结构域
- 蛋白质结构域边界网络流预测方法
引 言蛋白质结构域是蛋白质结构、折叠、功能、进化和设计的基本单元.80%以上的真核蛋白和67%以上的原核蛋白含有多个结构域,同时许多生物学功能也依赖于不同结构域之间的相互作用[1].因此,推断蛋白质结构域边界是推断蛋白质折叠机理、理解生物功能和注释进化机制的重要步骤[2].此外,随着AlphaFold2在蛋白质结构预测中的革命性成功[3],在生物信息领域内一致认为单域蛋白质的结构预测几乎得到解决[4].在蛋白质结构预测关键评估比赛CASP14中,Alph
小型微型计算机系统 2023年9期2023-09-06
- 水稻IBR基因家族生物信息学分析
类型:含锌结合结构域蛋白(Really Interesting New Gene,RING) 型 (包括含U-box 结构域蛋白)、E6-AP的羧基端同源蛋白 (Homologous to E6-associated protein C Terminus,HECT) 型和RBR(RING Between RING fingers)型[4-6]。RBR型E3连接酶包含3个结构域:与装载了泛素的E2结合的RING1结构域,通过半胱氨酸残基催化硫代酯化反应并从R
种子 2023年6期2023-08-31
- Bacillomycin D合成酶系NRPS硫酯酶结构域位移对脂肽合成的影响
1个硫酯酶TE结构域,属于α/β水解酶家族,能断裂多肽载体蛋白(PCP)和酰基分子之间的共价硫脂键[6],负责环脂肽中间体的环化和水解。TE结构域具有典型的Ser-His-Asp催化三联体,Asp对His残基有稳定作用,通过His接受Ser羟基的质子H,Ser作为亲核试剂。活性位点区域上方有1个lid 区域,作用是控制底物与活性位点的结合,以防止不需要的底物结合[6],此外lid结构域还可以根据底物寡聚程度而采用多种构象,并最终控制环化[7]。TE结构域具
南京农业大学学报 2023年1期2023-02-02
- 海洋链霉菌差向异构结构域基因的克隆与分析
执行不同功能的结构域组成的模块按特定顺序排列而成[7-10]（图 1），NRPS 体系除了腺苷化（Adenylation，A）结构域、肽基载体蛋白（Peptidyl Carrier Protein Domain，PCP）、缩合（Condensation，C）结构域等三个必需的核心结构域外，还有差向异构（Epimerization，E）结构域、硫酯酶（Thioesterase，TE）等修饰性结构域[11]，共同完成非核糖多肽（Non-Ribosomal Pe
现代食品科技 2022年11期2022-12-14
- 植物NLR免疫受体蛋白的结构生物学研究进展
植物NLR不同结构域的结构生物学研究1.1 N端结构域2011年,Bernoux等[20]解析第1个植物NLR蛋白L6的TIR结构域晶体结构。表1列举了目前为止已报道三维结构的所有TIR结构域,包括拟南芥RPS4 TIR、RRSI TIR、SNC1 TIR、RPP1 TIR,圆叶葡萄RPV1 TIR、RUN1 TIR以及本氏烟草ROQ1 TIR[21-27]。除了RPP1和ROQ1的TIR是在免疫受体完整蛋白激活状态下的构象外,其余免疫受体的TIR均是单独
南京农业大学学报 2022年5期2022-10-05
- 促红细胞生成素产生肝细胞受体A2(EphA2)SAM结构域对激酶结构域的脂质体结合能力与激酶活性的调控研究
)、酪氨酸激酶结构域(tyrosine kinase domain)、SAM(sterile-alpha motif)结构域以及PBM(PDZ domain binding motif)组成(Fig.1A)[3, 4]。Eph受体的表达异常和突变与众多疾病，包括白内障、癌症(例如前列腺癌、乳腺癌)等密切关联。在EphA2受体中，包括T940I在内的14个错义突变可诱导白内障的产生[5, 6]。免疫组化研究发现，EphA2受体与乳腺癌关系密切，74.80%的
中国生物化学与分子生物学报 2022年7期2022-09-07
- 水产品腐败希瓦氏菌双组分信号转导系统的全基因组鉴定与分析
RR 蛋白保守结构域分析腐败希瓦氏菌WS13 基因组中可能存在的TCSs。本研究中的HK和RR 结构域来自Pfam 蛋白数据库（http：//pfam.xfam.org/），分别为 HATPase_c（Pfam00512、Pfam01627、Pfam02518、Pfam02895、Pfam06580、Pfam07536、Pfam07568、Pfam07730）和Response_reg（Pfam00072）。使用欧洲生物信息学研究所（European Mo
中国食品学报 2022年6期2022-07-19
- 细菌四类胞外感觉结构域的概述
不同将细胞感觉结构域分为胞外感觉结构域、膜嵌入感觉结构域和胞质内感觉结构域。组氨酸激酶传感器通过改变它们的磷酸化状态直接响应物理或化学信号，受体蛋白上保守的天冬氨酸接受来自激酶的磷酰基发生磷酸化，磷酸化的受体蛋白通过其C末端的效应结构域直接结合DNA引起细胞反应［4-8］。对大量细菌进行基因组测序后发现，部分细菌的双组分信号转导系统达200多个［9-11］。化学感觉系统介导趋化性和基于第四型菌毛的运动性，其核心主要包括化学受体（也称甲基趋化蛋白）、CHeA
湖北农业科学 2022年11期2022-07-18
- 拟南芥START 结构域亚家族生物信息学分析及功能
）START 结构域是一个长度约为220 个氨基酸且可以结合并转移脂质的结构域。X 射线晶体学揭示了START 域的α/β 螺旋和反平行β 折叠结构，内含一个疏水腔，腔内可容纳单一配体分子，如固醇、磷脂、胆汁酸和神经酰胺［1］。据报道，一些含START 结构域的蛋白质还可与类胡萝卜素和叶黄素结合［2］。已有研究表明START 结构域在动物中具有重要的生物学功能［3-14］，但植物中START 结构域的功能及作用机制尚不明确。拟南芥中，START结构域家族可
河北农业大学学报 2022年2期2022-04-26
- 水产品荧光假单胞菌双组分信号转导系统的序列分析和功能预测
RR蛋白的保守结构域筛选荧光假单胞菌PF08中可能存在的HK和RR。HK的保守结构域HATPase_c（Pfam02518）和RR的保守结构域Response_reg（Pfam00072）下载自Pfam数据库（http://pfam.xfam.org/），并用HMMER软件（下载自http://hmmer.org/download.html）构建该保守结构域的隐马尔科夫模型（hmmbuild），然后在荧光假单胞菌PF08全基因组序列中用上述的隐马尔科夫模型
食品科学 2021年22期2021-12-03
- 甘薯基因组BBX转录因子基因鉴定与逆境胁迫表达分析
是含有手指状的结构域，且能与锌离子结合。植物锌指蛋白通常含有1～4 个锌指结构[3]。BBX（B-Box）是锌指结构蛋白家族的一个亚家族[4]，含有1～2个B-box保守结构域，根据氨基酸序列的特征分为B-box 1（B1）和 B-box 2（B2）。除了 B-box 结构域，一些 BBX 蛋白还拥有 CCT（CO，CO-like，TOC1）结构域。CCT结构域最早被发现于CO（CONSTANS）蛋白的C端，具有核定位功能[5]。随后在CONSTANS类基
四川农业大学学报 2021年2期2021-05-13
- 酸性核质DNA结合蛋白1的研究进展
迁移率组蛋白框结构域(high mobility group-box motif,HMG-box motif)家族的双重特性[1]，其结构复杂，功能多样。BLAST数据库显示，果蝇、秀丽隐杆线虫、拟南芥、神经孢子囊、非洲爪蟾中均检测到了与人类And-1高度相似的蛋白质， 表明该蛋白家族高度保守。And-1家族基因包括来自裂殖酵母的mcl1、酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)的Ctf4、曲霉(Aspergillusnidulans)的
基础医学与临床 2021年5期2021-05-12
- 植物PHD结构域蛋白的结构与功能特性
述植物PHD结构域蛋白的结构与功能特性王天一，王应祥，尤辰江复旦大学生命科学学院，植物科学研究所，上海 200433植物同源结构域(plant homeodomain, PHD)是锌指结构域家族的一类转录调控因子，其最主要的功能是可以识别各种组蛋白修饰密码，包括组蛋白甲基化和乙酰化等；此外PHD结构域还可以与DNA结合。含有PHD结构域的蛋白，或者本身具有组蛋白修饰酶活性，或者可以与各类组蛋白修饰酶相互作用，还有部分与DNA甲基化相关，具有E3泛素连接酶
遗传 2021年4期2021-04-22
- Epsilon-变形菌趋化信号通路中偶联蛋白CheV 与趋化受体蛋白的CZB 结构域的功能研究
是一种保守的双结构域融合蛋白, N 端是CheW 结构域, C 端是REC 结构域。图 1 大肠杆菌(Escherichia coli, a)和空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni, b)的趋化系统示意图 图中字母表示不同的趋化蛋白; FliM 表示鞭毛马达蛋白; Pi 表示磷酸基团 Fig. 1 Schematic diagram of chemotaxis system. The letters represent different
热带海洋学报 2021年2期2021-03-25
- 癌基因DEPDC1B及其编码蛋白功能结构域DEP的研究进展
基体内，DEP结构域是其重要功能区。现对DEP结构域及功能做一综述。1 DEP结构域DEP结构域是在Deshevelld、EGL-10和Pleckstrin 3种蛋白中被发现，因而以这三种蛋白质的首字母命名。它有约100个氨基酸残基形成a螺旋与b发卡二级结构而组成DEP结构域。在许多哺乳动物细胞中都有DEP结构蛋白的表达，其中鼠科表达65种，人类表达54种[5，6]。通过多序列比对和构建系统进化树，Civera等[7]将含DEP结构域的蛋白质分为6个亚族，
实用医院临床杂志 2020年1期2020-12-25
- UBR5突变与淋巴瘤B细胞成熟
蛋白的HECT结构域；该结构域可接受泛素分子并将其转移到底物上。明确UBR5是否调控了B细胞的成熟对于全面了解MCL的恶性转化具有重要意义。为了阐明UBR5在B细胞成熟和活化中的作用，研究人员建立了一种条件性破坏UBR5的C末端HECT结构域的小鼠模型。结果发现，UBR5 HECT结构域缺失导致导致脾脏B细胞成熟受阻，并通过剪接体上调了与mRNA剪接相关的蛋白。(摘自：Blood)
实用肿瘤学杂志 2020年4期2020-12-08
- 革兰氏阳性菌蛋白结构域特征分析
有考虑蛋白质的结构域(Domain)特征，结构域通常是由50～400个氨基酸残基构成的球状实体，它在蛋白质中可以独立稳定的存在，并且和完成蛋白质功能有着密切的关系[6]。本文基于Swiss-Prot数据库构建了4类共700条革兰氏阳性细菌蛋白质的数据集，对其结构域进行搜索和功能分析，找到了细胞壁区域蛋白质的结构域、细胞外区域蛋白质的结构域、细胞质区域蛋白质的结构域以及细胞膜区域蛋白质的结构域。在PDBsum数据库中进一步搜索找到了部分结构域所对应的二级和三
生物信息学 2020年1期2020-05-16
- 斑马鱼Pax3a结构域过表达对瓦登伯革氏症候群疾病影响
含有DNA结合结构域，能与DNA染色质结合[8-9].在哺乳类动物实验中，通过Wnt(wingless-integrated)、TGFβ(transforming growth factor beta)、TLR2(toll like receptor 2)和MAPK(mitogen-activated protein kinase)等信号通路[10-12]可以调节间质-上皮细胞和间质-肌肉细胞表型的互转.尽管国外有较多文献报道人类瓦氏症与PAX3基因突变关
暨南大学学报（自然科学与医学版） 2019年5期2019-10-25
- 蛋白质结构域划分方法及在线服务综述
发[1-2].结构域是蛋白质的一个结构层次, 可以看作是蛋白质结构、折叠、功能、进化和设计的基本单位.根据PDB数据库统计[3-4]，已知结构蛋白质中约40%为多结构域蛋白[5].结构域的不同组合使多结构域蛋白质具有不同的三级结构和功能.准确识别蛋白质结构域对结构基因组学选择目标序列、结构解析至关重要，也是预测和理解蛋白质功能关键的一步.自1973年以来，若干研究者就蛋白质结构域划分问题进行研究，可归纳为从实验测定三维结构着手的结构域划分方法和不依赖三维结
广州大学学报（自然科学版） 2019年1期2019-05-07
- 野野村放线菌ATCC 39727的双组份信号转导系统的生物信息学分析
S的分类、保守结构域、进化关系以及功能进行分析，旨在深入解析ATCC39727的生长和代谢相关基因的表达和调控，为进一步解析A40926合成代谢和调控，构建高产工程菌株提供理论支撑。1 材料与方法1.1 ATCC39727基因组中双组份信号系统预测和结构功能分析根据双组份信号系统HK和RR蛋白保守结构域分析ATCC39727基因组中可能存在的双组份系统。本文中ATCC39727基因组序列信息来自NCBI数据库。ATCC39727双组份信号系统的鉴定方法：(
中国抗生素杂志 2019年4期2019-05-05
- 非核糖体肽合成酶基因腺苷酰化结构域序列克隆及分析
少含有腺苷酰化结构域(A)、肽酰基载体蛋白结构域(PCP)和缩合结构域(C) 等3个核心结构域。而A结构域负责合适的底物选择并活化[5]， A结构域10个氨基酸残基呈口袋形状，为底物结合处，同时担任底物的特异性识别，是非核糖体多肽合成开始的起始处。NRPS基因常存在于合成次级代谢产物的基因簇中，通过克隆NRPS基因，利用探针或已有生物学软件能够对NRPS基因簇结构域进行分析、结构和功能预测，有助于寻找新型抗生素或生物活性物质[6-9]，为相关新药的研发提供
微生物学杂志 2019年1期2019-03-26
- 亚溶解型C5b- 9刺激GMC诱导KLF4与PCAF结合及结合部位的鉴定
S- PCAF结构域质粒，即(1)KLF4- S1(1～155 aa)、KLF4- S2(156～383 aa)、KLF4- S3(384～399 aa)和KLF4- S4(400～482 aa)；(2)PCAF- S1(1～386 aa)、PCAF- S2(387～443 aa)、PCAF- S3(444～567 aa)和PCAF- S4(568～674 aa)。将上述质粒用NeonTM细胞电转染系统转入GMC中[3- 5]。1.2.4 IP和IB实验
东南大学学报（医学版） 2018年6期2019-01-25
- 大肠杆菌ABC转运体研究进展
有一部分是根据结构域预测的。这些ABC外排泵对于大肠杆菌适应不良环境起非常重要作用。大肠杆菌外排系统研究较为清楚的包括LolCED负责脂蛋白在内外膜间的翻转[5]；MsbA在相关功能研究之前预测为与细菌抗药性有关的外排系统，但是经功能研究之后发现该系统不但与多药抗性有关，还负责将细胞质合成的类脂A(lipid A)转运到膜周间隙中[6]；脂多糖的外排系统LptAB[7]；溶血素外排系统HlyAB[8]；大肠杆菌素外排系统CvaAB[9]；亚铁血红素外排系统
中国人兽共患病学报 2018年10期2018-12-08
- 杨树TLP基因家族的生物信息学分析
蛋白家族的保守结构域，其中42个成员能形成与抑菌有关的酸性侧翼区域，且大多数成员具有FF motif结构和5个保守的REDDD氨基酸残基，但少数氨基酸残基发生改变。50个杨树TLP基因家族成员可分为4个进化组，各进化组成员的蛋白理化特性和亚细胞定位不完全一致，且功能域结构和motif结构也具有多样性，各进化组成员间差异与进化程度总体上呈正相关。根据motif结构和功能域结构可将所有成员分别分为7组和4组，但分组结果与系统发育进化结果并不完全一致。【结论】杨
南方农业学报 2018年7期2018-09-10
- 耐碱性蛋白A色谱配基的构建及性能评价
A（SpA）的结构域Z分子稳定性的方法，构建了突变结构域Zʹ和Zʺ。圆二色光谱分析结果表明，突变结构域具有与结构域Z一致的特征峰，但突变结构域Zʹ中α-螺旋含量明显高于突变结构域Zʺ。在pH 6.0下，突变结构域Zʹ的热转变温度（m）较结构域Z提高了3.9℃，而突变结构域Zʺ的T值仅提高了1.6℃。这表明，突变结构域Zʹ中第12位引入疏水性更大的Ile残基提高了结构域分子的稳定性。色谱介质耐碱性实验结果表明，突变结构域Zʹ具有更好的耐碱性，其耐碱性在突变结
化工学报 2017年9期2017-09-16
- 橡胶树花青素合成调控因子HbAn的克隆及其功能分析
3-MYB保守结构域（R2、R3）为探针调取橡胶树R2R3-MYB，并与拟南芥等其他物种花青素合成相关的R2R3-MYB进行进化分析，结果显示橡胶树scaffold0374_923317和Scaffold0598_393375与其他物种已功能验证的花青素合成调控R2R3-MYB聚到同一亚类。随后从古铜期叶片中克隆到scaffold0374_923317基因，并将其命名为HbAn1。序列分析表明，HbAn1蛋白具有R2R3-MYB蛋白的典型结构：R2R3结构
热带作物学报 2017年12期2017-06-10
- 结核分枝杆菌蛋白Rv0089的生物信息学分析
rch预测功能结构域。结果 Rv0089为碱性蛋白，α-螺旋和无规卷曲是其主要二级结构元件，含有甲基转移酶结构域。结论 通过生物信息学分析获得了该蛋白的信息特征，为进一步研究其生物学功能奠定了基础。关键词：Rv0089 生物信息学 结构域中图分类号：Q394.3 文献标识码：A 文章编号：1003-9082（2017）02-0265-01结核病是当前严重危害人类健康的主要传染病之一，病原体为结核分枝杆菌，有证据表明世界上有将近1/3的人口感染了结核分枝杆菌
中文信息 2017年2期2017-04-13
- 黄星天牛中肠中内切葡聚糖酶的鉴定与酶活性测定
多种Cx，通过结构域分析，确定为GHF5家族蛋白，有共同的保守区（IIYETFNEPT），Cx最适反应温度为50 ℃，最适pH值为6.0，且具有较广的pH值稳定范围，低浓度的Mg2+与Co2+对该酶有激活作用，高浓度的Mg2+与Cu2+对该酶有抑制作用。这一结果可为黄星天牛降解纤维素机制的研究提供理论基础，为进一步研究天牛中肠组织的生理功能提供基础信息。关键词：黄星天牛；中肠；内切葡聚糖酶；鉴定；结构域；保守区；降解纤维素中图分类号： Q556+.2；S4
江苏农业科学 2016年11期2017-03-21
- Pax6 PAI亚结构域在黑色素细胞中对MITF、TYR、TYRP1和TYRP2的影响
x6 PAI亚结构域在黑色素细胞中对MITF、TYR、TYRP1和TYRP2的影响聂瑞强1，杨玉静1，谢建山1,2，范瑞文1，许冬梅1，于秀菊1，段志成1，董常生1（1山西农业大学动物科技学院，山西太谷030801；2山西医科大学基础医学院，太原030001）【目的】高度保守的PAX转录因子家族在黑色素细胞的分化和黑色素的生成中起重要的作用，其家族共有的PD 结构域是其与下游基因结合的主要位点，而PD结构域氨基端的PAI亚结构域在其与下游基因的结合过程中发
中国农业科学 2016年17期2016-12-01
- 腺苷酸激酶催化循环后期Mg2+转移的分子动力学模拟
是一个包含三个结构域(LID结构域、NMP结构域和CORE结构域)的蛋白质分子，其主要作用是催化化学反应Mg2++ATP+AMP⇌2ADP+Mg2+，进而将细胞内ATP分子的浓度维持在合适的范围内。在腺苷酸激酶催化上述化学反应的过程中，需要有Mg2+的参与。最近的实验发现Mg2+不仅参与上述反应的化学步骤，而且对化学反应发生后底物的释放过程至关重要。已有晶体结构数据显示，在催化循环过程的化学反应步骤完成后，一个Mg2+可同时和分别位于LID结构域及NMP结
物理化学学报 2016年2期2016-11-08
- 软体动物牡蛎肌联蛋白一级结构的预测
定其一级结构及结构域。利用生物信息学方法，从牡蛎基因组数据中预测肌联蛋白基因的exon-intron结构，并进一步预测编码肌联蛋白的mRNA组成，从而确定该蛋白的一级结构，并检测其结构域；与同源蛋白进行序列比对，制作系统进化树以了解其在系统进化中的位置。结果表明，该蛋白基因在基因组中横跨200 kb的序列区域，预测编码肌联蛋白的mRNA大约由74 kb组成，推测相对分子质量约为2 700 ku；该蛋白由Ig、Fn、kinase结构域，PEVK结构域和uni
畜牧与饲料科学 2016年12期2016-10-24
- 蛋白质功能预测方法研究进展
测；基因本体；结构域；生物网络中国分类号：TP391 文献标识码：A 文章编号：2095-2163（2016）01-Abstract： protein function prediction is a hot spot of biological research in post-genomics. Compared to the traditional experimental methods， computational methods for pre
智能计算机与应用 2016年4期2016-09-26
- 雷竹和拟南芥SOC1多聚体差异性分析
4个独特功能的结构域，发挥功能的过程中，其中K结构域能够调控同源或是异源蛋白多聚体的形成，I结构域能够稳定转录因子结合DNA的作用。在单子叶植物雷竹Phyllostachys violascens和拟南芥Arabidopsis thaliana中，开花时间模式上存在明显差异，前者开花时间不确定，后者是确定的。尽管不能直接推断这种现象与SOC1形成植物不同复合物相关联，但雷竹和拟南芥SOC1是否具有形成相同模式的复合物对于竹类植物开花时间的研究具有重要意义。
浙江农林大学学报 2016年2期2016-04-27
- 基于功能域和结构域双重视角的国际企业联盟网络演进机制
基于功能域和结构域双重视角的国际企业联盟网络演进机制王睿智1许晖2张海军2(1.山西财经大学管理科学与工程学院； 2.南开大学商学院)摘要：以6家中国国际化企业为典型案例，从适应性选择的理论视角出发，归纳了两种不同的联盟网络演进路径，并探讨了不同演进路径的实现机制。研究发现，实现探索活动与开发活动的域间(功能域和结构域之间)均衡是促进网络演进的有效途径，知识获取和升级压力是创业型联盟网络演进的重要实现机制，而网络地位提升和知识分享是主导型联盟网络演进的重
管理学报 2016年1期2016-03-23
- Omi/HtrA2与细胞凋亡相关性的研究
了蛋白酶序列和结构域两种具备重要作用的构型。主要的结构域是参与水解蛋白的羧基端的PDZ结构域，该结构域是由365～455位的氨基酸残基构成的。PDZ结构域选择性地与受体蛋白的残基结合导致HtrA2构型的改变，使其丝氨酸蛋白酶活性被激活，达到降解受体蛋白的目的。Clausen T等[7]证实PDZ结构域是底物进入HtrA2核心活性部位的唯一通路。Runyon ST等[8]、Zhang Y等[9]均发现Omi/HtrA2内部的折叠方式不同，正是这种折叠方式决定
河北医学 2016年11期2016-03-10
- LIM矿化蛋白-1发挥成骨效应的机制探讨
期阶段；其不同结构域各有其独特的作用，它们可通过招募多种成骨因子、促进细胞增殖、上调成骨相关基因表达、减少炎性骨丢失等多种途径发挥其促成骨效应。LMP-1可通过其不同结构域的协同作用发挥强大的促成骨效应。本文对LMP-1发挥成骨效应的机制探讨作一综述。LIM矿化蛋白-1；结构域；成骨分化；机制LIM矿化蛋白-1(LIM mineralization protein-1，LMP-1)是一种细胞内骨架蛋白，属于PDZ-LIM蛋白家族[1]。PDZ-LIM蛋白家
海南医学 2016年15期2016-03-09
- Cry1Ab/Cry1Ah杂合蛋白构建与功能研究
之间存在普遍的结构域交换现象。针对鳞翅目害虫具有高活性的Cry1Ab与Cry1Ah蛋白开展研究，构建了Cry1Ab、Cry1Ah的杂合蛋白AhAhAb并测定了杀虫活性。结果显示，Cry1Ab、Cry1Ah的结构域交换引起蛋白杀虫活性的显著变化，与出发蛋白相比，杂合蛋白AhAhAb丧失了对棉铃虫杀虫活性，降低了对玉米螟、小菜蛾杀虫活性。利用生物信息学方法对Cry1Ah结构域I建模，并分析其与其他Cry1A蛋白结构及表面性质差异，分析表明Cry1Ah与Cry1
生物技术通报 2015年9期2015-10-25
- 水稻白叶枯病菌第二信使c-di-GMP代谢酶基因的预测和分析
。含GGDEF结构域的鸟苷酸环化酶（DGC）和含EAL或HD-GYP 结构域的磷 酸二酯酶（PDE）分别控制了c-di-GMP的合成和降解［9］。GGDEF、EAL和HD-GYP结构域蛋白编码基因在细菌基因组中广泛存在，形成一个复杂的信号调控网络［10］。本研究比较分析上述菌株中GGDEF、EAL和HD-GYP结构域蛋白的种类、数量及其序列特征，鉴别基序保守的DGC或PDE、基序退化的c-di-GMP信号受体。此外，发现感知外界环境信号、调控输出结构域活性
生物技术通报 2015年11期2015-09-14
- Espin WH结构域抑制whirlin全长与espin M结构域在体外细胞相互作用
spin WH结构域抑制whirlin全长与espin M结构域在体外细胞相互作用韦 博1▲，宫贤惠2▲，尹艳春3，隋 源3，郝继龙4，刘婉瑶3，王 乐4＊（1.吉林大学中日联谊医院神经外科，吉林长春130033；2.温州医科大学附属眼视光医院白内障科，浙江温州325000；3.吉林大学生命科学学院，吉林长春130012；4.吉林大学第一医院眼科，吉林长春130021）目的 具体研究Espin的结构域与whirlin全长在体外细胞的相互作用。方法 通过免疫
中国实验诊断学 2015年6期2015-06-01
- 基于结构域的芥子油苷合成相关蛋白质相互作用模型构建和预测1)
列抽取了蛋白质结构域信息并建立结构域特征向量，使用一对对称的特征向量表示一对蛋白质关系，应用支撑向量机方法构建蛋白质相互作用预测器。1 蛋白质相互作用预测研究概况目前，使用生物实验来判断蛋白质之间发生相互作用的方法有酵母双杂交、免疫共沉淀等，这类生物实验方法费时费力，使用计算方法预测蛋白质相互作用，能辅助生物学实验缩减待测样本数量，提高验证效率。在众多的基于蛋白质结构的蛋白质相互作用预测方法中，一类方法是从蛋白质的一级结构，即氨基酸序列中找到决定蛋白质相互
东北林业大学学报 2015年9期2015-03-07
- PTPMeg2的PTP结构域对磷酸化STAT3入核的抑制作用
eg2的PTP结构域对磷酸化STAT3入核的抑制作用苏富琴1王玉春2齐占朋2孙 超2李淑艳(齐齐哈尔医学院生物化学教研室，黑龙江 齐齐哈尔 161006)目的 探讨PTPMeg2结构域对磷酸化STAT3核转位的影响。方法 采用免疫共沉淀技术研究PTPMeg2与STAT3不同结构域的相互作用，采用GST pull down实验研究STAT3与PTPMeg2不同结构域的相互作用，用激光共聚焦显微镜直接观察PTPMeg2对磷酸化STAT3细胞定位的影响。结果 S
中国老年学杂志 2015年9期2015-01-31
- 抗结核分枝杆菌RpfB结构域单克隆抗体的制备及鉴定
均具有Rpf样结构域[4]。Rpf蛋白结构域是一个含77 个氨基酸残基的截断肽，位于Rpf 蛋白全长的A42～L118。研究发现Rpf 蛋白结构域具有与Rpf 蛋白一致的生物学功能，其体外复活休眠菌的作用与完整的Rpf蛋白相同，也具有Rpf蛋白相似的免疫原性，诱导产生的特异性抗体可能会阻断MTB的Rpf家族的全部Rpf样蛋白，抑制细菌的复苏和生长[5]。MTB的5种Rpf样蛋白功能重叠[6]，实验表明敲除其中任何一个Rpf 基因时，其生长不会受到明显影响[
生物技术通讯 2014年6期2014-11-29
- 富含脯氨酸的酪氨酸激酶2生物功能及药物研究进展
AK含有相似的结构域，其分子序列上的同源率约为45%，而中心激酶区结构域同源率高达60%。Pyk2主要分布于中枢神经系统及造血系统，在小肠、肾、脾及睾丸中也有表达。大鼠脑组织中Pyk2在海马、大脑皮层及嗅球中选择性高表达；肾脏中Pyk2蛋白主要位于近端小管细胞。除Pyk2全长外，Pyk2还存在两种剪切异构体。相比全长，一个在C末端的两个富含脯氨酸的序列中缺失了一段表达42个氨基酸的外显子，称为Pyk2s（Pyk2 splice form）；另一个仅编码Py
中国药理学通报 2014年6期2014-05-21
- 唐氏综合征的全基因组基因表达失调结构域
胎基因组的某些结构域控制着基因的差异表达，在所有存在要么上调要么下调基因的染色体上，这些结构域均起作用。这些基因表达失调结构域(gene expression dysregulation domains，GEDDs)可用它们基因含量的表达水平所确定，而且在来源于孪生者成纤维细胞的诱导多能干细胞(induced pluripotent stem cells)上也高度保守。Ts65Dn(小鼠染色体16片段易位)唐氏综合征模型小鼠和正常同窝生小鼠成纤维细胞转录组
中国病理生理杂志 2014年9期2014-01-26
- Mpro-C蛋白三维结构域交换的机理:来自分子模拟的线索
o-C蛋白三维结构域交换的机理:来自分子模拟的线索黄永棋1,2,3康 雪1,4夏 斌1,4,5刘志荣1,2,3,*(1北京大学化学与分子工程学院,北京100871;2北京大学分子动态与稳态结构国家重点实验室,北京分子科学国家实验室,北京100871;3北京大学定量生物学中心,北京100871;4北京核磁共振中心,北京100871;5北京大学生命科学学院,北京100871)SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶
物理化学学报 2012年10期2012-12-11
- 微小隐孢子虫含EF－hand结构域蛋白家族的生物信息学研究＊
EF－hand结构域蛋白。为了更好地分析这类含有EF－hand结构域的蛋白的功能及其对微小隐孢子虫的重要意义，本文对微小隐孢子虫该蛋白家族进行了生物信息学相关分析，为进一步基因功能研究提供理论基础。1 材料与方法1．1 数据收集 在美国隐孢子虫基因组数据库（htt p：／／cr yptodb．or g／cr yptodb／）中 “Gene Text Search”信息栏输入EF－hand，初步搜索C．par vu m Iowa II基因组中推定的含有EF－
中国人兽共患病学报 2012年7期2012-09-26
- PDZ结构域中间序列结合特性及其临床应用
互作用主要是由结构域来介导。常见结构域(PDZ，SH3，SH2，WW等)的常规结合特性已经较为清楚，如SH2结构域和PTB识别磷酸化的酪氨酸序列，SH3结构域识别多个脯氨酸序列，WW结构域识别PPXY模体，PDZ识别其配体的C末端序列等。近来研究发现这些结构域也可以非常规结合配体蛋白，它们的非常规结合特性被逐渐挖掘，其中PDZ结构域的非常规结合特性就很有代表性，比如，PDZ结构域结合配体的中间序列(internal sequence)，形成PDZ-PDZ聚
基础医学与临床 2012年10期2012-07-18
- 人IgG四亚类对噬菌体展示Ig结合蛋白单结构域随机组合文库的体外进化筛选
高度同源的结合结构域头尾相连重复组成的抗体结合区，每个单结构域具有与全分子完全相同的结合特性，形成 Ig结合功能的基本单位。SpA含有5个高度同源的重复结构域，自N端起分别为E、D、A、B、C，单个结构域约58个氨基酸残基大小，形成3股反向平行排列α-螺旋的空间结构，与哺乳动物IgG抗体重链中的第2及第3恒定区 (CH2γ, CH3γ) 间的分界面结合，该结合以螺旋1和螺旋2与Fc的疏水作用为主并通过两个分子之间的4对氢键得到进一步稳定[9-11]。Pro
生物工程学报 2012年9期2012-02-09
- DEP结构域的功能研究进展
350004)结构域是蛋白质结构和功能的基本组成单位。除少量无序化蛋白质外，绝大部分蛋白质是由一个或多个结构域组成的。根据结构分类数据库定义，结构域可以独立地复制和折叠。通过研究物种中结构域的分配情况，发现有1235个不同的结构域，由于结构域是物种进化的单元，在不同复杂物种中结构域数目差别很小，大约有34%的结构域被大部分物种共享，这些结构域大部分参与了转录、翻译和新陈代谢的途径［1］。DEP 结构域(dishevelled，Egl-10 and plec
医学综述 2011年12期2011-12-09
- 水稻DnaJ蛋白的生物信息学分析
02)DnaJ结构域是个非常保守的结构域，大约由70个氨基酸组成，其核心结构是组氨酸/脯氨酸/天冬氨酸(His/Pro/Asp，HPD)三肽[1]。含有DnaJ结构域的蛋白统称为DnaJ蛋白。DnaJ蛋白作为辅助蛋白通过激活热激蛋白70的ATP酶活性而调控其活性，在细胞内具有多种功能，包括新生蛋白的折叠、胞吞作用、多肽穿过细胞器质膜的转运、调整对各种胁迫的反应及对预降解蛋白的靶定等[2-4]。在大多数生物中都发现存在类似DnaJ的蛋白。目前，DnaJ蛋白分
亚热带农业研究 2011年3期2011-09-29
- 铜伴侣蛋白CCS介导铜锌－超氧化物歧化酶激活的过程
α和铜代谢中含结构域Murr1蛋白(COMMD1)。CCS;铜;SOD1铜是具有氧化还原活性的动物必需的微量元素，它以酶的催化基团或结构辅因子的形式参与多种功能活动，如电子传递、氧合与催化等［1］。铜容易得失电子，即使在低浓度情况下也具有很强的毒性，因此动物机体铜的吸收、分配和排出都受到严格调控，以预防其积累所导致的大分子物质的氧化损伤［2］。铜离子在胞内的定位主要由3种铜伴侣蛋白实现:ATX1［3］、COX17［4］和 CCS［5］。CCS，即 copp
动物营养学报 2011年8期2011-04-17
- 整联蛋白结构与信号转导机制*
-外离子浓度及结构域构象变化等介导细胞信号转导。近年来,研究的焦点是整联蛋白如何通过构象的改变来调节细胞信号转导以及对配体的亲和力。论文主要从分子水平上就整联蛋白结构和介导的信号转导机理进行了综述。整联蛋白;构象;信号转导;配体;亲和力整联蛋白是广泛分布于细胞表面的跨膜糖蛋白,是一类重要的细胞表面受体。它作为介导信号传递的膜分子通过独特的途径转导信号,调节细胞的各种生物学功能。整联蛋白是由α和β两个非共价结合的跨膜亚基组成的异源二聚体,α和β亚基均有长的胞
动物医学进展 2010年1期2010-04-04
- 抗病毒固有免疫分子TRIM22 C端SPRY结构域对其转录、翻译及亚细胞定位的影响
200032三结构域(tripartite motif,TRIM)蛋白家族均含有1个RING(really interesting new gene)结构域、1或2个B-box结构域和1个卷曲螺旋结构域(coiled-coil)。60%的TRIM蛋白在C端还有SPRY结构域[1]。TRIM家族蛋白与机体的多种生理功能有关,如细胞增殖、分化、发育、凋亡等[1,2]。尤为值得关注的是,近年研究发现多种TRIM家族蛋白在抗病毒免疫中起重要作用[3-7],提示TR
微生物与感染 2010年1期2010-01-26
- RGA法标记植物抗病基因的研究进展
A;抗病基因;结构域中图分类号:Q78文献标识码: A 文章编号:1006-6500(2009)01-0010-03Research Advance on Disease-resistant Gene of Plant by RGA LabelingZHANG Rong,CHEN Ou,WANG Zhen-ying(Tianjin Key Lab of Cyto-genetical and Molecular Regulation,College of C
天津农业科学 2009年1期2009-12-28