基因突变并不影响 OTULIN 与 LUBAC 结合,OTULIN N 末端结构域对 OTULIN 与 LUBAC 的结合是必需的[17]。仅转染p.Leu272Pro和p.Gly174Aspfs*2过表达的质粒无法有效抑制HEK293 细胞内NF-κB 信号通路活性,表明p. Leu272Pro 和p. Gly174Aspfs*2 突变可影响OTULIN 的去泛素化活性,而p. Tyr244Cys 突变对OTULIN 酶活性无影响。患者成纤维细胞和外周血单核细胞内NF-κB 和MAPK 信号通路被明显激活,OTULIN 靶蛋白 NEMO、TNFR1、RIPK1 和 ASC 蛋白Met1-Ub 含量明显增多。DAMGAARD 等[18]发现,B细胞或者T 细胞OTULIN 基因敲除小鼠HOIP 和Sharpin 含量明显降低,HOIL-1 表达无明显变化,而骨髓细胞OTULIN 基因敲除小鼠HOIL-1 和HOIP 无明显改变,Sharpin 轻微降低,表明 OTULIN 对 LU⁃BAC 各组分表达影响不同,可能与调控的细胞类型有关,具体机制有待进一步研究。

1.4 OTULIN 与 NF-κB 信号通路 研究发现,OTU⁃LIN 可阻断 LUBAC 形成 Met1-Ub 从而抑制 NF-κB 信号通路激活[5,15,19-20]。OTULIN 缺失可导致包括 LU⁃BAC 在内的多种Met1-Ub 泛素化蛋白累积,但对TNF 诱导的HOIP 至TNFR1 这一过程无影响。但OTULIN 异位表达导致 TNF 诱导的 NF-κB 和相关促炎信号转导通路激活延迟[5,15]。TNFR1 信号传导通路中,OTULIN 分解 Met1-Ub 可抑制 NEMO 与 RIPK1结合[5]。OTULIN C129A 突变可导致 OUTLIN 催化活性丧失,但仍可导致体内NF-κB 活化程度降低,推测可能与突变的OTULIN 仍可结合泛素从而发挥负调节效应有关[5]。ZHAO 等[13]蛋白质组学分析发现,OTULIN 除与LUBAC 相互作用外,还参与TRIM32蛋白(tripartite motif-containing protein 32)介导的 NF-κB 信号通路,TRIM32 可通过 OTULIN 非去泛素化作用抑制OTULIN 与LUBAC 结合,TRIM32将K63-泛素链结合至OTULIN,阻断OTULIN 与HOIP 的相互作用,从而激活NF-κB 通路。因此,OTULIN 可多途径调控 NF-κB 信号通路,具体调控机制有待进一步研究。

1.5 OTULIN 与NOD2受体信号通路 细胞内PRR核苷酸寡聚化结构域蛋白2(nucleotide oligomeriza⁃tion domain containing protein 2,NOD2)可识别细菌肽聚糖的胞壁酰二肽(muramyl dipeptide,MDP)成分,各种病理刺激下,NOD2 与RIPK2 结合,募集细胞凋亡抑制剂(IAP)家族的Ub 连接酶[21]。研究发现,OTULIN 参与调节NOD2 受体信号通路。NOD2刺激可促进LUBAC 募集Met1-Ub 对RIPK2 进行线性泛素链组装[22]。OTULIN 沉默可致 RIPK2 蛋白的Met1-Ub 含量 增 高 ,与 NEMO 和 RIPK2 结合增多、NF-κB 信号通路激活增强有关,反之,OTULIN 过表达可抑制RIPK2蛋白Met1泛素化[15]。OTULIN 可限制RIPK2 蛋白Met1-Ub 组装速度并持续分解LU⁃BAC募集的Met1-Ub,少量配体刺激NOD2时该现象尤为显著,此外,NOD2和TNFR1刺激可导致受体组分Met1-Ub 混杂,该作用可被内源性OTULIN 抵消,LUBAC和OTULIN持平的活性作用可以解释为什么Met1-Ub在细胞中处于极低水平以及过表达LUBAC并不会明显促进Met1-Ub 在细胞内的富集,尽管有研究发现离体条件下LUBAC 可明显促进Ub 链组装[6,23]。DRABER 等[24]研究认为,OTULIN 未被招募至TNFR1 信号复合物,其主要通过调节细胞胞质LUBAC 复合体组分的Met1 泛素化水平,而不是调节RIPK1 和NEMO 等信号复合物自身的Met1 泛素化。但 WAGNER 等[25]发现,当 TNF 刺激后,TNFR1复合物存在低水平内源性OTULIN 表达,OTULIN 参与调节 NOD2 受体复合物中 RIPK2 的泛素化[3,15]。因此,OTULIN对受体信号复合物如TNFR1和NOD2的作用尚不明确。

2 OTULIN生物学特性

2.1 OTULIN 与细胞死亡 研究表明,OTULIN 过表达可抑制poly(I:C)诱导的NF-κB 信号通路激活。过表达OTULIN,经10 ng/ml TNF-α诱导的NF-κB靶基因转录水平降低。无OTULIN 过表达的细胞在TNF-α 刺激后15 min,细胞内IκBα 迅速发生磷酸化及降解,但过表达OTULIN 的细胞内 NF-κB 信号通路激活明显延迟[5]。OTULIN 过表达导致 TNF-α 诱导的细胞死亡敏感性降低,与Sharpin 缺失的cpdm小 鼠 及 HOIL-1 突 变 的 人 类 中 结 果 一 致[7-9,26-27]。KEUSEKOTTEN 等[5]发现,OTULIN 过表达可诱导细胞晚期JNK信号通路激活和c-Jun磷酸化,从而导致诱导细胞死亡的2 大分子PARP 和caspase-3 被剪切,HEK 293ET 和 U2OS 细胞中,敲除 OTULIN 基因可进一步增强poly(I:C)和TNF-α 诱导的细胞因子产生和 NF-κB 信号通路激活。TNF-α 刺激后早期IκBα 被轻度磷酸化和降解,晚期 JNK 和 c-Jun 持续磷酸化,促进细胞死亡。此外,RUNE BUSK DAMGAARD 等[20]发现,OTULIN 缺乏导致成纤维细胞和单核细胞对TNF 诱导的细胞死亡更加敏感。KEUSEKOTTEN 等[5]认为 OTULIN 过表达和敲除均可导致细胞死亡,具体机制有待进一步探索。

2.2 OTULIN 与ORAS ORAS也被称为otulipenia,主要由DUB 的OTU 结构域的纯合错义(p.L272P 和p. Y244C)和 移码 突变(p. G174Dfs*2)产生[18]。DAMGAARD 等[18]最初发现 3 个具有血缘关系的早产儿均表现出特发性炎症表型,婴儿在出生后即出现反复腹泻、血清高C反应蛋白、高白细胞和中性粒细胞等全身炎症反应,最后均进展为复发性结节性脂膜炎,并伴有不同程度中性粒细胞浸润、复发性发热、生长发育不良、关节疼痛肿胀及血清免疫球蛋白和自身抗体水平升高等。p. Y244C 和p.G174Dfs*2 突变患者体内 NF-κB、JAK/STAT 和 TNF信号通路被激活,激活程度与采样时患者症状严重程度呈正相关,此外,不同患者细胞内OTULIN 蛋白差异表达,OTULIN 含量与体内 NF-κB 信号激活程度呈负相关,此外,OTULIN 基因突变患者细胞内Met1-Ub 水平明显上升。英夫利昔单抗(Infliximab)可明显改善患者症状,降低外周血C 反应蛋白、白细胞和中性粒细胞含量至正常水平[18]。

2019年,DAMGAARD等[20]发现1例出生即出现严重全身炎症反应的阿拉伯女婴,全外显子组测序提示该患儿OTULIN 发生纯合子单碱基替换,即c. 841g>a,p. Gly 281 Arg。与 Leu272 和 Tyr244 相似,Gly281位于OUT 结构域,是位于螺旋α11和α12环上的保守位点。Gly28 与His282、Thr283 共同构成泛素结合位点,穿过活化位点直接与M1-Ub 远端结合。晶体结构分析发现,含Gly281Arg ORAS 突变的 OTULIN 催化结构域(OTULINcatG281R)采用类似OTULINcatWT的OTU 折叠方式,但引入的Arg 侧链无法装配于螺旋α3 和α9 间的狭窄口袋中,从而将GLy281 环从正常结合槽中翻转出来。对突变的OTULIN蛋白进行跨环高晶体学B因子分布分析,结果提示,与OUT 结构域内的其他区域相比,突变后的环柔韧性增强,从而影响M1-Ub 结合位点阻止底物结合,降低OTULIN 水解M1-Ub 活性。同OTU⁃LINC129A位 点 85 nmol/L 的 解 离 常 数 相 比 ,OTU⁃LINC129A/G281R与 M1-Ub 解 离 常 数 为 9.3 μmol/L。OTULING281R对M1-Ub 的水解活性低于OTULINcatWT的1/20~1/200。OTULING281R患者成纤维细胞中蓄积大量M1-Ub,且TNF-RSC 信号通路明显受损,此外,OTULIN 缺乏的人单核细胞内 NF-κB 信号通路被激活,TNF 分泌增多。DAMGAARD 等[20]发现,造血干细胞移植术可完全缓解患儿ORAS 相关症状,为该突变类型的ORAS 患者提供有效治疗方案。此外,NABAVI等[28]2019年也报道了一种新的OTULIN致病性变异体,即由OTULIN纯合子c.864+2 T>C突变(NM_138348)所致的全身炎症反应并导致患者死亡,晶体结构分析提示,突变的OTULIN 蛋白结构不稳定,且去泛素化酶活性明显降低。

OTULIN 在T 细胞、B 细胞和自然杀伤细胞中均有表达,在树突状细胞和巨噬细胞中含量尤为丰富。OTULIN 敲除小鼠表现出早发的严重全身炎症反应,体重明显下降,血清促炎细胞因子尤其是TNF、G-CSF 和IL-6 含量显著增多,中性粒细胞增多,组织内大量中性粒细胞浸润。OTULIN 发挥抗炎效应具有细胞特异性,T 细胞或B 细胞OTULIN 敲除小鼠无明显炎症表型,而骨髓细胞OTULIN 导致小鼠(LysMCre-OTULINLacZ/flox)出现严重的急性全身炎症反应,体内淋巴器官和肝脏明显肿大,外周血白细胞明显增多,以中性粒细胞、淋巴细胞和单核细胞增多为主[18]。虽然 DAMGAARD 等[18]发现 B 细胞和T 细胞OTULIN 沉默对小鼠体内Met1-Ub 募集无明显影响,但另有研究报道T 细胞和B 细胞参与Met1-Ub 募集过程[29-32]。因此,OTULIN 调节 B 细胞和T细胞内Met1-Ub的可能作用尚未明确。

2.3 OTULIN 与血管再生 OTULIN 基因突变与胚胎中时期血管形成缺陷密切相关。DAMGAARD等[19]发现,OTULIN 基因 336 位 Asp 突变为 Glu,可导致突变小鼠在胚胎期第12.5~14 d 死亡,突变小鼠头及躯干血管分支网络形成障碍、血管排列紊乱,在胚胎头部的中间区域,多个大直径脑血管分支形成分层血管网络,大的颅内血管扩张,血管分支减少,内皮细胞在分叉处聚集,OTULIN 可与Dishev⁃eled-2 蛋白(DVL2)结合,参与调节经典的Wnt 信号通路,对胚胎时期血管形成发挥重要作用。此外,研究发现,染色体5p15.2 位点基因丢失导致的人OTULIN 合成障碍可导致精神发育迟滞、神经及颅面发育畸形[33-35]。

2.4 OTULIN 与缺血性脑血管疾病 目前OTULIN在中枢神经系统(CNS)中的研究较少,仅在脑血管疾病中有报道。XU 等[36]研究发现,局灶脑缺血/再灌注损伤可诱导大脑内源性OTULIN 表达增多,且上调的OTULIN 富集于活化的小胶质细胞。过表达OTULIN 具有神经保护、减轻小胶质细胞介导的神经炎症反应的作用,该效应与脑内NF-κB 信号通路被抑制有关。鉴于OTULIN 参与外周免疫细胞及CNS 免疫细胞介导的炎症反应,对NF-κB 信号通路发挥重要的负性调节作用,推测OTULIN 可能对CNS 其他相关疾病发挥作用,是极具研究意义的靶点。

3 展望

OTULIN 作为一种新型的可特异性水解Met-Ub的去泛素化酶,参与包括细胞死亡、炎症反应和血管生成等多个重要的生理过程。但目前关于其去泛素化的具体机制研究较少,仍然存在许多需进一步探索的问题,比如OTULIN 对LUBAC 各组分表达影响的机制,磷酸化OTULIN是如何影响OTULIN的去泛素化效应?大量细胞研究证实OTULIN 可通过抑制NF-κB 信号激活从而有效减轻炎症反应,那是否OTULIN 参与调控减轻诸多由NF-κB 信号激活介导的疾病炎症损伤呢?因其强大的负性调控NF-κB信号通路,减轻炎症性损伤的效应,OTULIN 是一种有价值的、值得深入研究的去泛素化酶,有待成为一种新的治疗靶点。

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