残基
- 蛋白质分子机器结构的特性分析及去折叠研究
组成，共有56个残基。8个残基与W43形成天然接触：其中4个残基（F52、T53、V54和T55）位于相邻的β折叠中，并与W43的骨架形成天然接触，而其他4个残基（L5、F30、K31和M34）与W43的侧链相互 作 用。在GB1中，残 基2-19形 成N端β折 叠，残 基23-36形成α螺旋，残基42-55形成C端β折叠［13］。2 本文方法2.1 高斯网络模型在高斯网络模型中，每个蛋白质的三维结构可以简化为一个弹性网络，其中每个氨基酸（残基）被看作为该
数据采集与处理 2022年5期2022-10-13
- 深度学习几何约束预测的蛋白质建模方法
技术能够推断长程残基接触，得分高的残基对接触足够准确且分布良好，能有效的辅助蛋白质折叠.根据两年一次的蛋白质结构预测关键评估(CASP)[11]实验准则，如果蛋白质序列中两个残基Cβ原子(没有Cβ原子，用Cα代替)之间的欧式距离小于8Å(其中Å为Angstrom，表示0.1纳米，常用于原子间距离描述)，定义为接触.2012年，深度信念网络[12，13]被Cheng团队尝试用于预测蛋白质残基间接触辅助蛋白质三维结构建模，自此深度学习方法在蛋白质结构预测领域大
小型微型计算机系统 2022年9期2022-08-29
- 人分泌型磷脂酶A2-IIA的功能性动力学特征研究*
方法来评价蛋白质残基对外界微扰的响应程度，该方法已被广泛应用于识别蛋白质变构调控中潜在的别构位点［9］。另外，蛋白质结构网络（protein structure network，PSN）方法也被广泛应用于蛋白质折叠和关键位点预测的研究。本研究使用基于结构的模型和方法，包括ENM、PRS和PSN分析了人sPLA2-ⅠⅠA型结构的共享和特异性和动力学与其功能的关系，并识别了关键残基，加深了对酶催化机制的理解。1 研究方法1.1 数据集的建立从Protein D
生物化学与生物物理进展 2022年7期2022-07-25
- 基于弹性网络模型的蛋白质变构路径与关键残基识别研究
的变构路径和关键残基［10-15］。Roy 等［16］运用MD 模拟结合运动相关性分析，对人类鼻病毒（HRⅤ）的变构调控过程进行了研究，他们通过对不同残基之间径向运动关联性的分析，揭示了抗病毒化合物WⅠN 52084 对HRⅤ衣壳蛋白“呼吸”运动的长程变构调控机制。Bowerman 和Wereszczynski［17］基于MD模拟轨迹，利用残基运动相关性分析、互信息关联分析以及图论的方法来识别蛋白质体系的变构网络，利用该方法他们详细分析了凝血酶变构位点与催
生物化学与生物物理进展 2022年7期2022-07-25
- 基于各向异性网络模型研究δ阿片受体的动力学与关键残基*
揭示了钠离子利用残基Trp2746.48的独特构象将信号传递到TM5和TM6。MD模拟是一种耗时的方法，特别是对于生物大分子。为了解决这个问题，科学家们提出粗粒化模型。其中，弹性网络模型（elastic network model，ENM）是研究蛋白质内在动力学和功能相关运动的一种特别有效的模型［10］。高斯网络模型（Gaussian network model，GNM）［11］和各向异性网络模型（anisotropic network model，ANM
生物化学与生物物理进展 2022年6期2022-07-21
- 哈茨木霉酸性蛋白酶P6281的结构分析
由386个氨基酸残基组成，该序列与NCBI的报道相比，仅152位点的R残基突变为S残基.在一级结构序列中，1~17位序列为信号肽序列，该序列中富含7个A残基，占信号肽氨基酸残基总数41.7%，其切割位点序列为AALA，属于常见的信号肽切割X-A-X-A类型［8］，这表明P6281的信号肽与绝大多数胞外分泌蛋白的信号肽切割位点一致.18~386 位序列为酶原序列，其中18~65位序列为前导肽，该序列辅助蛋白酶适当折叠，阻碍蛋白底物与酶的底物结合区域结合，抑制
韶关学院学报 2022年6期2022-07-05
- 分子识别特征预测算法特性分析*
s和MoRFs的残基数分别是≤5和5～25个.Yan等［4］分析了868个完整蛋白质组，结果显示真核生物有21%的IDRs具有MoRFs，细菌和古细菌有29%的IDRs具有MoRFs.由于SLiMs和MoRFs长度上的差异，所以预测这2类功能域的方法不同.目前SLiMs的预测是基于在一组不同序列中寻找正则表达式的原理来开发算法.MoRFs相比于其他无序区域和结构化区域有其独特的序列特征，因此，MoRFs的预测可以基于序列进行精确的计算预测.另外，MoRFs
首都师范大学学报（自然科学版） 2022年3期2022-06-13
- 距离约束和二面角优化的蛋白质结构预测方法
-17].尤其是残基-残基接触预测，为蛋白质折叠提供了重要的约束信息，很大程度上弥补了能量函数不精确造成的影响.许多利用残基-残基接触预测蛋白质结构的方法被提出[18-21]，其中CONFOLD[22]将残基-残基接触和二级结构信息转化为距离、二面角和氢键约束，进行蛋白质结构预测.自CASP13以来，基于深度学习的残基间距离预测迅速成为新的研究热点[23]，残基间距离预测描述了残基对在不同距离区间的概率，相比残基-残基接触包含了更多的几何约束信息，更有利于
小型微型计算机系统 2022年1期2022-01-21
- 基于L-Metric重叠子图发现的B细胞表位预测模型
面原子构建氨基酸残基图；2）利用马尔可夫聚类算法（Markov CLustering algorithm，MCL）［13］将氨基酸残基图划分为互不重叠的种子子图，并利用重叠子图发现算法对种子子图扩展以得到重叠子图；3）利用图卷积神经网络（Graph Convolutional neural Network，GCN）［14］和全连接网络（Fully Connected Network，FCN）［15］构建的分类器对子图进行分类。1 氨基酸残基图的构建本文采用
计算机应用 2021年12期2022-01-05
- Streptomyces sp.DJ菌株产生的角蛋白酶的序列分析
，占肽链总氨基酸残基数83(mol，%)左右，而酸性和碱性氨基酸含量差异不大，都约占肽链氨基酸量的17(mol，%)左右。3种角蛋白酶的信号肽切割位点不完全一致(26或34)，3种角蛋白酶的前导肽长度均为71～78 aa，成熟肽长度均为274～278 aa，长度差异较小。2.4 角蛋白酶的同源建模及其二级结构分析利用3种角蛋白酶的保守区域与来自MeiothermustaiwanensisWR-220的角蛋白酶(PDB数据库code：5WSL.1.A)的氨基
西南农业学报 2021年10期2021-12-14
- 抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究
约140个氨基酸残基组成.这些结构域存在于46种不同的蛋白质中，并分为8个不同的家族[2，3].BRD具有高度保守的折叠模式，主要由四个反向平行的α-螺旋(αA，αB，αC，αZ)和两个柔性环(ZA环和BC环)构成[4，5].Bromodomain结构域和末端结构域(bromodomain and extra-terminal domain，BET)家族是八个主要BRD家族的重要组成部分，包含BRD2，BRD3，BRD4和BRDT[6]四个成员.BRD4是
原子与分子物理学报 2021年3期2021-08-16
- PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
1与PD-L1在残基水平上的结合机制［17］，将有助于下一代单抗的开发［18，19］.本文利用分子动力学研究了2个单抗（Pembrolizumab和Nivolumab）与PD-1结合的机制.使用计算丙氨酸扫描方法识别了PD-1/mAb复合物中的结合热点，对mAb和PD-1的结合热点进行了预测，并对两个体系热点的异同进行了分析和讨论.1 实验部分1.1 分子动力学模拟从蛋白质数据库（PDB）［20］中下载了人源PD-1与抗体复合物（Pembrolizumab
高等学校化学学报 2021年7期2021-07-11
- 水介导的通讯路径对脂肪酶热稳定性的影响
，并且蛋白质中的残基之间和残基-水之间存在相互作用，因此可以残基、水为节点，残基之间及残基-水的相互作用为边构成残基-残基和残基-水网络（简称残基-水全网络）。将复杂网络中最短路径的计算应用在蛋白质网络中具有重要的作用。Zhang等利用最短路径找出与脉络膜新生血管（CNV）相关的候选基因，为治疗CNV提供了新的见解[20]。Papaleo等通过详细分析酶中的最短路径，从而可更清楚了解酶中残基之间的通讯[21]。此外，通过计算蛋白质相互作用网络中的最短路径，
食品与生物技术学报 2021年5期2021-06-24
- 基于计算机模拟技术分析去氢枞酸作为PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制剂的潜力
体重叠的相互作用残基用红圈指示。相互作用残基是否参与配体-蛋白的结合通过可接触表面积(accessible surface area，ASA)的损失(ΔASA)来衡量，配体与残基的相互作用越紧密ΔASA越大，一般ΔASA大于10Å2可认为该相互作用参与了配体-蛋白的结合[19]。各残基的ASA通过Accessible Surface Area and Accessibility Calculation for Protein(ver.1.2)(http:/
天然产物研究与开发 2021年4期2021-05-11
- 丝氨酸（S13和S14）残基侧链位置特性对模型蛋白Trp⁃cage折叠的影响
基础，研究蛋白质残基间相互作用与其结构折叠形成的关系一直是结构生物学研究重点。蛋白质折叠、稳定以及功能的发挥均与蛋白质结构中关键氨基酸残基密切相关，而这些残基的缺失或突变替换等都会对蛋白质结构和功能产生显著破坏。如镰刀型贫血症就是由于血红蛋白（HbA）结构中β 链第6 位氨基酸谷氨酸突变为缬氨酸形成了异常的血红蛋白S（HbS）［1］。p53 是突变频率最高的一种肿瘤抑制蛋白，其结构中第220 位酪氨酸残基突变为半胱氨酸会引起结构亲水性空腔变大，最终导致p5
生物学杂志 2021年2期2021-04-29
- 酞菁锌衍生物掺杂人血白蛋白的分子模拟研究
由585个氨基酸残基组成的单多肽链，且仅在其IIA结构域中存在一个特征色氨酸残基（Trp214）。HSA分子中包含了3个结构相似的结构域：α-螺旋结构域I，II和III（I：1～195；II：196～383；III：384～585）α-螺旋，每个结构域又分别包含了2个由4～6个螺旋结构组成的亚结构域（IA，IB；IIA，IIB；IIIA，IIIB）[4-6]。HSA能够结合多种光敏剂（PS），如华法令、地高辛、布洛芬、紫红素18、吩噻嗪和二氢卟吩 p6等，
科学与信息化 2021年8期2021-03-31
- 变式分残基 重组异构体
过变式拆分成不同残基，再按一定规律组合的思维方法，可以充分考查学生的化学学科素养和信息加工处理能力.这里残基是指官能团、烃基等原子或原子团.一、二元取代物由组合法分残基二元取代物是指两个烃基或两个官能团去取代碳链或苯环上的氢得到的物质.有两个支链的链烃的残基划分：剪掉的碳作为这两个烷基取代基，剩余的碳链作主链；单环芳烃的残基划分：6个碳构成苯环外，其余碳按要求划分为不同的取代基.二元衍生物直接划分成两个官能团和一个烃基.重组的基本思路：先用对称轴对作为母体
数理化解题研究 2021年4期2021-03-11
- 蛹虫草饲料添加剂的研究现状及展望
大量的蛹虫草培养残基，其中大部分被丢弃，造成了严重的环境污染及资源浪费。蛹虫草培养残基营养丰富，是很好的饲料利用资源。近年来蛹虫草饲料添加剂在动物养殖业中的应用已逐步兴起。在畜禽、反刍动物、水产品等的应用均获得较好的效果。因此，蛹虫草饲料添加剂在动物养殖业中的应用研究具有积极的意义。本文主要对蛹虫草饲料添加剂的研究现状及其在动物养殖中的应用进行综述及探讨，对发展前景进行了展望。1 蛹虫草饲料添加剂概述蛹虫草饲料添加剂包括蛹虫草子实体、蛹虫草培养残基、蛹虫草
微生物学杂志 2021年6期2021-03-07
- G蛋白偶联受体的共同激活机制
且结构分布较广的残基(如Gly和Trp)[27]，或者使用含有19F的分子来反应性地标记事先选定的与激活关系紧密的一两个Cys位点[28-30]。随着高场NMR、改进的低温探针、稳定同位素标记及横向弛豫优化谱（transverse relaxation-optimized spectroscopy, TROSY）等技术的应用，GPCR的NMR研究取得突破性发展，如鉴定出GPCR存在着多种与功能密切相关的构象状态，且受激动剂、拮抗剂、别构调节剂和下游效应蛋白
自然杂志 2021年1期2021-02-07
- 菊粉酶降低N-羟乙酰神经氨酸含量机制的分子模拟研究
得底物与酶作用的残基信息，有助于酶的理性设计和作用机制解析。杨倩等[9]为提高米根霉α-淀粉酶(ROAmy) 的热稳定性，基于分子动力学模拟结果，对该酶中的3 个氨基酸残基G128、K269 和G393 进行了突变，获得了热稳定性更好的突变体。目前已有X-衍射晶体法和分子动力学模拟对外切菊粉酶作用果糖催化位点解析[10]、同源建模分析菊粉酶功能域和活性位点[11]、菊粉酶对果糖六磷酸和蔗果三糖相互作用模拟的报道[12]。但有关Neu5Gc 与菊粉酶相互作用
核农学报 2020年9期2020-10-09
- 蛋白质残基相互作用网络在线服务及可视化分析
.近年来，蛋白质残基相互作用网络普遍应用于蛋白质相关问题的研究.该方法中网络的节点为组成蛋白质的残基，网络的边为非共价键残基相互作用(如范德瓦尔斯和静电相互作用等)[3].基于蛋白质残基相互作用网络，可以进一步利用图论的方法研究蛋白质结构稳定性[4-5]，蛋白质动力学[6-8]，酶活性和变构调节[9]，信号转导[10-11]等问题，为解决这些问题提供了一个崭新的视角.例如，Vendruscolo等人通过蛋白质残基相互作用网络的聚类系数(clustering
华中师范大学学报（自然科学版） 2020年2期2020-05-18
- 接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法
预测的二级结构和残基接触[30]转化成空间约束，然后使用这些空间约束构建蛋白三维结构模型.Filb-Coevo[31]使用残基接触图约束产生高质量的片段库[32，33]，进而使用片段组装方法搜索构象.RMA[34]算法在遗传算法的框架下使用预测的二级结构增强对构象采样空间的探索.DPDE[35]算法使用距离谱[36]指导差分进化进行蛋白质结构预测.SCDE[37]算法使用基于二级结构和残基接触的选择策略指导构象空间采样.在进化计算框架下[38-40]，RM
小型微型计算机系统 2020年3期2020-05-12
- 引入序列信息的残基相互作用网络比对算法∗
网络、代谢网络、残基相互作用网络、基因表达网络等[1],已经成为大数据时代生命科学相关研究的重要数据资源.这使得生物网络比对在近年来成为研究代谢、结构、功能和进化的有效的方法.通过生物网络比对的方法可以发现两个或两个以上相互作用网络在拓扑和功能上的相似区域,用于研究生物分子的结构和功能,分析生物的进化和演变.通常,功能相似的蛋白质分子具有相似的空间结构,而结构上局部的差异可能会导致其性质的不同,如蛋白质的热稳定性、亲水性、疏水性、耐酸性、耐碱性等[2].残
软件学报 2019年11期2019-12-11
- 二硫键和Ca2+结合残基对重组酱油曲霉碱性蛋白酶的影响
键和Ca2+结合残基提高Ap稳定性，为其工业化应用提供依据.1 材料与方法1.1 试验材料1.1.1 菌株、酶和试剂 野生型Ap的重组工程菌株和Escherichia.coliDH 5α菌株由本实验室提供；表达载体pPIC9K和毕赤酵母(Pichiapastoris) KM71菌株购自Invitrogen公司.TaKaRa MutanBEST Kit、PCR反应体系、PCR产物回收试剂盒和质粒提取试剂盒等购自宝日医生物技术(北京)有限公司.其他化学试剂均分
福建农林大学学报（自然科学版） 2019年6期2019-12-04
- 基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究
酸和亮氨酸，这些残基形成较强的疏水核心，提高了Fe-SOD酶的结构稳定性[10]。另外，还发现耐热的Fe-SOD酶的平均度、平均连接强度等网络参数要高于常温的Fe-SOD酶[11]。Srivastava等通过结合复杂网络理论和动态研究方法找到了对枯草芽孢杆菌脂肪酶耐热性影响的重要残基[12]。Brinda等人也通过网络的方法发现了耐热蛋白质网络与耐温蛋白质网络之间的差异[13]。水合作用协助蛋白质内部的共价及非共价相互作用维系了蛋白质结构的稳定[14-17
食品与生物技术学报 2019年9期2019-10-30
- 关于蛋白质二级结构α-螺旋中氢键构成的准确表述
3.6 个氨基酸残基，螺距为0.54 nm，相邻氨基酸轴向距离为0.15 nm；α-螺旋为右手螺旋，其中每个氨基酸残基的C=O 上的氧和它前面的第4 个氨基酸残基的N-H 上的氢形成氢键，氢键方向和螺旋轴的方向基本一致； 由每一个氢键闭合形成的环包含13 个原子， 故α-螺旋又叫3.613-螺旋。在α-螺旋中氨基酸侧链向外伸展，特征二面角为φ=-57°，ψ=-48°。但是，由于在不同的教材中有关α-螺旋中氢键构成的表述有些差异，导致在教学过程中，学生易混淆
生物学通报 2019年5期2019-05-23
- CDC25B与CDK2/Cyclin A蛋白相互作用研究
间参与相互作用的残基，为新型CDC25B抑制剂的设计提供理论依据。1 材料与方法1.1 蛋白-蛋白对接 蛋白-蛋白对接是基于两个已知蛋白的三维结构，通过分子模拟方法预测复合物的近天然结构。使用Discovery Studio v3.5中的ZDOCK[3-5]和RDOCK[6]模块来实现蛋白与蛋白的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程，用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复
天津医科大学学报 2018年3期2018-05-30
- 识别蛋白质配体绑定残基的生物计算方法综述*
一些关键的氨基酸残基形成一个类似口袋的形状区域，以完成对特定配体的绑定。这些关键的氨基酸残基称为绑定残基(位点)。从一个蛋白质识别出绑定残基，对于理解蛋白质的功能、药物设计、分析生物分子之间的相互作用、指导相关生化实验具有重要意义。传统上，蛋白质与配体的绑定残基通过生物学实验来测定，此类方法虽然准确，但存在着诸如耗时、昂贵等问题，远远不能满足后基因组时代蛋白质测序工作飞速发展的要求。据统计，当前已测序的蛋白质中，仅0.6%左右的蛋白质具有配体绑定残基的生物
数据采集与处理 2018年2期2018-04-13
- 传染性蛋白的“负面”和“正面”（5）
243 个氨基酸残基组成。 在血液中，大约95%的ApoA-I 结合在高密度脂蛋白中，其分子构造的80%为α-螺旋，没有β-折叠。 其余的5%以不结合脂肪分子的形式存在，分子中也有大约60%的肽链部分在α-螺旋中，没有β-折叠。 这部分游离的ApoA-I 分子，特别是其中氨基端的100 个左右的肽链部分，易改变折叠情况。 基因突变也会改变ApoA-I 的折叠状况，形成β-折叠，像Prion 蛋白那样形成分子聚合物，在身体各处沉积，引起淀粉样变性病。从患者身
生物学通报 2018年8期2018-03-26
- 北虫草栽培残基中主要活性物质含量分析及评价
生产中产生的大量残基被作为废物弃掉,不仅造成资源的浪费,对环境也造成一定的影响[8]。随着北虫草人工培养产业规模的不断扩大,对北虫草栽培残基如何加工和利用已成为亟待解决的问题[9-10]。本研究对北虫草栽培残基中主要营养物质及主要活性成分进行了含量分析及评价，同时对其所含的虫草素、虫草多糖含量与子座进行了比对分析，为加长产业链条，促进其资源化应用研究提供参考。1 材料与方法1.1 材料1.1.1 样品 人工栽培北虫草子座及栽培残基来源于内蒙古敖汉旗北虫草种
微生物学杂志 2018年6期2018-02-26
- ZAβ3和Aβ16–40亲和作用的分子机理解析
区域和关键氨基酸残基尚不清楚。针对此问题，本研究利用分子动力学模拟、MM-PBSA自由能计算和分解方法研究了ZAβ3-Aβ16–40复合物之间的相互作用机制。结果表明，ZAβ3的β-股和Aβ16–40之间的亲和作用占主导，而ZAβ3的α-螺旋贡献很小。利用分子力学-帕松波尔茨曼溶剂可及化表面积方法(MM-PBSA)自由能分解发现ZAβ3的热点残基为E15、I16、V17、Y18、L19、P20、N21和L22，而Aβ16–40的热点残基为F19、F20、A
物理化学学报 2017年9期2017-12-21
- 乙酰胆碱酯酶AChE与1，7-二氮杂咔唑抑制剂的作用机理的分子动力学模拟
。分析结果表明,残基S286与抑制剂之间形成的氢键作用有利于抑制剂与AChE之间的结合。范德华相互作用,尤其是抑制剂与关键残基W279和Y334的作用,对抑制剂与AChE之间的结合自由能有较大的贡献,在区分抑制剂M1（或M2）和M3的生物活性上发挥着重要的作用。阿尔茨海默症；乙酰胆碱酯酶；1,7-二氮杂咔唑类抑制剂；分子动力学模拟；MM-PBSA众所周知,世界正面临老龄化问题,阿尔茨海默病（AD）的发病率随着年龄的增加而显著增加。阿尔茨海默症病人的主要表现
无机化学学报 2017年11期2017-11-13
- 基于多特征融合预测蛋白质相互作用界面
据集，蛋白质界面残基、表面残基的定义在构建和测试模型过程中使用了三个数据集，Duarte数据集[2]作为主数据集用于构建模型和优化参数，Bernauer[4]和Ponstingl[5]两个经典数据集作为独立测试集.核心残基(Core)位于互作界面中心，主要由疏水性氨基酸构成.核心残基周围环绕着一圈残基，此类型残基称之为环绕残基(Rim).界面残基、表面残基、核心残基与环绕残基定义采用Proface方式定义[6].1.2传统特征核心残基(Core)与环绕残基
中南民族大学学报（自然科学版） 2017年3期2017-10-18
- 戊乙奎醚光学异构体与毒蕈碱型受体亚型的分子对接研究
修复缺失的氨基酸残基，加氢和分配电荷，并对局部环区（Loop）进行CHARMm能量最小化处理，以满足分子对接的要求。2.3 同源建模构建M5受体蛋白M5受体目前暂未有三维结构的报道，但具有众多的同源蛋白片段的三维结构报道，因此，可采用同源建模的方法获得M5受体的三维结构。由于M5受体蛋白仅有一级结构的氨基酸序列已知，尚无三维结构的报道，故本文采用蛋白质建模门户网站（PMP，网址为 http：//www.proteinmodelportal.org）提供的在
中国药房 2017年25期2017-10-10
- 蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述
.cn)蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述张海仓1,2高玉娟3邓明华3,4,5郑伟谋6卜东波11(中国科学院计算技术研究所 北京 100190)(中国科学院大学 北京 100049)(北京大学定量生物学中心 北京 100871)(北京大学数学科学学院 北京 100871)(北京大学统计科学中心 北京 100871) (中国科学院理论物理研究所 北京 100190)(zhanghaicang@ict.ac.cn)蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长
计算机研究与发展 2017年1期2017-02-21
- 分子模拟方法研究四氢化吡啶并[1，2-a]吲哚酮衍生物对GSK3β和CDK5的选择性
式，结合口袋处的残基也都根据晶体结构的序列比对相互对应。研究体系的RMSD随时间的稳定变化，表明模拟体系已达到稳定状态，因而后续的分析是可靠的。CDK5/抑制剂体系，RMSD在0.15 nm上下波动，CDK5/M1和CDK5/M2骨架轻微波动，稍高于CDK5/M3；而GSK3β体系的RMSD值略高于CDK5体系，在0.17 nm上下波动，GSK3β/M1和GSK3ββ/M2的骨架波动平衡值则稍低于GSK3β/M3。活性较大的抑制剂增强了蛋白骨架整体的“柔性
无机化学学报 2016年11期2016-11-28
- 浓缩乳清蛋白粉成分荧光光谱分析
应的分别是酪氨酸残基和处于两种不同环境下的色氨酸残基。浓缩乳清蛋白粉； 荧光光谱； 成分分析0 引 言浓缩乳清蛋白粉由牛奶乳清通过澄清、超滤、喷雾干燥等技术手段制成，其具有突出的生理功能特性和优质的生物利用价值[1-4]，是生产婴幼儿配方奶粉、运动营养补剂、中老年营养品等食品的重要原料。原料质量与食品安全息息相关，目前，市场上浓缩乳清蛋白粉多产自国外，导致无法从生产源头监控其质量，同时由于市场的大量需求，出现了通过掺假(如加入奶精粉、大豆蛋白粉等)获取暴利
长春工业大学学报 2016年4期2016-10-12
- 同步荧光光谱技术研究胶原基表面活性剂溶液中分子的聚集行为
BS分子中Tyr残基和Phe残基随温度变化的响应顺序。结果表明，CBS分子在261和282 nm处出现了分别归属于Phe和Tyr的特征吸收峰。随着CBS浓度的升高，CBS分子中Phe残基和Tyr残基数量逐渐增多使CBS分子聚集程度增加，并导致荧光强度增强；CBS溶液pH值(pH 5.0)在等电点附近时，由于CBS分子的疏水作用和氢键形成能力加强，导致CBS分子聚集程度增强；CBS溶液中NaCl浓度的升高，则使CBS分子间排斥力减弱，从而导致CBS分子的聚集
光谱学与光谱分析 2016年1期2016-06-15
- 3MBA类FtsZ蛋白抑制剂的分子动力学模拟及抗菌作用机制
蛋白质构象、关键残基质心距、活性口袋体积以及相对结合自由能的变化规律.研究表明:当不含抑制剂存在时SaFtsZ-GDP二元复合物体系稳定性较差,其T7Loop区域残基(203-209)波动较大,且蛋白二级结构发生明显变化,活性口袋体积急剧减小,底物通道显著变窄且不稳定.而含有抑制剂PC190723、Compound1的类衍生物三元复合物体系的表现截然不同,这主要是由于它们均能和活性口袋T7Loop区周围残基形成关键性的氢键以及疏水作用,与FtsZ蛋白紧密结
物理化学学报 2015年3期2015-12-29
- 羟基苯甲腈类抑制剂与Cdc25B磷酸酯酶相互作用的结合位点残基观察
位点loop上两残基的磷酸根，进而将其激活［3］。Cdc25B在多种肿瘤细胞如结肠癌、胰腺癌、卵巢癌等过度表达，对肿瘤细胞的发展起促进作用，下调Cdc25B表达会引起肿瘤细胞周期阻滞，抑制肿瘤细胞增殖。因此，Cdc25B已经成为治疗癌症的潜在药物作用靶点［4，5］。传统的设计思路是针对Cdc25B的催化活性位点设计抑制剂，但该位点空间体积较小，导致小分子抑制剂设计难度增加。最近研究［6］报道了新型羟基苯甲腈类Cdc25B抑制剂，此类抑制剂并不与Cdc25B
山东医药 2015年23期2015-12-02
- 基于支持向量机的蛋白质相互作用界面热点残基预测
作用界面中的热点残基是局部紧凑地聚集着，而现有的基于机器学习的热点残基预测方法仅从目标残基中提取特征，并没有考虑目标残基的局部空间结构信息，以及如何进行特征提取并获得非冗余的特征子集等问题，为准确识别蛋白质相互作用界面的热点残基，提出结合蛋白质相互作用界面残基的空间邻近残基信息提取多类特征，并利用随机森林来进行特征提取，最后利用支持向量机来预测热点残基的方法.计算实验表明，该预测方法可以有效地用来发现热点残基.蛋白质相互作用界面；热点；支持向量机；随机森林
天津科技大学学报 2015年2期2015-08-09
- 基于氢氘交换核磁共振技术研究蛋白质与阳离子交换介质的相互作用
).溶菌酶氨基酸残基核磁共振信号根据与 α位碳相连的酰胺氢 (NH-CαH)来归属，并以文献报道[15]结合生物大分子核磁共振数据库Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB 4562)为参考。峰强度 (I)通过软件 Topspin version 3.0标定。为了排除样品浓度的影响，以不发生氢氘交换的芳香族氨基酸Trp108的 H4-H5相关峰为参考峰，对特征残基峰的强度进行归一化处理，如式 (1)：式中Ipeak为
生物工程学报 2014年9期2014-10-31
- 蛋白激酶B结构与功能研究进展
一个保守的苏氨酸残基308，该残基的磷酸化可部分激活PKB［3］.所有PKB 异构体C 端均有一个约40 个氨基酸的延伸片段，该区域含有疏水基序(hydrophobic motif，HM).人体PKB 的HM 序列为:苯丙氨酸/脯氨酸/谷氨酰胺/苯丙氨酸/丝氨酸/酪氨酸.当PKB 的HM发生缺失突变时，Akt 的酶活性会完全丧失.最新的研究表明，HM 对于PKB 的激酶催化活性具有变构调节作用，催化功能域的氨基小叶和αB 螺旋、αC螺旋以及β－5 片状结构
成都大学学报（自然科学版） 2014年4期2014-08-15
- 隐马尔科夫模型基于残基对蛋白质序列的分析
马尔科夫模型基于残基对蛋白质序列的分析汪一亭（池州学院 数学与计算机科学系，安徽 池州247000）区分、识别出同源蛋白质序列并揭示不同类型的残基的研究在生物信息领域具有重要的意义。文章将蛋白质的氨基酸与残基的序列用隐马尔科夫模型(HMM)来表示，介绍了一种基于蛋白质残基来建立隐马尔科夫模型的思路。接着采用HMM的评估算法对蛋白质同源性进行分类，又由于是将残基类型作为模型的状态来考虑，利用HMM的结论可以解码出最优的残基序列，从而进一步预测出残基的类型。结
池州学院学报 2014年3期2014-07-10
- MDM2与抑制剂PDIQ 作用机制的结合自由能计算研究
53的三个疏水性残基Phe19，Trp23 和Leu26 插入MDM2疏水性裂缝，从而与MDM2 形成疏水性相互作用.用于治疗癌症的药物基本上都模仿了这个作用模式.几个课题组设计的肽类抑制剂能与MDM2产生较强的相互作用，拥有纳摩尔数量级的抑制效果［3，4］.Phan等人设计合成的肽类抑制剂PDIQ 展现了不错的抑制效果，其IC50值达到8nM［5］.该结果表明抑制剂PDIQ 对MDM2有很强的抑制效果.故阐明该抑制剂与MDM2的作用机制有助于新型高效抑制
原子与分子物理学报 2014年4期2014-03-20
- 鸡卵类黏蛋白结构与性质研究进展
由186个氨基酸残基组成，其氨基酸残基序列如图1所示[10]，其中N末端为丙氨酸残基，C末端为苯丙氨酸残基[11]；整个蛋白中亲水性残基约占50.00%，包括天冬氨酸残基、谷氨酸残基、苏氨酸残基、天冬酰胺残基、赖氨酸残基等；疏水性残基约占32.26%，包括缬氨酸残基、脯氨酸残基、酪氨酸残基、亮氨酸残基、苯丙氨酸残基等；但不含色氨酸残基；其他氨基酸残基约为17.74%，包括15 个甘氨酸残基，18 个半胱氨酸残基，这18 个半胱氨酸残基两两配对形成了9 个二
食品科学 2014年17期2014-01-21
- 凡纳滨对虾过敏原结构与性质的研究进展
一种由两条氨基酸残基序列相同的α-螺旋相互缠绕组成的双亚基棒状糖蛋白[13-15]，可与肌动蛋白以及肌球蛋白协同完成肌肉收缩动作[16-17]，约占肌原纤维蛋白的5%～8%[18]。该蛋白的每个螺旋亚基分别由284个氨基酸残基构成，分子 质量 约为 36 ku[15]，其中蛋白部分的分子质量约为32.849 ku，其他部分为糖基，其等电点为pI 4.72[19]，整个 亚基的脂溶指数为79.12，是一种热稳定性蛋白[20-21]。1.1 原肌球蛋白的一级结
食品科学 2014年9期2014-01-20
- 磷酸三酯酶的同源模建及分子对接理论
重要作用的氨基酸残基.1 实 验1.1 理论方法 同源模建采用3D-JIGSAW服务器. 来源于Thermaerobacterm的磷酸三酯酶包含331个残基(NCBI Reference Sequence: YP_004102636.1 EC 3.1.1.8),通过3D-JIGSAW建模建立其三维结构. 先利用Amber全原子力场和GROMACS4.3.1软件对其进行分子动力学优化[8],再经过7 ns 分子动力学模拟优化其结构.1.2 分子对接 先在已知
吉林大学学报（理学版） 2013年3期2013-12-03
- 基于高维特征非线性筛选的HLA-A＊0201限制性CTL 表位预测
弱关键在于抗原肽残基与附近HLA-A*0201残基作用大小;受体HLA-A*0201可认为不变，故抗原肽序列各位点残基差异导致它们间亲和活性不同.2因此，多肽定量序效模型(QSAM)研究在研发肽类新药特别是抗原肽疫苗方面具广泛应用前景.多肽QSAM建模的两个重要内容是回归模型选择和其一级结构表征.在回归模型选择方面，常用的多元线性回归、偏最小二乘回归、神经网络等存在诸多弊端;3−6而基于结构风险最小的支持向量回归(SVR)较好地解决了小样本、非线性、过拟合
物理化学学报 2013年9期2013-09-21
- 蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target 39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统
物理化学学报 2012年11期2012-12-11
- “残基思想”—推导有限定条件同分异构体的一种有效策略
异构体的方法—“残基思想”，供同行教学时参考。该法与通常方法比较，有以下优点：①方法单一，便于掌握和应用；②能快速、准确的写出同分异构体的种数，不会出现重复和遗漏。当然，要掌握和应用好残基思想，首先必须熟练掌握烷烃和芳香烃的同分异构体的书写。一、不饱和度不饱和度是有机物分子不饱和程度的量化指标，用希腊字母Ω表示［1］。有机物中的氢原子数与饱和链烃中的氢原子数相比，每少两个氢原子就增加一个不饱和度［2］。其不饱和度的计算公式为［3］：Ω＝碳原子数+1-氢原子
化学教与学 2012年8期2012-07-17
- 1.9 Å分辨率μ-crystallin蛋白晶体结构及其酮亚胺还原酶活性位点分析
少了81-89位残基的电子密度，CYRM与2I99结构叠合的 RMSD值为 0.78778 Å。人源CRYM结构可分为二聚化结构域和NADPH结合结构域，二聚化结构域包括残基2-112和296-312。折叠为6个反平行β折叠，3个α螺旋，2个310螺旋，与2I99相比少一个短的β折叠和一个310螺旋，但在βC与βD之间多一个310螺旋(图1a和图1b分别为1.9 Å和2.6 Å分辨率的人源CRYM单体结构，辅因子NADPH以棍状表示，两个结构的不同之处用圆
核技术 2012年10期2012-03-22
- 含磷酸结合口袋的BRCT结构域功能位点预测
均带有极性氨基酸残基, 两侧带正电荷, 而底部疏水。这说明沟槽与配体的结合以静电和疏水相互作用为主。沟槽主要位于单个BRCT中，而且4个BRCT的沟槽在形状和电荷分布上都不同, 说确明BRCT配体特异性主要由单个BRCT决定。磷酸结合口袋位于沟槽中心, 说明沟槽可能同时结合磷酸化残基的N端和C端附近残基。BRCT结构域；磷酸结合口袋；DNA损伤修复；表面静电势BRCT(BRCA1 C-terminus)结构域最早发现于乳腺癌相关蛋白 BRCA1中, 后来发
Zoological Research 2011年5期2011-12-25
- 基于支持向量机的脂肪酶耐热序列与嗜热序列分类研究
序列，即以丝氨酸残基为中心，周围有组氨酸和精氨酸/谷氨酸组成电子传递链的催化系统[1]。微生物脂肪酶最适pH多数在中性范围内，最适pH范围与微生物种属间的关联并不明显。与真菌脂肪酶的理化性质相比，细菌脂肪酶的耐热性较高，而嗜热脂肪酶序列几乎都集中于古细菌脂肪酶中[2-3]。在水溶液中，大多数脂肪酶的最适作用温度为25～35 ℃，而在有机相中，脂肪酶作用温度可拓宽至0～100 ℃。脂肪酶是一种目前在工业生产中应用最为广泛的微生物酶之一，应用领域涉及食品工业、
中南大学学报（自然科学版） 2011年9期2011-08-04
- 丙型肝炎病毒高变区1中介导感染的关键氨基酸残基鉴定
，由27个氨基酸残基组成。HVR1是HCV包膜E2蛋白与B类I型清道夫受体(scavenger receptor class B type I，SR-BI)结合必不可少的功能区域[4]，也是诱导中和抗体及参与HCV免疫逃避的关键部位[5,6]。由于HVR1的序列高变，目前尚不清楚其结构与生物学功能的对应关系。HCV假病毒(HCV pseudoviral particle，HCVpp)表面镶嵌有功能性HCV包膜蛋白，内部的结构蛋白为人类免疫缺陷病毒(huma
微生物与感染 2011年4期2011-01-24
- 蛋白质修正卡方分布函数
识，给出了蛋白质残基原子与其他原子的接触距离和接触数的定义，并根据蛋白质的种类的不同，计算了接触距离的数学期望和标准差，得到血红蛋白、激素和肌蛋白残基的概率分布，构造出类蛋白质ASP残基接触数的修正卡方分布函数.蛋白质；残基；接触数；卡方分布研究生命科学离不开蛋白质，DNA的生理功能是以蛋白质的形式表达，研究DNA必需研究蛋白质.在新药物的深入开发，蛋白质工程中，人们经常用统计的方法挖掘蛋白质等生命分子的信息特征. 国内外学者从试验、理论和计算等方面对蛋白
湖北文理学院学报 2010年11期2010-11-07
- 绵马贯众与混乱品的鉴别
的干燥根茎和叶柄残基。绵马贯众主产于黑龙江、吉林、辽宁三省山区，习称“东北贯众”。采收加工秋季采挖，削去叶柄、须根，除去泥土，整个或剖成两瓣，晒干。性状鉴别呈长倒卵形，稍弯曲，上端钝圆或截形，下端较尖，有的纵剖为两半，长10cm～20cm，直径5cm～8cm。外表黄棕色至黑棕色，密被排列整齐的叶柄残基及鳞片，并有弯曲的须根。叶柄残基呈扁圆柱形，略弯曲，表面棕黑色，有纵棱线。质硬而脆，折断面棕色，有黄白色长圆形点状维管束5～7～13个，环状排列。根茎质地坚硬
首都食品与医药 2010年19期2010-10-18
- 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的核糖-＊5-磷酸异构酶的同源建模研究
点并随后被激活;残基Asp81,Thr31,Lys121,Ser30,Glu103,Asp84,Lys94,Asp118,Lys7,Gly97,Gly29,Gly95, Thr28和H2O对底物绑定或催化起重要作用,其中,Gly97,Gly29,Gly95和Thr28是新识别的残基,它们在其他生物体的RpiA中相当保守但未被发现。嗜酸氧化亚铁硫杆菌;核糖-5-磷酸异构酶;结构模型;分子对接;核糖-5-磷酸核糖-5-磷酸异构酶(RpiA)是一个在戊糖途径和二
中山大学学报(自然科学版)(中英文) 2010年4期2010-09-16