高通量测序技术及其在贝类转录组研究中的应用

刘敏 叶晟 杨凤 吴立新

摘要 高通量测序是传统DNA测序的一次重大技术创新，它为贝类养殖物种的研究带来了新的机遇。着重对454、Solexa 和 SOLiD高通量测序平台的技术原理、数据分析及其在贝类转录组的研究应用进行综述，同时对高通量测序未来发展方向做了总结和展望。

关键词 高通量测序；转录组；贝类；应用

中图分类号 S188 文献标识码 A 文章编号 0517-6611（2017）07-0130-04

High-throughput Sequencing Technology and Its Application in the Study of Shellfish Transcriptome

LIU Min，YE Sheng，YANG Feng，WU Li-xin*

（College of Fisheries and Life Science， Dalian Ocean University，Dalian，Liaoning 116023）

Abstract High-throughput sequencing is a major technology innovation of traditional DNA sequencing， which brings new opportunities to the research of shellfish species. This review focused on their technical principles， data analysis of the 454， Solexa and SOLiD high-throughput sequencing platforms and their application in the study of shellfish transcriptome. At the same time， the future development direction of high-throughput sequencing was summarized and forecasted.

Key words High-throughput sequencing；Transcriptome；Shellfish；Application

核酸测序技术是一种重要的分子生物学分析方法，被广泛地应用在生物学研究中。20世纪70年代，Sanger提出了具有里程碑意义的双脱氧核苷酸末端终止法[1]，该方法在“人类基因组计划”实施中发挥了巨大作用。随着测序技术的不断发展，第一代测序（Sanger测序）因其成本高、通量低和速度慢等缺点而不能满足研究者的需求[2]。自2000年以后，高通量测序技术平台相继出现，主要包括罗氏的454测序平台、Illumina的Solexa测序平台 和 ABI的SOLiD测序平台，它们以其通量高、速度快、准确度高、成本低等特点而被广泛应用在非模式生物测序研究中。高通量测序技术在贝类物种的转录组研究中发挥了重要作用，主要应用在贝类分子标记筛选、功能基因的挖掘和非编码miRNA方面的研究中。笔者综述了高通量测序技术的原理、数据分析及其在贝类转录组的研究应用，并展望了高通量测序今后的研究发展方向。

1 高通量测序的原理及测序步骤

高通量测序（High-throughput sequencing）又叫作深度测序或下一代测序，该技术是对Sanger测序的一次重大技术创新，在一次反应中能对数百万条的核酸序列进行测定。……